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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13848 | |||||||||
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タイトル | Structure of TEV cleaved A2ML1 (A2ML1-TE) | |||||||||
マップデータ | full map TEV cleaved empty A2ML1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | protease inhibitor / thioester / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase inhibitor activity / regulation of endopeptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å | |||||||||
データ登録者 | Nielsen NS / Zarantonello A | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of human A2ML1 elucidate the protease-inhibitory mechanism of the A2M family. 著者: Nadia Sukusu Nielsen / Alessandra Zarantonello / Seandean Lykke Harwood / Kathrine Tejlgård Jensen / Katarzyna Kjøge / Ida B Thøgersen / Leif Schauser / Jesper Lykkegaard Karlsen / Gregers ...著者: Nadia Sukusu Nielsen / Alessandra Zarantonello / Seandean Lykke Harwood / Kathrine Tejlgård Jensen / Katarzyna Kjøge / Ida B Thøgersen / Leif Schauser / Jesper Lykkegaard Karlsen / Gregers R Andersen / Jan J Enghild / 要旨: A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and ...A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and determine the structures of its native and protease-cleaved conformations. The functional inhibitory unit of A2ML1 is a monomer that depends on covalent binding of the protease (mediated by A2ML1's thioester) to achieve inhibition. In contrast to the A2M tetramer which traps proteases in two internal chambers formed by four subunits, in protease-cleaved monomeric A2ML1 disordered regions surround the trapped protease and may prevent substrate access. In native A2ML1, the bait region is threaded through a hydrophobic channel, suggesting that disruption of this arrangement by bait region cleavage triggers the extensive conformational changes that result in protease inhibition. Structural comparisons with complement C3/C4 suggest that the A2M superfamily of proteins share this mechanism for the triggering of conformational change occurring upon proteolytic activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13848.map.gz | 52 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13848-v30.xml emd-13848.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13848.png | 75 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13848.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13848 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13848 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13848_validation.pdf.gz | 470.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13848_full_validation.pdf.gz | 470.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13848_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13848_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13848 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13848 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | full map TEV cleaved empty A2ML1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.10421 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : A2ML1
全体 | 名称: A2ML1 |
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要素 |
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-超分子 #1: A2ML1
超分子 | 名称: A2ML1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
分子 | 名称: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 159.339281 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ELPNYLVTLP ARLNFPSVQK VCLDLSPGYS DVKFTVTLET KDKTQKLLEY SGLKKRHLHC ISFLVPPPAG GTEEVATIRV SGVGNNISF EEKKKVLIQR QGNGTFVQTD KPLYTPGQQV YFRIVTMDSN FVPVNDKYSM VELQDPNSNR IAQWLEVVPE Q GIVDLSFQ ...文字列: ELPNYLVTLP ARLNFPSVQK VCLDLSPGYS DVKFTVTLET KDKTQKLLEY SGLKKRHLHC ISFLVPPPAG GTEEVATIRV SGVGNNISF EEKKKVLIQR QGNGTFVQTD KPLYTPGQQV YFRIVTMDSN FVPVNDKYSM VELQDPNSNR IAQWLEVVPE Q GIVDLSFQ LAPEAMLGTY TVAVAEGKTF GTFSVEEYVL PKFKVEVVEP KELSTVQESF LVKICCRYTY GKPMLGAVQV SV CQKANTY WYREVEREQL PDKCRNLSGQ TDKTGCFSAP VDMATFDLIG YAYSHQINIV ATVVEEGTGV EANATQNIYI SPQ MGSMTF EDTSNFYHPN FPFSGKIRVR GHDDSFLKNH LVFLVIYGTN GTFNQTLVTD NNGLAPFTLE TSGWNGTDVS LEGK FQMED LVYNPEQVPR YYQNAYLHLR PFYSTTRSFL GIHRLNGPLK CGQPQEVLVD YYIDPADASP DQEISFSYYL IGKGS LVME GQKHLNSKKK GLKASFSLSL TFTSRLAPDP SLVIYAIFPS GGVVADKIQF SVEMCFDNQV SLGFSPSQQL PGAEVE LQL QAAPGSLCAL RAVDESVLLL RPDRELSNRS VYGMFPFWYG HYPYQVAEYD QCPVSGPWDF PQPLIDPMPQ GHSSQRS II WRPSFSEGTD LFSFFRDVGL KILSNAKIKK PVDCSHRSPE YSTAMGAGGG HPEAFESSTP LHQAEDSQVR QYFPETWL W DLFPIGNSGK EAVHVTVPDA ITEWKAMSFC TSQSRGFGLS PTVGLTAFKP FFVDLTLPYS VVRGESFRLT ATIFNYLKD CIRVQTDLAK SHEYQLESWA DSQTSSCLCA DDAKTHHWNI TAVKLGHINF TISTKILDSN EPCGGQKGFV PQKGRSDTLI KPVLVKPEG VLVEKTHSSL LCPKGKVASE SVSLELPVDI VPDSTKAYVT VLGDIMGTAL QNLDGLVQMP SGCGEQNMVL F APIIYVLQ YLEKAGLLTE EIRSRAVGFL EIGYQKELMY KHSNGSYSAF GERDGNGNTW LTAFVTKCFG QAQKFIFIDP KN IQDALKW MAGNQLPSGC YANVGNLLHT AMKGGVDDEV SLTAYVTAAL LEMGKDVDDP MVSQGLRCLK NSATSTTNLY TQA LLAYIF SLAGEMDIRN ILLKQLDQQA IISGESIYWS QKPTPSSNAS PWSEPAAVDV ELTAYALLAQ LTKPSLTQKE IAKA TSIVA WLAKQHNAYG GFSSTQDTVV ALQALAKYAT TAYMPSEEIN LVVKSTENFQ RTFNIQSVNR LVFQQDTLPN VPGMY TLEA SGQGCVYVQT VLRYNILPPT NMKTFSLSVE IGKARCEQPT SPRSLTLTIH TSYVGSRSSS NMAIVEVKML SGFSPM EGT NQLLLQQPLV KKVEFGTDTL NIYLDELIKN TQTYTFTISQ SVLVTNLKPA TIKVYDYYLP DEQATIQYSD PCE UniProtKB: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 291904 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 詳細: stochastic gradient descen |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) |