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- EMDB-13493: CryoEM reconstruction of pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13493
タイトルCryoEM reconstruction of pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR) in anaerobic conditions
マップデータ
試料
  • 複合体: PYRUVATE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
    • タンパク質・ペプチド: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate synthase / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain superfamily / Domain of unknown function / Domain of unknown function / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain ...Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain superfamily / Domain of unknown function / Domain of unknown function / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfocurvibacter africanus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cherrier MV / Vernede X / Fenel D / Martin L / Arragain B / Neumann E / Fontecilla Camps JC / Schoehn G / Nicolet Y
資金援助 フランス, 4件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-10-LABX-49-01 フランス
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Oxygen-Sensitive Metalloprotein Structure Determination by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Mickaël V Cherrier / Xavier Vernède / Daphna Fenel / Lydie Martin / Benoit Arragain / Emmanuelle Neumann / Juan C Fontecilla-Camps / Guy Schoehn / Yvain Nicolet /
要旨: Metalloproteins are involved in key cell processes such as photosynthesis, respiration, and oxygen transport. However, the presence of transition metals (notably iron as a component of [Fe-S] ...Metalloproteins are involved in key cell processes such as photosynthesis, respiration, and oxygen transport. However, the presence of transition metals (notably iron as a component of [Fe-S] clusters) often makes these proteins sensitive to oxygen-induced degradation. Consequently, their study usually requires strict anaerobic conditions. Although X-ray crystallography has been the method of choice for solving macromolecular structures for many years, recently electron microscopy has also become an increasingly powerful structure-solving technique. We have used our previous experience with cryo-crystallography to develop a method to prepare cryo-EM grids in an anaerobic chamber and have applied it to solve the structures of apoferritin and the 3 [FeS]-containing pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR) at 2.40 Å and 2.90 Å resolution, respectively. The maps are of similar quality to the ones obtained under air, thereby validating our method as an improvement in the structural investigation of oxygen-sensitive metalloproteins by cryo-EM.
履歴
登録2021年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13493.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 73.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.899 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0194
最小 - 最大-0.11396713 - 0.18406008
平均 (標準偏差)4.554769e-05 (±0.007088646)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ268268268
Spacing268268268
セルA=B=C: 240.93199 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PYRUVATE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

全体名称: PYRUVATE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
要素
  • 複合体: PYRUVATE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE
    • タンパク質・ペプチド: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: PYRUVATE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

超分子名称: PYRUVATE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Desulfocurvibacter africanus (バクテリア)
分子量理論値: 267.36 KDa

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分子 #1: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase

分子名称: Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: pyruvate synthase
由来(天然)生物種: Desulfocurvibacter africanus (バクテリア)
分子量理論値: 133.835109 KDa
組換発現生物種: Desulfocurvibacter africanus (バクテリア)
配列文字列: MGKKMMTTDG NTATAHVAYA MSEVAAIYPI TPSSTMGEEA DDWAAQGRKN IFGQTLTIRE MQSEAGAAGA VHGALAAGAL TTTFTASQG LLLMIPNMYK ISGELLPGVF HVTARAIAAH ALSIFGDHQD IYAARQTGFA MLASSSVQEA HDMALVAHLA A IESNVPFM ...文字列:
MGKKMMTTDG NTATAHVAYA MSEVAAIYPI TPSSTMGEEA DDWAAQGRKN IFGQTLTIRE MQSEAGAAGA VHGALAAGAL TTTFTASQG LLLMIPNMYK ISGELLPGVF HVTARAIAAH ALSIFGDHQD IYAARQTGFA MLASSSVQEA HDMALVAHLA A IESNVPFM HFFDGFRTSH EIQKIEVLDY ADMASLVNQK ALAEFRAKSM NPEHPHVRGT AQNPDIYFQG REAANPYYLK VP GIVAEYM QKVASLTGRS YKLFDYVGAP DAERVIVSMG SSCETIEEVI NHLAAKGEKI GLIKVRLYRP FVSEAFFAAL PAS AKVITV LDRTKEPGAP GDPLYLDVCS AFVERGEAMP KILAGRYGLG SKEFSPAMVK SVYDNMSGAK KNHFTVGIED DVTG TSLPV DNAFADTTPK GTIQCQFWGL GADGTVGANK QAIKIIGDNT DLFAQGYFSY DSKKSGGITI SHLRFGEKPI QSTYL VNRA DYVACHNPAY VGIYDILEGI KDGGTFVLNS PWSSLEDMDK HLPSGIKRTI ANKKLKFYNI DAVKIATDVG LGGRIN MIM QTAFFKLAGV LPFEKAVDLL KKSIHKAYGK KGEKIVKMNT DAVDQAVTSL QEFKYPDSWK DAPAETKAEP MTNEFFK NV VKPILTQQGD KLPVSAFEAD GRFPLGTSQF EKRGVAINVP QWVPENCIQC NQCAFVCPHS AILPVLAKEE ELVGAPAN F TALEAKGKEL KGYKFRIQIN TLDCMGCGNC ADICPPKEKA LVMQPLDTQR DAQVPNLEYA ARIPVKSEVL PRDSLKGSQ FQEPLMEFSG ACSGCGETPY VRVITQLFGE RMFIANATGC SSIWGASAPS MPYKTNRLGQ GPAWGNSLFE DAAEYGFGMN MSMFARRTH LADLAAKALE SDASGDVKEA LQGWLAGKND PIKSKEYGDK LKKLLAGQKD GLLGQIAAMS DLYTKKSVWI F GGDGWAYD IGYGGLDHVL ASGEDVNVFV MDTEVYSNTG GQSSKATPTG AVAKFAAAGK RTGKKDLARM VMTYGYVYVA TV SMGYSKQ QFLKVLKEAE SFPGPSLVIA YATCINQGLR KGMGKSQDVM NTAVKSGYWP LFRYDPRLAA QGKNPFQLDS KAP DGSVEE FLMAQNRFAV LDRSFPEDAK RLRAQVAHEL DVRFKELEHM AATNIFESFA PAGGKADGSV DFGEGAEFCT RDDT PMMAR PDSGEACDQN RAGTSEQQGD LSKRTKK

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分子 #2: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #3: THIAMINE DIPHOSPHATE

分子名称: THIAMINE DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: TPP
分子量理論値: 425.314 Da
Chemical component information

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 114 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.3 mg/mL
緩衝液pH: 8.4 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 名称: Tris
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-60 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1304 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 180868
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1b0p


Chain - Chain ID: A
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7plm:
CryoEM reconstruction of pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR) in anaerobic conditions

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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