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- EMDB-13349: cryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 2, DEPt-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13349
タイトルcryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 2, DEPt-bound subset local refinement
マップデータ
試料
  • 複合体: mTORC2 in complex with its regulator DEPTOR
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Rapamycin-insensitive companion of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
    • タンパク質・ペプチド: DEP domain-containing mTOR-interacting protein
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETYL GROUP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of TORC2 signaling / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TORC2 signaling / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm ...negative regulation of TORC2 signaling / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TORC2 signaling / regulation of peptidyl-serine phosphorylation / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 complex / cellular response to leucine starvation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / regulation of membrane permeability / heart valve morphogenesis / negative regulation of lysosome organization / nucleus localization / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / TORC1 complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / regulation of cellular response to oxidative stress / calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of osteoclast differentiation / voluntary musculoskeletal movement / TORC1 signaling / positive regulation of keratinocyte migration / phosphatidic acid binding / cellular response to L-leucine / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / cellular response to nutrient / cellular response to methionine / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / regulation of autophagosome assembly / energy reserve metabolic process / negative regulation of cell size / ruffle organization / negative regulation of Ras protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / cellular response to osmotic stress / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of TOR signaling / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / anoikis / cardiac muscle cell development / negative regulation of protein localization to nucleus / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of actin filament polymerization / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of cell size / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / lysosome organization / Macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / behavioral response to pain / protein kinase inhibitor activity / oligodendrocyte differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / : / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of TOR signaling / neuronal action potential / response to amino acid / TOR signaling / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / endomembrane system / regulation of macroautophagy / positive regulation of translational initiation / cellular response to nutrient levels / positive regulation of lamellipodium assembly / phosphorylation / phagocytic vesicle / positive regulation of lipid biosynthetic process / heart morphogenesis / positive regulation of autophagy / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cardiac muscle contraction / regulation of cellular response to heat / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of TORC1 signaling / cytoskeleton organization / positive regulation of endothelial cell proliferation / T cell costimulation / substantia nigra development / cellular response to starvation / cellular response to amino acid starvation / post-embryonic development / positive regulation of glycolytic process / protein serine/threonine kinase activator activity
類似検索 - 分子機能
Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-terminal domain / Pianissimo family / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 4 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 1 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 2 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term ...Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-terminal domain / Pianissimo family / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 4 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 1 / DEP domain-containing mTOR-interacting protein, DEP domain 2 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, phosphorylation-site / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Sin1, N-terminal / Stress-activated map kinase interacting protein 1 (SIN1) / TORC2 component Sin1/Avo1 / SAPK-interacting protein 1, Pleckstrin-homology domain / Sin1, middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology / : / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / : / PIK-related kinase, FAT / FATC domain / FATC / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase mTOR / Rapamycin-insensitive companion of mTOR / DEP domain-containing mTOR-interacting protein / Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Waelchli M / Maier T
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation179323 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Regulation of human mTOR complexes by DEPTOR.
著者: Matthias Wälchli / Karolin Berneiser / Francesca Mangia / Stefan Imseng / Louise-Marie Craigie / Edward Stuttfeld / Michael N Hall / Timm Maier /
要旨: The vertebrate-specific DEP domain-containing mTOR interacting protein (DEPTOR), an oncoprotein or tumor suppressor, has important roles in metabolism, immunity, and cancer. It is the only protein ...The vertebrate-specific DEP domain-containing mTOR interacting protein (DEPTOR), an oncoprotein or tumor suppressor, has important roles in metabolism, immunity, and cancer. It is the only protein that binds and regulates both complexes of mammalian target of rapamycin (mTOR), a central regulator of cell growth. Biochemical analysis and cryo-EM reconstructions of DEPTOR bound to human mTOR complex 1 (mTORC1) and mTORC2 reveal that both structured regions of DEPTOR, the PDZ domain and the DEP domain tandem (DEPt), are involved in mTOR interaction. The PDZ domain binds tightly with mildly activating effect, but then acts as an anchor for DEPt association that allosterically suppresses mTOR activation. The binding interfaces of the PDZ domain and DEPt also support further regulation by other signaling pathways. A separate, substrate-like mode of interaction for DEPTOR phosphorylation by mTOR complexes rationalizes inhibition of non-stimulated mTOR activity at higher DEPTOR concentrations. The multifaceted interplay between DEPTOR and mTOR provides a basis for understanding the divergent roles of DEPTOR in physiology and opens new routes for targeting the mTOR-DEPTOR interaction in disease.
履歴
登録2021年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月8日-
マップ公開2021年9月8日-
更新2021年9月29日-
現状2021年9月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.205
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.205
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pe9
  • 表面レベル: 0.205
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13349.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13349.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 507.84 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 507.84 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 507.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.205 / ムービー #1: 0.205
最小 - 最大-0.4837456 - 1.3795372
平均 (標準偏差)-0.0025809743 (±0.03334464)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 507.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0581.0581.058
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z507.840507.840507.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.4841.380-0.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13349_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mTORC2 in complex with its regulator DEPTOR

全体名称: mTORC2 in complex with its regulator DEPTOR
要素
  • 複合体: mTORC2 in complex with its regulator DEPTOR
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Rapamycin-insensitive companion of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
    • タンパク質・ペプチド: DEP domain-containing mTOR-interacting protein
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETYL GROUP

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超分子 #1: mTORC2 in complex with its regulator DEPTOR

超分子名称: mTORC2 in complex with its regulator DEPTOR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 1.24 MDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase mTOR

分子名称: Serine/threonine-protein kinase mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 291.321938 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA ...文字列:
MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA VLVLRELAIS VPTFFFQQVQ PFFDNIFVAV WDPKQAIREG AVAALRACLI LTTQREPKEM QKPQWYRHTF EE AEKGFDE TLAKEKGMNR DGSTSGSGDY KDDDDKGSTS GSGDRIHGAL LILNELVRIS SMEGERLREE MEEITQQQLV HDK YCKDLM GFGTKPRHIT PFTSFQAVQP QQSNALVGLL GYSSHQGLMG FGTSPSPAKS TLVESRCCRD LMEEKFDQVC QWVL KCRNS KNSLIQMTIL NLLPRLAAFR PSAFTDTQYL QDTMNHVLSC VKKEKERTAA FQALGLLSVA VRSEFKVYLP RVLDI IRAA LPPKDFAHKR QKAMQVDATV FTCISMLARA MGPGIQQDIK ELLEPMLAVG LSPALTAVLY DLSRQIPQLK KDIQDG LLK MLSLVLMHKP LRHPGMPKGL AHQLASPGLT TLPEASDVGS ITLALRTLGS FEFEGHSLTQ FVRHCADHFL NSEHKEI RM EAARTCSRLL TPSIHLISGH AHVVSQTAVQ VVADVLSKLL VVGITDPDPD IRYCVLASLD ERFDAHLAQA ENLQALFV A LNDQVFEIRE LAICTVGRLS SMNPAFVMPF LRKMLIQILT ELEHSGIGRI KEQSARMLGH LVSNAPRLIR PYMEPILKA LILKLKDPDP DPNPGVINNV LATIGELAQV SGLEMRKWVD ELFIIIMDML QDSSLLAKRQ VALWTLGQLV ASTGYVVEPY RKYPTLLEV LLNFLKTEQN QGTRREAIRV LGLLGALDPY KHKVNIGMID QSRDASAVSL SESKSSQDSS DYSTSEMLVN M GNLPLDEF YPAVSMVALM RIFRDQSLSH HHTMVVQAIT FIFKSLGLKC VQFLPQVMPT FLNVIRVCDG AIREFLFQQL GM LVSFVKS HIRPYMDEIV TLMREFWVMN TSIQSTIILL IEQIVVALGG EFKLYLPQLI PHMLRVFMHD NSPGRIVSIK LLA AIQLFG ANLDDYLHLL LPPIVKLFDA PEAPLPSRKA ALETVDRLTE SLDFTDYASR IIHPIVRTLD QSPELRSTAM DTLS SLVFQ LGKKYQIFIP MVNKVLVRHR INHQRYDVLI CRIVKGYTLA DEEEDPLIYQ HRMLRSGQGD ALASGPVETG PMKKL HVST INLQKAWGAA RRVSKDDWLE WLRRLSLELL KDSSSPSLRS CWALAQAYNP MARDLFNAAF VSCWSELNED QQDELI RSI ELALTSQDIA EVTQTLLNLA EFMEHSDKGP LPLRDDNGIV LLGERAAKCR AYAKALHYKE LEFQKGPTPA ILESLIS IN NKLQQPEAAA GVLEYAMKHF GELEIQATWY EKLHEWEDAL VAYDKKMDTN KDDPELMLGR MRCLEALGEW GQLHQQCC E KWTLVNDETQ AKMARMAAAA AWGLGQWDSM EEYTCMIPRD THDGAFYRAV LALHQDLFSL AQQCIDKARD LLDAELTAM AGESYSRAYG AMVSCHMLSE LEEVIQYKLV PERREIIRQI WWERLQGCQR IVEDWQKILM VRSLVVSPHE DMRTWLKYAS LCGKSGRLA LAHKTLVLLL GVDPSRQLDH PLPTVHPQVT YAYMKNMWKS ARKIDAFQHM QHFVQTMQQQ AQHAIATEDQ Q HKQELHKL MARCFLKLGE WQLNLQGINE STIPKVLQYY SAATEHDRSW YKAWHAWAVM NFEAVLHYKH QNQARDEKKK LR HASGANI TNATTAATTA ATATTTASTE GSNSESEAES TENSPTPSPL QKKVTEDLSK TLLMYTVPAV QGFFRSISLS RGN NLQDTL RVLTLWFDYG HWPDVNEALV EGVKAIQIDT WLQVIPQLIA RIDTPRPLVG RLIHQLLTDI GRYHPQALIY PLTV ASKST TTARHNAANK ILKNMCEHSN TLVQQAMMVS EELIRVAILW HEMWHEGLEE ASRLYFGERN VKGMFEVLEP LHAMM ERGP QTLKETSFNQ AYGRDLMEAQ EWCRKYMKSG NVKDLTQAWD LYYHVFRRIS KQLPQLTSLE LQYVSPKLLM CRDLEL AVP GTYDPNQPII RIQSIAPSLQ VITSKQRPRK LTLMGSNGHE FVFLLKGHED LRQDERVMQL FGLVNTLLAN DPTSLRK NL SIQRYAVIPL STNSGLIGWV PHCDTLHALI RDYREKKKIL LNIEHRIMLR MAPDYDHLTL MQKVEVFEHA VNNTAGDD L AKLLWLKSPS SEVWFDRRTN YTRSLAVMSM VGYILGLGDR HPSNLMLDRL SGKILHIDFG DCFEVAMTRE KFPEKIPFR LTRMLTNAME VTGLDGNYRI TCHTVMEVLR EHKDSVMAVL EAFVYDPLLN WRLMDTNTKG NKRSRTRTDS YSAGQSVEIL DGVELGEPA HKKTGTTVPE SIHSFIGDGL VKPEALNKKA IQIINRVRDK LTGRDFSHDD TLDVPTQVEL LIKQATSHEN L CQCYIGWC PFW

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分子 #2: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.91009 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE ...文字列:
MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE PEVSITSAHI DPDASYMAAV NSTGNCYVWN LTGGIGDEVT QLIPKTKIPA HTRYALQCRF SPDSTLLATC SA DQTCKIW RTSNFSLMTE LSIKSGNPGE SSRGWMWGCA FSGDSQYIVT ASSDNLARLW CVETGEIKRE YGGHQKAVVC LAF NDSVLG

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分子 #3: Rapamycin-insensitive companion of mTOR

分子名称: Rapamycin-insensitive companion of mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 192.472922 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAIGRGRSL KNLRVRGRND SGEENVPLDL TREPSDNLRE ILQNVARLQG VSNMRKLGHL NNFTKLLCDI GHSEEKLGFH YEDIIICLR LALLNEAKEV RAAGLRALRY LIQDSSILQK VLKLKVDYLI ARCIDIQQSN EVERTQALRL VRKMITVNAS L FPSSVTNS ...文字列:
MAAIGRGRSL KNLRVRGRND SGEENVPLDL TREPSDNLRE ILQNVARLQG VSNMRKLGHL NNFTKLLCDI GHSEEKLGFH YEDIIICLR LALLNEAKEV RAAGLRALRY LIQDSSILQK VLKLKVDYLI ARCIDIQQSN EVERTQALRL VRKMITVNAS L FPSSVTNS LIAVGNDGLQ ERDRMVRACI AIICELALQN PEVVALRGGL NTILKNVIDC QLSRINEALI TTILHLLNHP KT RQYVRAD VELERILAPY TDFHYRHSPD TAEGQLKEDR EARFLASKMG IIATFRSWAG IINLCKPGNS GIQSLIGVLC IPN MEIRRG LLEVLYDIFR LPLPVVTEEF IEALLSVDPG RFQDSWRLSD GFVAAEAKTI LPHRARSRPD LMDNYLALIL SAFI RNGLL EGLVEVITNS DDHISVRATI LLGELLHMAN TILPHSHSHH LHCLPTLMNM AASFDIPKEK RLRASAALNC LKRFH EMKK RGPKPYSLHL DHIIQKAIAT HQKRDQYLRV QKDIFILKDT EEALLINLRD SQVLQHKENL EWNWNLIGTI LKWPNV NLR NYKDEQLHRF VRRLLYFYKP SSKLYANLDL DFAKAKQLTV VGCQFTEFLL ESEEDGQGYL EDLVKDIVQW LNASSGM KP ERSLQNNGLL TTLSQHYFLF IGTLSCHPHG VKMLEKCSVF QCLLNLCSLK NQDHLLKLTV SSLDYSRDGL ARVILSKI L TAATDACRLY ATKHLRVLLR ANVEFFNNWG IELLVTQLHD KNKTISSEAL DILDEACEDK ANLHALIQMK PALSHLGDK GLLLLLRFLS IPKGFSYLNE RGYVAKQLEK WHREYNSKYV DLIEEQLNEA LTTYRKPVDG DNYVRRSNQR LQRPHVYLPI HLYGQLVHH KTGCHLLEVQ NIITELCRNV RTPDLDKWEE IKKLKASLWA LGNIGSSNWG LNLLQEENVI PDILKLAKQC E VLSIRGTC VYVLGLIAKT KQGCDILKCH NWDAVRHSRK HLWPVVPDDV EQLCNELSSI PSTLSLNSES TSSRHNSESE SV PSSMFIL EDDRFGSSST STFFLDINED TEPTFYDRSG PIKDKNSFPF FASSKLVKNR ILNSLTLPNK KHRSSSDPKG GKL SSESKT SNRRIRTLTE PSVDFNHSDD FTPISTVQKT LQLETSFMGN KHIEDTGSTP SIGENDLKFT KNFGTENHRE NTSR ERLVV ESSTSSHMKI RSQSFNTDTT TSGISSMSSS PSRETVGVDA TTMDTDCGSM STVVSTKTIK TSHYLTPQSN HLSLS KSNS VSLVPPGSSH TLPRRAQSLK APSIATIKSL ADCNFSYTSS RDAFGYATLK RLQQQRMHPS LSHSEALASP AKDVLF TDT ITMKANSFES RLTPSRFMKA LSYASLDKED LLSPINQNTL QRSSSVRSMV SSATYGGSDD YIGLALPVDI NDIFQVK DI PYFQTKNIPP HDDRGARAFA HDAGGLPSGT GGLVKNSFHL LRQQMSLTEI MNSIHSDASL FLESTEDTGL QEHTDDNC L YCVCIEILGF QPSNQLSAIC SHSDFQDIPY SDWCEQTIHN PLEVVPSKFS GISGCSDGVS QEGSASSTKS TELLLGVKT IPDDTPMCRI LLRKEVLRLV INLSSSVSTK CHETGLLTIK EKYPQTFDDI CLYSEVSHLL SHCTFRLPCR RFIQELFQDV QFLQMHEEA EAVLATPPKQ PIVDTSAES

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分子 #4: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1

分子名称: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.206738 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAFLDNPTII LAHIRQSHVT SDDTGMCEMV LIDHDVDLEK IHPPSMPGDS GSEIQGSNGE TQGYVYAQSV DITSSWDFGI RRRSNTAQR LERLRKERQN QIKCKNIQWK ERNSKQSAQE LKSLFEKKSL KEKPPISGKQ SILSVRLEQC PLQLNNPFNE Y SKFDGKGH ...文字列:
MAFLDNPTII LAHIRQSHVT SDDTGMCEMV LIDHDVDLEK IHPPSMPGDS GSEIQGSNGE TQGYVYAQSV DITSSWDFGI RRRSNTAQR LERLRKERQN QIKCKNIQWK ERNSKQSAQE LKSLFEKKSL KEKPPISGKQ SILSVRLEQC PLQLNNPFNE Y SKFDGKGH VGTTATKKID VYLPLHSSQD RLLPMTVVTM ASARVQDLIG LICWQYTSEG REPKLNDNVS AYCLHIAEDD GE VDTDFPP LDSNEPIHKF GFSTLALVEK YSSPGLTSKE SLFVRINAAH GFSLIQVDNT KVTMKEILLK AVKRRKGSQK VSG PQYRLE KQSEPNVAVD LDSTLESQSA WEFCLVRENS SRADGVFEED SQIDIATVQD MLSSHHYKSF KVSMIHRLRF TTDV QLGIS GDKVEIDPVT NQKASTKFWI KQKPISIDSD LLCACDLAEE KSPSHAIFKL TYLSNHDYKH LYFESDAATV NEIVL KVNY ILESRASTAR ADYFAQKQRK LNRRTSFSFQ KEKKSGQQ

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分子 #5: DEP domain-containing mTOR-interacting protein

分子名称: DEP domain-containing mTOR-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.365832 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEEGGSTGSA GSDSSTSGSG GAQQRELERM AEVLVTGEQL RLRLHEEKVI KDRRHHLKTY PNCFVAKELI DWLIEHKEAS DRETAIKLM QKLADRGIIH HVCDEHKEFK DVKLFYRFRK DDGTFPLDNE VKAFMRGQRL YEKLMSPENT LLQPREEEGV K YERTFMAS ...文字列:
MEEGGSTGSA GSDSSTSGSG GAQQRELERM AEVLVTGEQL RLRLHEEKVI KDRRHHLKTY PNCFVAKELI DWLIEHKEAS DRETAIKLM QKLADRGIIH HVCDEHKEFK DVKLFYRFRK DDGTFPLDNE VKAFMRGQRL YEKLMSPENT LLQPREEEGV K YERTFMAS EFLDWLVQEG EATTRKEAEQ LCHRLMEHGI IQHVSSKHPF VDSNLLYQFR MNFRRRRRLM ELLNEKSPSS QE THDSPFC LRKQSHDNRK STSFMSVSPS KEIKIVSAVR RSSMSSCGSS GYFSSSPTLS SSPPVLCNPK SVLKRPVTSE ELL TPGAPY ARKTFTIVGD AVGWGFVVRG SKPCHIQAVD PSGPAAAAGM KVCQFVVSVN GLNVLHVDYR TVNNLILTGP RTIV MEVME ELEC

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分子 #6: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: ACETYL GROUP

分子名称: ACETYL GROUP / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ACE
分子量理論値: 44.053 Da
Chemical component information

ChemComp-ACE:
ACETYL GROUP / アセトアルデヒド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMbicine
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMTCEP
0.25 %glycerol
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 132837
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6zwm

得られたモデル

PDB-7pe9:
cryo-EM structure of DEPTOR bound to human mTOR complex 2, DEPt-bound subset local refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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