+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12832 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E. coli 50S ribosome LiCl core particle, class 3-1 | |||||||||
マップデータ | Sharpened and filtered according to the estimated local resolution | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Larsson DSD / Selmer M | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022 タイトル: Structural Consequences of Deproteinating the 50S Ribosome. 著者: Daniel S D Larsson / Sandesh Kanchugal P / Maria Selmer / 要旨: Ribosomes are complex ribonucleoprotein particles. Purified 50S ribosomes subjected to high-salt wash, removing a subset of ribosomal proteins (r-proteins), were shown as competent for in vitro ...Ribosomes are complex ribonucleoprotein particles. Purified 50S ribosomes subjected to high-salt wash, removing a subset of ribosomal proteins (r-proteins), were shown as competent for in vitro assembly into functional 50S subunits. Here, we used cryo-EM to determine the structures of such LiCl core particles derived from 50S subunits. A wide range of complexes with large variations in the extent of the ordered 23S rRNA and the occupancy of r-proteins were resolved to between 2.8 Å and 9 Å resolution. Many of these particles showed high similarity to in vivo and in vitro assembly intermediates, supporting the inherent stability or metastability of these states. Similar to states in early ribosome assembly, the main class showed an ordered density for the particle base around the exit tunnel, with domain V and the 3'-half of domain IV disordered. In addition, smaller core particles were discovered, where either domain II or IV was unfolded. Our data support a multi-pathway in vitro disassembly process, similar but reverse to assembly. Dependencies between complex tertiary RNA structures and RNA-protein interactions were observed, where protein extensions dissociated before the globular domains. We observed the formation of a non-native RNA structure upon protein dissociation, demonstrating that r-proteins stabilize native RNA structures and prevent non-native interactions also after folding. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12832.map.gz | 191.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-12832-v30.xml emd-12832.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12832_fsc.xml | 15.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12832.png | 131.4 KB | ||
マスクデータ | emd_12832_msk_1.map | 343 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12832_additional_1.map.gz emd_12832_half_map_1.map.gz emd_12832_half_map_2.map.gz | 67.7 MB 276.1 MB 276.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12832 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12832 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12832_validation.pdf.gz | 686.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_12832_full_validation.pdf.gz | 685.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12832_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12832_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12832 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12832 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened and filtered according to the estimated local resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12832_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened full map, spherically masked
ファイル | emd_12832_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened full map, spherically masked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12832_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12832_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 50S LiCl core particle, class 1-1
全体 | 名称: 50S LiCl core particle, class 1-1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: 50S LiCl core particle, class 1-1
超分子 | 名称: 50S LiCl core particle, class 1-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16 詳細: 3.5 M LiCl wash, RlmF pull-down, consensus reconstruction |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: JW5107-1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.17 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: continuous carbon, 3 microL of sample, incubate for 30 seconds, blot for 3.5 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
詳細 | The sample stage was tilted at 0, 15 or 30 degrees |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11368 / 平均露光時間: 0.77 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |