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- EMDB-13689: Negative stain EM map of the extracellular domain of the RET(C634... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13689
タイトルNegative stain EM map of the extracellular domain of the RET(C634R)/GDF15/GFRAL complex
マップデータNegative stain EM map of the extracellular domain of the RET(C634R)/GDF15/GFRAL complex. The map has been z-flipped to match the structure of the wild-type complex (PDB ID 6Q2J).
試料
  • 複合体: RET(C634R)/GDF15/GFRAL
    • 複合体: RET(C634R) dimer
    • 複合体: GDF15 dimer
    • 複合体: GFRAL
キーワードRET / Complex / RTK / Oncogenesis / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Liu Y / Muench SP / Goldman A
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland322609 英国
Academy of Finland286429 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M021610/1 英国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Unexpected structures formed by the kinase RET C634R mutant extracellular domain suggest potential oncogenic mechanisms in MEN2A.
著者: Yixin Liu / Orquidea De Castro Ribeiro / Outi Haapanen / Gregory B Craven / Vivek Sharma / Stephen P Muench / Adrian Goldman /
要旨: The RET receptor tyrosine kinase plays a pivotal role in cell survival, proliferation, and differentiation, and its abnormal activation leads to cancers through receptor fusions or point mutations. ...The RET receptor tyrosine kinase plays a pivotal role in cell survival, proliferation, and differentiation, and its abnormal activation leads to cancers through receptor fusions or point mutations. Mutations that disrupt the disulfide network in the extracellular domain (ECD) of RET drive multiple endocrine neoplasia type 2A (MEN2A), a hereditary syndrome associated with the development of thyroid cancers. However, structural details of how specific mutations affect RET are unclear. Here, we present the first structural insights into the ECD of the RET(C634R) mutant, the most common mutation in MEN2A. Using electron microscopy, we demonstrate that the C634R mutation causes ligand-independent dimerization of the RET ECD, revealing an unusual tail-to-tail conformation that is distinct from the ligand-induced signaling dimer of WT RET. Additionally, we show that the RET ECD dimer can form complexes with at least two of the canonical RET ligands and that these complexes form very different structures than WT RET ECD upon ligand binding. In conclusion, this structural analysis of cysteine-mutant RET ECD suggests a potential key mechanism of cancer induction in MEN2A, both in the absence and presence of its native ligands, and may offer new targets for therapeutic intervention.
履歴
登録2021年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13689.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of the extracellular domain of the RET(C634R)/GDF15/GFRAL complex. The map has been z-flipped to match the structure of the wild-type complex (PDB ID 6Q2J).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.25 Å/pix.
x 84 pix.
= 441. Å		5.25 Å/pix.
x 84 pix.
= 441. Å		5.25 Å/pix.
x 84 pix.
= 441. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5
最小 - 最大-13.391591 - 22.847235000000001
平均 (標準偏差)0.028749669 (±0.576122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ848484
Spacing848484
セルA=B=C: 441.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13689_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RET(C634R)/GDF15/GFRAL

全体名称: RET(C634R)/GDF15/GFRAL
要素
  • 複合体: RET(C634R)/GDF15/GFRAL
    • 複合体: RET(C634R) dimer
    • 複合体: GDF15 dimer
    • 複合体: GFRAL

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超分子 #1: RET(C634R)/GDF15/GFRAL

超分子名称: RET(C634R)/GDF15/GFRAL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The extracellular domain complex was reconstituted using individually purified protein components and purified via gel filtration.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: RET(C634R) dimer

超分子名称: RET(C634R) dimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: RET(C634R)mutant dimer generated by affinity purification and gel filtration
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: GDF15 dimer

超分子名称: GDF15 dimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: GDF15 dimer was originally expressed as an Fc-tagged fusion and purified via affinity purification. Tag was cleaved after complex assembly.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: GFRAL

超分子名称: GFRAL / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
詳細: The extracellular domain of GFRAL was purified via affinity purification and gel filtration.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMCaCl2calcium chloride

詳細: Buffer was made fresh and filtered through a 0.2 um filter.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate / 詳細: 2% Uranyl acetate solution
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 68 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 11278 / 詳細: Manual particle picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The initial model was built based on 2D class images in EMAN2.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3) / 詳細: Particles were low pass filtered to 20A. / 使用した粒子像数: 3908
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 3500 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.3)
詳細: Multi-refinement using three initial models built in EMAN2 as starting models.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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