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- EMDB-13078: Structure of C2S2M2-type Photosystem supercomplex from Arabidopsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13078
タイトルStructure of C2S2M2-type Photosystem supercomplex from Arabidopsis thaliana (digitonin-extracted)
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem II - Light Harvesting Complex II supercomplex (PSII-LHCII, C2S2M2-type)光化学系II
    • 複合体: CP24-LHCII (M-trimer)
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: LHCII S-trimer
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: CP29
    • 複合体: CP26
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Photosystem II core complex (dimer)光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 19種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem II / plastid thylakoid membrane / regulation of protein dephosphorylation / photoinhibition / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / chloroplast stromal thylakoid / チラコイド ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / plastid thylakoid membrane / regulation of protein dephosphorylation / photoinhibition / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / chloroplast stromal thylakoid / チラコイド / response to high light intensity / チラコイド / regulation of stomatal movement / chloroplast thylakoid / 葉緑体 / チラコイド / chloroplast thylakoid lumen / vacuolar transport / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / response to abscisic acid / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / アポプラスト / : / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / poly(U) RNA binding / response to herbicide / 光化学系II / 色素体 / 葉緑体 / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / protein stabilization / エンドソーム / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / 小胞体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / : / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / : / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
(thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z ...(thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Graca AT / Hall M / Persson K / Schroder WP
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2016-05009 スウェーデン
Other privateCarl Trygger スウェーデン
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: High-resolution model of Arabidopsis Photosystem II reveals the structural consequences of digitonin-extraction.
著者: André T Graça / Michael Hall / Karina Persson / Wolfgang P Schröder /
要旨: In higher plants, the photosynthetic process is performed and regulated by Photosystem II (PSII). Arabidopsis thaliana was the first higher plant with a fully sequenced genome, conferring it the ...In higher plants, the photosynthetic process is performed and regulated by Photosystem II (PSII). Arabidopsis thaliana was the first higher plant with a fully sequenced genome, conferring it the status of a model organism; nonetheless, a high-resolution structure of its Photosystem II is missing. We present the first Cryo-EM high-resolution structure of Arabidopsis PSII supercomplex with average resolution of 2.79 Å, an important model for future PSII studies. The digitonin extracted PSII complexes demonstrate the importance of: the LHG2630-lipid-headgroup in the trimerization of the light-harvesting complex II; the stabilization of the PsbJ subunit and the CP43-loop E by DGD520-lipid; the choice of detergent for the integrity of membrane protein complexes. Furthermore, our data shows at the anticipated MnCaO-site a single metal ion density as a reminiscent early stage of Photosystem II photoactivation.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Afonine PV / Poon BK / Read RJ / Sobolev OV / Terwilliger TC / Urzhumtsev A / Adams PD
履歴
登録2021年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2021年8月18日-
現状2021年8月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13078.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-19.496286 - 33.68181
平均 (標準偏差)-0.0038570869 (±0.9759321)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 410.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.000410.000410.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ500500500
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-19.49633.682-0.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem II - Light Harvesting Complex II supercomplex (PSII-L...

全体名称: Photosystem II - Light Harvesting Complex II supercomplex (PSII-LHCII, C2S2M2-type)光化学系II
要素
  • 複合体: Photosystem II - Light Harvesting Complex II supercomplex (PSII-LHCII, C2S2M2-type)光化学系II
    • 複合体: CP24-LHCII (M-trimer)
      • タンパク質・ペプチド: Lhcb1.4
      • タンパク質・ペプチド: Lhcb3.1
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • 複合体: LHCII S-trimer
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: PsbTn
    • 複合体: CP29
    • 複合体: CP26
      • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
    • 複合体: Photosystem II core complex (dimer)光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic光化学系II
      • タンパク質・ペプチド: PsbX
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z光化学系II
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: Digitoninジギトニン
  • リガンド: BICARBONATE ION炭酸水素塩
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Photosystem II - Light Harvesting Complex II supercomplex (PSII-L...

超分子名称: Photosystem II - Light Harvesting Complex II supercomplex (PSII-LHCII, C2S2M2-type)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株: Wildtype / 器官: Leaf / Organelle: Chloroplast / 細胞中の位置: Thylakoid Membrane

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超分子 #2: CP24-LHCII (M-trimer)

超分子名称: CP24-LHCII (M-trimer) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株: Wildtype / 器官: Leaf / Organelle: Chloroplast / 細胞中の位置: Thylakoid Membrane

+
超分子 #3: LHCII S-trimer

超分子名称: LHCII S-trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #21-#23
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株: Wildtype / 器官: Leaf / Organelle: Chloroplast / 細胞中の位置: Thylakoid Membrane

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超分子 #4: CP29

超分子名称: CP29 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #22
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株: Wildtype / 器官: Leaf / Organelle: Chloroplast / 細胞中の位置: Thylakoid Membrane

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超分子 #5: CP26

超分子名称: CP26 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #20
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株: Wildtype / 器官: Leaf / Organelle: Chloroplast / 細胞中の位置: Thylakoid Membrane

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超分子 #6: Photosystem II core complex (dimer)

超分子名称: Photosystem II core complex (dimer) / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#19
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 株: Wildtype / 器官: Leaf / Organelle: Chloroplast / 細胞中の位置: Thylakoid Membrane

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分子 #1: Lhcb1.4

分子名称: Lhcb1.4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 28.193934 KDa
配列文字列: MAASTMALSS PALTGKAVKL SPAASEVFGT GRITMRKASK PTGPSGSPWY GSDRVKYLGP FSGEPPSYLT GEFPGDYGWD TAGLSADPE TFARNRELEV IHSRWAMLGA LGCVFPELLA RNGVKFGEAV WFKAGSQIFS DGGLDYLGNP SLVHAQSILA I WATQVILM ...文字列:
MAASTMALSS PALTGKAVKL SPAASEVFGT GRITMRKASK PTGPSGSPWY GSDRVKYLGP FSGEPPSYLT GEFPGDYGWD TAGLSADPE TFARNRELEV IHSRWAMLGA LGCVFPELLA RNGVKFGEAV WFKAGSQIFS DGGLDYLGNP SLVHAQSILA I WATQVILM GAVEGYRVAG DGPLGEAEDL LYPGGSFDPL GLATDPEAFA ELKVKELKNG RLAMFSMFGF FVQAIVTGKG PL ENLADHL ADPVNNNAWA FATNFVPGK

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分子 #2: Lhcb3.1

分子名称: Lhcb3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 26.45299 KDa
配列文字列: ASSFNPLRDV VSLGSPKYTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSVQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGAFGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQVILMGLVE GFRINGLDGV G EGNDLYPG ...文字列:
ASSFNPLRDV VSLGSPKYTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSVQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGAFGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQVILMGLVE GFRINGLDGV G EGNDLYPG GQYFDPLGLA DDPVTFAELK VKEIKNGRLA MFSMFGFFVQ AIVTGKGPLE NLLDHLDNPV ANNAWAFATK FA PGA

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分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.198287 KDa
配列文字列: AAAAAQPKKS WIPAVKGGGN FLDPEWLDGS LPGDFGFDPL GLGKDPAFLK WYREAELIHG RWAMAAVLGI FVGQAWSGVA WFEAGAQPD AIAPFSFGSL LGTQLLLMGW VESKRWVDFF NPDSQSVEWA TPWSKTAENF ANYTGDQGYP GGRFFDPLGL A GKNRDGVY ...文字列:
AAAAAQPKKS WIPAVKGGGN FLDPEWLDGS LPGDFGFDPL GLGKDPAFLK WYREAELIHG RWAMAAVLGI FVGQAWSGVA WFEAGAQPD AIAPFSFGSL LGTQLLLMGW VESKRWVDFF NPDSQSVEWA TPWSKTAENF ANYTGDQGYP GGRFFDPLGL A GKNRDGVY EPDFEKLERL KLAEIKHSRL AMVAMLIFYF EAGQGKTPLG ALGL

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分子 #4: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 38.830082 KDa
配列文字列: TAILERRESE SLWGRFCNWI TSTENRLYIG WFGVLMIPTL LTATSVFIIA FIAAPPVDID GIREPVSGSL LYGNNIISGA IIPTSAAIG LHFYPIWEAA SVDEWLYNGG PYELIVLHFL LGVACYMGRE WELSFRLGMR PWIAVAYSAP VAAATAVFLI Y PIGQGSFS ...文字列:
TAILERRESE SLWGRFCNWI TSTENRLYIG WFGVLMIPTL LTATSVFIIA FIAAPPVDID GIREPVSGSL LYGNNIISGA IIPTSAAIG LHFYPIWEAA SVDEWLYNGG PYELIVLHFL LGVACYMGRE WELSFRLGMR PWIAVAYSAP VAAATAVFLI Y PIGQGSFS DGMPLGISGT FNFMIVFQAE HNILMHPFHM LGVAGVFGGS LFSAMHGSLV TSSLIRETTE NESANEGYRF GQ EEETYNI VAAHGYFGRL IFQYASFNNS RSLHFFLAAW PVVGIWFTAL GISTMAFNLN GFNFNQSVVD SQGRVINTWA DII NRANLG MEVMHERNAH NFPLDLAAVE APSTNG

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分子 #5: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 56.091824 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL AVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWNI TGGTITNPG LWSYEGVAGA HIVFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFCDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL AVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWNI TGGTITNPG LWSYEGVAGA HIVFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFCDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV SDPYGLTGKV QPVNPAWGVE GFDPFVPGGI ASHHIAAGTL GILAGLFHLS VRPPQRLYKG LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDQ GYFQQEIYRR VSAGLAENQS LSEAWAKIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGSMDNGDGI AVGWLGHPVF RNKEGRELFV RRMPTFFETF PVVLVDGDGI VRADVPFRRA ESKYSVEQVG VTVE FYGGE LNGVSYSDPA TVKKYARRAQ LGEIFELDRA TLKSDGVFRS SPRGWFTFGH ASFALLFFFG HIWHGARTLF RDVFA GIDP DLDAQVEFGA FQKLGDPTTK RQAV

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分子 #6: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 50.086324 KDa
配列文字列: TLFNGTLALA GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGWGVGPGG EVIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGIYHA LLGPETLEES FPFFGYVWKD RNKMTTILGI HLILLGVGAF L LVFKALYF ...文字列:
TLFNGTLALA GRDQETTGFA WWAGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMNLFEVAH FVPEKPMYEQ GLILLPHLAT LGWGVGPGG EVIDTFPYFV SGVLHLISSA VLGFGGIYHA LLGPETLEES FPFFGYVWKD RNKMTTILGI HLILLGVGAF L LVFKALYF GGVYDTWAPG GGDVRKITNL TLSPSVIFGY LLKSPFGGEG WIVSVDDLED IIGGHVWLGS ICIFGGIWHI LT KPFAWAR RALVWSGEAY LSYSLAALSV CGFIACCFVW FNNTAYPSEF YGPTGPEASQ AQAFTFLVRD QRLGANVGSA QGP TGLGKY LMRSPTGEVI FGGETMRFWD LRAPWLEPLR GPNGLDLSRL KKDIQPWQER RSAEYMTHAP LGSLNSVGGV ATEI NAVNY VSPRSWLSTS HFVLGFFLFV GHLWHAGRAR AAAAGFEKGI DRDFEPVLSM TPLN

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分子 #7: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 39.444082 KDa
配列文字列: TIALGKFTKD EKDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF ...文字列:
TIALGKFTKD EKDLFDIMDD WLRRDRFVFV GWSGLLLFPC AYFALGGWFT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLAHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFMLRQ FELARSVQLR PYNAIAFSGP IAVFVSVFLI Y PLGQSGWF FAPSFGVAAI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGAA LLCAIHGATV ENTLFEDGDG ANTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GVAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSALGVV GLALNLRAYD FVSQEIRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMAAQDQPH ENLIFPEEVL PRGNAL

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分子 #8: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.393501 KDa
配列文字列:
MSGSTGERSF ADIITSIRYW VIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTESR QGIPLITGRF DSLEQLDEFS RSF

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分子 #9: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF)

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta (PsbF) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.428228 KDa
配列文字列:
MTIDRTYPIF TVRWLAVHGL AVPTVSFLGS ISAMQFIQR

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.575691 KDa
配列文字列:
ATQTVEDSSR SGPRSTTVGK LLKPLNSEYG KVAPGWGTTP LMGVAMALFA VFLSIILEIY NSSVLLDGIS VN

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.170891 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT VVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGREE

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.239112 KDa
配列文字列:
KLPEAYAFLN PIVDVMPVIP LFFLLLAFVW QAAVSFR

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.471075 KDa
配列文字列:
MTQSNPNEQS VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSNYFFN

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.783538 KDa
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQND

+
分子 #15: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 26.594639 KDa
配列文字列: EGAPKRLTYD EIQSKTYMEV KGTGTANQCP TIDGGSETFS FKPGKYAGKK FCFEPTSFTV KADSVSKNAP PEFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVASDG SVNFKEEDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT VKQLDASGKP DSFTGKFLVP SYRGSSFLDP K GRGGSTGY ...文字列:
EGAPKRLTYD EIQSKTYMEV KGTGTANQCP TIDGGSETFS FKPGKYAGKK FCFEPTSFTV KADSVSKNAP PEFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVASDG SVNFKEEDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT VKQLDASGKP DSFTGKFLVP SYRGSSFLDP K GRGGSTGY DNAVALPAGG RGDEEELVKE NVKNTAASVG EITLKVTKSK PETGEVIGVF ESLQPSDTDL GAKVPKDVKI QG VWYGQLE

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.825642 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKIS TKK

+
分子 #17: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.036749 KDa
配列文字列:
LVDERMSTEG TGLPFGLSNN LLGWILFGVF GLIWTFFFVY TSSLEEDEES GLSL

+
分子 #18: PsbX

分子名称: PsbX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.186916 KDa
配列文字列:
AGSGISPSLK NFLLSIASGG LVLTVIIGVV VGVSNFDPVK RT

+
分子 #19: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.569768 KDa
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIITSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNVV FSGTSLWIGL VFLVGILNSL IS

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.232754 KDa
配列文字列: SKAVSETSDE LAKWYGPDRR IFLPDGLLDR SEIPEYLNGE VAGDYGYDPF GLGKKPENFA KYQAFELIHA RWAMLGAAGF IIPEALNKY GANCGPEAVW FKTGALLLDG NTLNYFGKNI PINLVLAVVA EVVLLGGAEY YRITNGLDFE DKLHPGGPFD P LGLAKDPE ...文字列:
SKAVSETSDE LAKWYGPDRR IFLPDGLLDR SEIPEYLNGE VAGDYGYDPF GLGKKPENFA KYQAFELIHA RWAMLGAAGF IIPEALNKY GANCGPEAVW FKTGALLLDG NTLNYFGKNI PINLVLAVVA EVVLLGGAEY YRITNGLDFE DKLHPGGPFD P LGLAKDPE QGALLKVKEI KNGRLAMFAM LGFFIQAYVT GEGPVENLAK HLSDPFGNNL LTVIAGTAER APTL

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 24.885072 KDa
配列文字列: RKTVAKPKGP SGSPWYGSDR VKYLGPFSGE SPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFARN RELEVIHSRW AMLGALGCVF PELLARNGV KFGEAVWFKA GSQIFSDGGL DYLGNPSLVH AQSILAIWAT QVILMGAVEG YRVAGNGPLG EAEDLLYPGG S FDPLGLAT ...文字列:
RKTVAKPKGP SGSPWYGSDR VKYLGPFSGE SPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPETFARN RELEVIHSRW AMLGALGCVF PELLARNGV KFGEAVWFKA GSQIFSDGGL DYLGNPSLVH AQSILAIWAT QVILMGAVEG YRVAGNGPLG EAEDLLYPGG S FDPLGLAT DPEAFAELKV KELKNGRLAM FSMFGFFVQA IVTGKGPIEN LADHLADPVN NNAWAFATNF VPGK

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.302855 KDa
配列文字列: AAPKKSAKKT VTTDRPLWYP GAISPDWLDG SLVGDYGFDP FGLGKPAEYL QFDIDSLDQN LAKNLAGDVI GTRTEAADAK STPFQPYSE VFGIQRFREC ELIHGRWAML ATLGALSVEW LTGVTWQDAG KVELVDGSSY LGQPLPFSIS TLIWIEVLVI G YIEFQRNA ...文字列:
AAPKKSAKKT VTTDRPLWYP GAISPDWLDG SLVGDYGFDP FGLGKPAEYL QFDIDSLDQN LAKNLAGDVI GTRTEAADAK STPFQPYSE VFGIQRFREC ELIHGRWAML ATLGALSVEW LTGVTWQDAG KVELVDGSSY LGQPLPFSIS TLIWIEVLVI G YIEFQRNA ELDSEKRLYP GGKFFDPLGL AADPEKTAQL QLAEIKHARL AMVAFLGFAV QAAATGKGPL NNWATHLSDP LH TTIIDTF SSS

+
分子 #23: PsbTn

分子名称: PsbTn / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.17881 KDa
配列文字列:
EPKRGTEAAK KKYAQVCVTM PTAKICRY

+
分子 #24: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 60 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 162 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 30 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #27: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #28: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 22 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #29: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #30: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 12 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #31: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / プラストキノン

+
分子 #32: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 22 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM / ジギトニン

+
分子 #33: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM / 炭酸水素塩

+
分子 #34: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #35: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #36: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #37: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #38: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #39: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 18 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #40: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 10 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #41: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 2 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #42: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 139 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 名称: HEPES-KOH / 詳細: 10mM HEPES-KOH pH7.5 + 0.01% (w/v) digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 50 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force -5 Wait time 1s Blotting time 5s.
詳細Indicated sample concentration based on Chlorophyll measurement.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12227 / 平均電子線量: 1.49 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5mdx

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 100712

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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