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- EMDB-12890: Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12890
タイトルTetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1
マップデータTetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1
試料
  • 複合体: Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1
    • 複合体: Tetanus toxin
      • タンパク質・ペプチド: Tetanus toxin
    • 複合体: FAB TT110
      • タンパク質・ペプチド: Fab TT104
      • タンパク質・ペプチド: Fab TT104
キーワードtetanus / tetanus neurotoxin / humAbs / monoclonal antibody / tetanus prophylaxis / spastic paralysis / tetanus immunoglobulin / TIG / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium tetani (破傷風菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Pirazzini M / Grinzato A
引用ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2021
タイトル: Exceptionally potent human monoclonal antibodies are effective for prophylaxis and treatment of tetanus in mice.
著者: Marco Pirazzini / Alessandro Grinzato / Davide Corti / Sonia Barbieri / Oneda Leka / Francesca Vallese / Marika Tonellato / Chiara Silacci-Fregni / Luca Piccoli / Eaazhisai Kandiah / ...著者: Marco Pirazzini / Alessandro Grinzato / Davide Corti / Sonia Barbieri / Oneda Leka / Francesca Vallese / Marika Tonellato / Chiara Silacci-Fregni / Luca Piccoli / Eaazhisai Kandiah / Giampietro Schiavo / Giuseppe Zanotti / Antonio Lanzavecchia / Cesare Montecucco /
要旨: We used human monoclonal antibodies (humAbs) to study the mechanism of neuron intoxication by tetanus neurotoxin and to evaluate these antibodies as a safe preventive and therapeutic substitute for ...We used human monoclonal antibodies (humAbs) to study the mechanism of neuron intoxication by tetanus neurotoxin and to evaluate these antibodies as a safe preventive and therapeutic substitute for hyperimmune sera to treat tetanus in mice. By screening memory B cells from immune donors, we selected 2 tetanus neurotoxin-specific mAbs with exceptionally high neutralizing activities and extensively characterized them both structurally and functionally. We found that these antibodies interfered with the binding and translocation of the neurotoxin into neurons by interacting with 2 epitopes, whose identification pinpoints crucial events in the cellular pathogenesis of tetanus. Our observations explain the neutralization ability of these antibodies, which we found to be exceptionally potent in preventing experimental tetanus when injected into mice long before the toxin. Moreover, their Fab derivatives neutralized tetanus neurotoxin in post-exposure experiments, suggesting their potential for therapeutic use via intrathecal injection. As such, we believe these humAbs, as well as their Fab derivatives, meet the requirements to be considered for prophylactic and therapeutic use in human tetanus and are ready for clinical trials.
履歴
登録2021年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月27日-
マップ公開2021年10月27日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oh0
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.1 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.1 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.0260875 - 1.4598637
平均 (標準偏差)0.00035250335 (±0.0418347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8270.8270.827
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.100248.100248.100
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-1.0261.4600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1

全体名称: Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1
要素
  • 複合体: Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1
    • 複合体: Tetanus toxin
      • タンパク質・ペプチド: Tetanus toxin
    • 複合体: FAB TT110
      • タンパク質・ペプチド: Fab TT104
      • タンパク質・ペプチド: Fab TT104

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超分子 #1: Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1

超分子名称: Tetanus neurotoxin HC domain in complex with TT104-Fab1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Tetanus toxin

超分子名称: Tetanus toxin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Clostridium tetani (破傷風菌)

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超分子 #3: FAB TT110

超分子名称: FAB TT110 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Tetanus toxin

分子名称: Tetanus toxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium tetani (破傷風菌)
分子量理論値: 50.476918 KDa
配列文字列: EDIDVILKKS TILNLDINND IISDISGFNS SVITYPDAQL VPGINGKAIH LVNNESSEVI VHKAMDIEYN DMFNNFTVSF WLRVPKVSA SHLEQYGTNE YSIISSMKKH SLSIGSGWSV SLKGNNLIWT LKDSAGEVRQ ITFRDLPDKF NAYLANKWVF I TITNDRLS ...文字列:
EDIDVILKKS TILNLDINND IISDISGFNS SVITYPDAQL VPGINGKAIH LVNNESSEVI VHKAMDIEYN DMFNNFTVSF WLRVPKVSA SHLEQYGTNE YSIISSMKKH SLSIGSGWSV SLKGNNLIWT LKDSAGEVRQ ITFRDLPDKF NAYLANKWVF I TITNDRLS SANLYINGVL MGSAEITGLG AIREDNNITL KLDRCNNNNQ YVSIDKFRIF CKALNPKEIE KLYTSYLSIT FL RDFWGNP LRYDTEYYLI PVASSSKDVQ LKNITDYMYL TNAPSYTNGK LNIYYRRLYN GLKFIIKRYT PNNEIDSFVK SGD FIKLYV SYNNNEHIVG YPKDGNAFNN LDRILRVGYN APGIPLYKKM EAVKLRDLKT YSVQLKLYDD KNASLGLVGT HNGQ IGNDP NRDILIASNW YFNHLKDKIL GCDWYFVPTD EGWTND

UniProtKB: Tetanus toxin

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分子 #2: Fab TT104

分子名称: Fab TT104 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.647295 KDa
配列文字列: QLQLQESGPG LVRPSETLSL TCSVSDDSMG SSTYYWAWIR QPPGKGLEWI GNVYYNGVTY YNSSLESRLT LSIDPSKNQF SLILSSVTA ADTAVYYCAR QADNWFDPWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
QLQLQESGPG LVRPSETLSL TCSVSDDSMG SSTYYWAWIR QPPGKGLEWI GNVYYNGVTY YNSSLESRLT LSIDPSKNQF SLILSSVTA ADTAVYYCAR QADNWFDPWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSC

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分子 #3: Fab TT104

分子名称: Fab TT104 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.462094 KDa
配列文字列: IMMTQSPATL SVSPGERATL SCRASQSVGS DLAWYQQKPG QAPRLLIYGA SYRATGIPAR FSGGGSGTEF TLTISSMQSE DFAVYYCQQ YYNWPPYTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
IMMTQSPATL SVSPGERATL SCRASQSVGS DLAWYQQKPG QAPRLLIYGA SYRATGIPAR FSGGGSGTEF TLTISSMQSE DFAVYYCQQ YYNWPPYTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98170
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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