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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13038 | |||||||||
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タイトル | La Crosse virus polymerase at replication late-elongation stage | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA-dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Arragain B / Durieux Trouilleton Q | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural snapshots of La Crosse virus polymerase reveal the mechanisms underlying Peribunyaviridae replication and transcription. 著者: Benoît Arragain / Quentin Durieux Trouilleton / Florence Baudin / Jan Provaznik / Nayara Azevedo / Stephen Cusack / Guy Schoehn / Hélène Malet / 要旨: Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse ...Segmented negative-strand RNA bunyaviruses encode a multi-functional polymerase that performs genome replication and transcription. Here, we establish conditions for in vitro activity of La Crosse virus polymerase and visualize its conformational dynamics by cryo-electron microscopy, unveiling the precise molecular mechanics underlying its essential activities. We find that replication initiation is coupled to distal duplex promoter formation, endonuclease movement, prime-and-realign loop extension and closure of the polymerase core that direct the template towards the active site. Transcription initiation depends on C-terminal region closure and endonuclease movements that prompt primer cleavage prior to primer entry in the active site. Product realignment after priming, observed in replication and transcription, is triggered by the prime-and-realign loop. Switch to elongation results in polymerase reorganization and core region opening to facilitate template-product duplex formation in the active site cavity. The uncovered detailed mechanics should be helpful for the future design of antivirals counteracting bunyaviral life threatening pathogens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13038.map.gz | 5.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13038-v30.xml emd-13038.xml | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13038_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13038.png | 132.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13038.cif.gz | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13038 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13038 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13038_validation.pdf.gz | 396.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13038_full_validation.pdf.gz | 396.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13038_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13038_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13038 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13038 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.145 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : La Crosse virus polymerase at late elongation stage
+超分子 #1: La Crosse virus polymerase at late elongation stage
+超分子 #2: RNA
+超分子 #3: RNA
+超分子 #4: La Crosse virus polymerase
+分子 #1: RNA (5'-R(P*AP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*GP*U)-3')
+分子 #2: RNA (5'-R(P*AP*AP*CP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*CP*UP...
+分子 #3: RNA (5'-R(P*AP*UP*AP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*GP*UP*U)-3')
+分子 #4: La Crosse virus polymerase
+分子 #5: ZINC ION
+分子 #6: MAGNESIUM ION
+分子 #7: PYROPHOSPHATE 2-
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.45 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: 25 mA | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||||||||
詳細 | 1.7 uM LACV-LCItag_H34K were sequentially incubated for 1h at 4degree with (i) 1.9 uM 5prime 1-17 BPm, (ii) 1.9 uM 3prime vRNA 1-30. LACV-LCItag_H34K bound to vRNAs was incubated with 100 uM ATP/GTP/UTP/CTP and 5mM MgCl2 for 4h at 30degree |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1848 / 平均露光時間: 6.6 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 36000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |