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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13616 | |||||||||
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タイトル | C. thermophilum Atm1 in MSP1E3D1 nanodiscs in nucleotide-free state, class 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron-sulfur cluster transmembrane transport / Mitochondrial ABC transporters / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / mitochondrial transmembrane transport / トランスロカーゼ / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis ...iron-sulfur cluster transmembrane transport / Mitochondrial ABC transporters / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / mitochondrial transmembrane transport / トランスロカーゼ / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Ellinghaus TL / Kuehlbrandt W | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Conformational changes in the yeast mitochondrial ABC transporter Atm1 during the transport cycle. 著者: Thomas L Ellinghaus / Thomas Marcellino / Vasundara Srinivasan / Roland Lill / Werner Kühlbrandt / 要旨: The mitochondrial inner membrane ABC transporter Atm1 exports an unknown substrate to the cytosol for iron-sulfur protein biogenesis, cellular iron regulation, and tRNA thio-modification. Mutations ...The mitochondrial inner membrane ABC transporter Atm1 exports an unknown substrate to the cytosol for iron-sulfur protein biogenesis, cellular iron regulation, and tRNA thio-modification. Mutations in the human relative ABCB7 cause the iron storage disease XLSA/A. We determined 3D structures of two complementary states of Atm1 in lipid nanodiscs by electron cryo-microscopy at 2.9- to 3.4-Å resolution. The inward-open structure resembled the known crystal structure of nucleotide-free apo-Atm1 closely. The occluded conformation with bound AMP-PNP-Mg showed a tight association of the two nucleotide-binding domains, a rearrangement of the C-terminal helices, and closure of the putative substrate-binding cavity in the homodimeric transporter. We identified a hydrophobic patch on the C-terminal helices of yeast Atm1, which is unique among type IV ABC transporters of known structure. Truncation mutants of yeast Atm1 suggest that the C-terminal helices stabilize the dimer, yet are not necessary for closure of the nucleotide-binding domains. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13616.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13616-v30.xml emd-13616.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13616_fsc.xml | 9.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13616.png | 75.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13616 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13616 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13616_validation.pdf.gz | 347.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13616_full_validation.pdf.gz | 346.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13616_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13616_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13616 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13616 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.837 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Atm1 homodimer in MSP1E3D1 nanodiscs
全体 | 名称: Atm1 homodimer in MSP1E3D1 nanodiscs |
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要素 |
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-超分子 #1: Atm1 homodimer in MSP1E3D1 nanodiscs
超分子 | 名称: Atm1 homodimer in MSP1E3D1 nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 155 KDa |
-分子 #1: Atm1
分子 | 名称: Atm1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
配列 | 文字列: MKKTAIAIAV ALAGFATVAQ ASTLLNPSPS PLRKAIFHTT SLRAFKNLAE IATSSKEDAS SLKPKGKPSP PGDPLATIEK TAAEQRRADW AIIKQMSRYL WPKDSWSDKA RVLLALSLLV GGKVLNVHVP FYFREIIDRL NIDVAAVGGT VSAVAGAVIF AYGASRIGAV ...文字列: MKKTAIAIAV ALAGFATVAQ ASTLLNPSPS PLRKAIFHTT SLRAFKNLAE IATSSKEDAS SLKPKGKPSP PGDPLATIEK TAAEQRRADW AIIKQMSRYL WPKDSWSDKA RVLLALSLLV GGKVLNVHVP FYFREIIDRL NIDVAAVGGT VSAVAGAVIF AYGASRIGAV VSQELRNAVF SSVAQKAIRR VATQTFGHLL NLDLSFHLSK QTGGLTRAID RGTKGISYLL TSMVFHIVPT ALEIGMVCGI LTYQFGWEFA AITAATMAAY TAFTITTTAW RTKFRRQANA ADNAASTVAV DSLINYEAVK YFNNEAYEIA RYDKALQAYE RSSIKVATSL AFLNSGQNII FSSALTLMMW LGARGVLAGD LSVGDLVLIN QLVFQLSVPL NFLGSVYREL RQSLLDMETL FDLQKVNVTI REAPNAKPLA LPKGGEIRFE NVTFGYYPDR PILRNLSLTI PAGKKVAVVG PSGCGKSTLL RLLFRSYDPQ QGKIFIDDQD IKSVTLESLR KSIGVVPQDT PLFNDTVELN IRYGNVNATQ EQVIAAAQKA HIHEKIISWP HGYQTRVGER GLMISGGEKQ RLAVSRLILK DPPLLFFDEA TSALDTHTEQ ALMANINEVV KEKKRTALFV AHRLRTIYDA DLIIVLKEGV VVEQGSHREL MERDGVYAEL WMAQEMLHQG EAAEEPAEGE KAEEKKSAWS HPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |