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- EMDB-12935: Structure of thermostable human MFSD2A in complex with thermostab... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12935
タイトルStructure of thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Sync2
マップデータThermostable human MFSD2A transporter in complex with thermostable human SYNC2
試料
  • 複合体: Thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Syncytin-2
    • タンパク質・ペプチド: Syncytin-2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


lysophosphatidylcholine flippase activity / regulation of phosphatidylethanolamine metabolic process / regulation of phosphatidylserine metabolic process / oleate transmembrane transporter activity / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / regulation of neuron projection arborization / retina morphogenesis in camera-type eye / fatty acid transmembrane transporter activity / photoreceptor cell morphogenesis / lysophospholipid translocation ...lysophosphatidylcholine flippase activity / regulation of phosphatidylethanolamine metabolic process / regulation of phosphatidylserine metabolic process / oleate transmembrane transporter activity / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / regulation of neuron projection arborization / retina morphogenesis in camera-type eye / fatty acid transmembrane transporter activity / photoreceptor cell morphogenesis / lysophospholipid translocation / lysophospholipid:sodium symporter activity / lysophospholipid transport / syncytium formation by plasma membrane fusion / syncytium formation / photoreceptor cell outer segment organization / lipid transport across blood-brain barrier / very-low-density lipoprotein particle assembly / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of dendrite development / retinal pigment epithelium development / phospholipid transporter activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / phosphatidylcholine biosynthetic process / : / establishment of blood-brain barrier / myoblast fusion / transcytosis / motor behavior / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / maintenance of blood-brain barrier / Synthesis of PC / plasma membrane => GO:0005886 / carbohydrate transport / transport across blood-brain barrier / regulation of multicellular organism growth / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / energy homeostasis / cellular response to starvation / hippocampus development / brain development / cognition / positive regulation of cell growth / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Lactose permease-like / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Syncytin-2 / Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Martinez-Molledo M / Reyes N
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)771965European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the lysophospholipid brain uptake mechanism and its inhibition by syncytin-2.
著者: Maria Martinez-Molledo / Emmanuel Nji / Nicolas Reyes /
要旨: Brain development and function require uptake of essential omega-3 fatty acids in the form of lysophosphatidylcholine via major-facilitator superfamily transporter MFSD2A, a potential pharmaceutical ...Brain development and function require uptake of essential omega-3 fatty acids in the form of lysophosphatidylcholine via major-facilitator superfamily transporter MFSD2A, a potential pharmaceutical target to modulate blood-brain barrier (BBB) permeability. MFSD2A is also the receptor of endogenous retroviral envelope syncytin-2 (SYNC2) in human placenta, where it mediates cell-cell fusion and formation of the maternal-fetal interface. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of the human MFSD2A-SYNC2 complex that reveals a large hydrophobic cavity in the transporter C-terminal domain to occlude long aliphatic chains. The transporter architecture suggests an alternating-access transport mechanism for lipid substrates in mammalian MFS transporters. SYNC2 establishes an extensive binding interface with MFSD2A, and a SYNC2-soluble fragment acts as a long-sought-after inhibitor of MFSD2A transport. Our work uncovers molecular mechanisms important to brain and placenta development and function, and SYNC2-mediated inhibition of MFSD2A transport suggests strategies to aid delivery of therapeutic macromolecules across the BBB.
履歴
登録2021年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2022年6月29日-
現状2022年6月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12935.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12935.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Thermostable human MFSD2A transporter in complex with thermostable human SYNC2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.814 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.60815173 - 1.223691
平均 (標準偏差)0.0010504933 (±0.013845509)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 341.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional map for thermostable human MFSD2A transporter in...

ファイルemd_12935_additional_1.map
注釈Additional map for thermostable human MFSD2A transporter in complex with thermostable human SYNC2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Sync...

全体名称: Thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Syncytin-2
要素
  • 複合体: Thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Syncytin-2
    • タンパク質・ペプチド: Syncytin-2
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Sync...

超分子名称: Thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Syncytin-2
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK-293F

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分子 #1: Syncytin-2

分子名称: Syncytin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.613219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGLLLLVLIL TPSLAAYRHP DFPLLEKAQQ LLQSTGSPYS TNCWLCTSSS TETPGTAYPA SPREWTSIEA ELHISYRWDP NLKGLMRPA NSLLSTVKQD FPDIRQKPPI FGPIFTNINL MGIAPICVTA KRKNGTNVGT LPSTVCNVTF TVDPNQQTYQ T YTHNQFRH ...文字列:
MGLLLLVLIL TPSLAAYRHP DFPLLEKAQQ LLQSTGSPYS TNCWLCTSSS TETPGTAYPA SPREWTSIEA ELHISYRWDP NLKGLMRPA NSLLSTVKQD FPDIRQKPPI FGPIFTNINL MGIAPICVTA KRKNGTNVGT LPSTVCNVTF TVDPNQQTYQ T YTHNQFRH QPRFPKPPNI TFPQGTLLDK STRFCQGRPS SCSTRNFWFR PADYNQCLQI SNLSSTAEWV LLDQTRNSLF WE NKTKGAN QSQTPCVQVL AGMTIATSYL GISAVSEFFG TSLTPLFHFH ISTCLKTQGA FYICGQSIHQ CLPSNWTGTC TIG YVTPDI FIAPGNLSLP IPIYGNSPLP RVRRAIHFIP LLAGLGILAG TGTGIAGITK ASLTYSQLSK EIANNIDTMA KALT TMQEQ IDSLAAVVLQ NRRGLDMLTA AQGGICLALD EKCCFWVNQS GKVQDNIRQL LNQASSLRER ATQGWLNWEG TWKWF SWVL PFIGPLVSLL LLLLFGPCLL NLITQFVSSR LQAIKLQTNL SAGRHPRNIQ ESPF

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分子 #2: Isoform 2 of Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1

分子名称: Isoform 2 of Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.540805 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAKGEGAESG SAAGLLPTSI LQSTERPAQV KKEPKKKKQQ LSICNKLCYA VGGAPYQVTG CALGFFLQIY LLDVAQVGPF SASIILFVG RAWDAITDPL VGFCISKSSW TRLGRLMPWI IFSTPLAVIA YFLIWFVPDF PHGQTYWYLL FYCLFETLVT C FHVPYSAL ...文字列:
MAKGEGAESG SAAGLLPTSI LQSTERPAQV KKEPKKKKQQ LSICNKLCYA VGGAPYQVTG CALGFFLQIY LLDVAQVGPF SASIILFVG RAWDAITDPL VGFCISKSSW TRLGRLMPWI IFSTPLAVIA YFLIWFVPDF PHGQTYWYLL FYCLFETLVT C FHVPYSAL TMFISTEQSE RDSATAYRMT VEVLGTVLGT AIQGQIVGQA DTPCFQDLNS STVASQSANH THGTTSHRET QN AYLLAAG VIASIYVICA VILTLGVREQ REPYEAQQSE PMSFFRGLRL VMSHGPYIKL IAGFLFTSLA FMLVEGNFAL FCT YTLGFR NEFQNLLLAI MLSATLTIPI WQWFLTRFGK KTAVYVGISS AVPFLILVAL MESNLIVTYV VAVAAGISVA AAFL LPWSM LPDVIDDFHL KQPHSHGTEP IFFSFYVFFT KFASGVSLGI STLSLDFAGY QTRGCSQPER VKFTLKMLVT MAPIV LILL GLLLFKLYPI DEERRRQNKK ALQALRDEAS SSGCSETDST ELASIL

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
0.0084 %GDNglyco-diosgenin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 2 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 47.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1461938
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF estimation
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 94703
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12.4)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7oix:
Structure of thermostable human MFSD2A in complex with thermostable human Sync2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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