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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13481 | |||||||||||||||
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タイトル | Small subunit of the Chlamydomonas mitoribosome - head focus | |||||||||||||||
マップデータ | Small subunit of the Chlamydomonas mitoribosome - head focus | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.47 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Waltz F / Salinas-Giege T / Englmeier R / Meichel H / Soufari H / Kuhn L / Pfeffer S / Foerster F / Engel BD / Giege P ...Waltz F / Salinas-Giege T / Englmeier R / Meichel H / Soufari H / Kuhn L / Pfeffer S / Foerster F / Engel BD / Giege P / Drouard L / Hashem Y | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: How to build a ribosome from RNA fragments in Chlamydomonas mitochondria. 著者: Florent Waltz / Thalia Salinas-Giegé / Robert Englmeier / Herrade Meichel / Heddy Soufari / Lauriane Kuhn / Stefan Pfeffer / Friedrich Förster / Benjamin D Engel / Philippe Giegé / ...著者: Florent Waltz / Thalia Salinas-Giegé / Robert Englmeier / Herrade Meichel / Heddy Soufari / Lauriane Kuhn / Stefan Pfeffer / Friedrich Förster / Benjamin D Engel / Philippe Giegé / Laurence Drouard / Yaser Hashem / 要旨: Mitochondria are the powerhouse of eukaryotic cells. They possess their own gene expression machineries where highly divergent and specialized ribosomes, named hereafter mitoribosomes, translate the ...Mitochondria are the powerhouse of eukaryotic cells. They possess their own gene expression machineries where highly divergent and specialized ribosomes, named hereafter mitoribosomes, translate the few essential messenger RNAs still encoded by mitochondrial genomes. Here, we present a biochemical and structural characterization of the mitoribosome in the model green alga Chlamydomonas reinhardtii, as well as a functional study of some of its specific components. Single particle cryo-electron microscopy resolves how the Chlamydomonas mitoribosome is assembled from 13 rRNA fragments encoded by separate non-contiguous gene pieces. Additional proteins, mainly OPR, PPR and mTERF helical repeat proteins, are found in Chlamydomonas mitoribosome, revealing the structure of an OPR protein in complex with its RNA binding partner. Targeted amiRNA silencing indicates that these ribosomal proteins are required for mitoribosome integrity. Finally, we use cryo-electron tomography to show that Chlamydomonas mitoribosomes are attached to the inner mitochondrial membrane via two contact points mediated by Chlamydomonas-specific proteins. Our study expands our understanding of mitoribosome diversity and the various strategies these specialized molecular machines adopt for membrane tethering. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13481.map.gz | 164.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13481-v30.xml emd-13481.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13481.png | 74.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13481 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13481_validation.pdf.gz | 380.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13481_full_validation.pdf.gz | 380.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13481_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13481_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13481 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Small subunit of the Chlamydomonas mitoribosome - head focus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Small subunit of the Chlamydomonas mitoribosome - head focus
全体 | 名称: Small subunit of the Chlamydomonas mitoribosome - head focus |
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要素 |
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-超分子 #1: Small subunit of the Chlamydomonas mitoribosome - head focus
超分子 | 名称: Small subunit of the Chlamydomonas mitoribosome - head focus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: Mitochondria |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 40131 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION |