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- EMDB-12634: Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 (open form) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12634
タイトルCryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 (open form) in complex with fibronectin and TS2/16 Fv-clasp
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of integrin a5b1, fibronectin and TS2/16 Fv-clasp
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-5
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Fibronectin
    • タンパク質・ペプチド: TS2/16 VH(S112C)-SARAH Chimera
    • タンパク質・ペプチド: TS2/16 VL-SARAH(S37C) Chimera
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / regulation of inward rectifier potassium channel activity ...integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / regulation of inward rectifier potassium channel activity / regulation of collagen catabolic process / integrin alpha9-beta1 complex / integrin alpha4-beta1 complex / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / regulation of synapse pruning / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Other semaphorin interactions / negative regulation of monocyte activation / Formation of the ureteric bud / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / negative regulation of transforming growth factor beta production / integrin alphav-beta1 complex / CD40 signaling pathway / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Fibronectin matrix formation / Extracellular matrix organization / basement membrane organization / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / myelin sheath abaxonal region / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / peptidase activator activity / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / CHL1 interactions / fibrinogen complex / Laminin interactions / cardiac muscle cell myoblast differentiation / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / MET interacts with TNS proteins / peptide cross-linking / germ cell migration / leukocyte tethering or rolling / cardiac muscle cell differentiation / mesodermal cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / cell projection organization / Platelet Adhesion to exposed collagen / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / myoblast fusion / Elastic fibre formation / cell-substrate junction assembly / platelet-derived growth factor receptor binding / axon extension / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of fibroblast migration / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / wound healing, spreading of epidermal cells / myoblast differentiation / positive regulation of cell-substrate adhesion / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / regulation of spontaneous synaptic transmission / biological process involved in interaction with symbiont / Basigin interactions / dendrite morphogenesis / proteoglycan binding / Molecules associated with elastic fibres / muscle organ development / lamellipodium assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / extracellular matrix structural constituent / cell adhesion mediated by integrin / MET activates PTK2 signaling / negative regulation of vasoconstriction / epidermal growth factor receptor binding / Syndecan interactions / leukocyte cell-cell adhesion / sarcomere organization / positive regulation of wound healing / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of neuroblast proliferation / cell-substrate adhesion / positive regulation of sprouting angiogenesis / endodermal cell differentiation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / establishment of mitotic spindle orientation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / : / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain ...Fibronectin type I domain / : / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Kringle-like fold / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibronectin / Integrin beta-1 / Integrin alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schumacher S / Dedden D / Vazquez Nunez R / Matoba K / Takagi J / Biertumpfel C / Mizuno N
資金援助 ドイツ, European Union, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Other privateBoehringer Ingelheim Foundation Plus 3 Program ドイツ
European Research Council (ERC)ERC-CoG 724209European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)Young Investigator ProgramEuropean Union
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural insights into integrin αβ opening by fibronectin ligand.
著者: Stephanie Schumacher / Dirk Dedden / Roberto Vazquez Nunez / Kyoko Matoba / Junichi Takagi / Christian Biertümpfel / Naoko Mizuno /
要旨: Integrin αβ is a major fibronectin receptor critical for cell migration. Upon complex formation, fibronectin and αβ undergo conformational changes. While this is key for cell-tissue connections, ...Integrin αβ is a major fibronectin receptor critical for cell migration. Upon complex formation, fibronectin and αβ undergo conformational changes. While this is key for cell-tissue connections, its mechanism is unknown. Here, we report cryo-electron microscopy structures of native human αβ with fibronectin to 3.1-angstrom resolution, and in its resting state to 4.6-angstrom resolution. The αβ-fibronectin complex revealed simultaneous interactions at the arginine-glycine-aspartate loop, the synergy site, and a newly identified binding site proximal to adjacent to metal ion-dependent adhesion site, inducing the translocation of helix α1 to secure integrin opening. Resting αβ adopts an incompletely bent conformation, challenging the model of integrin sharp bending inhibiting ligand binding. Our biochemical and structural analyses showed that affinity of αβ for fibronectin is increased with manganese ions (Mn) while adopting the half-bent conformation, indicating that ligand-binding affinity does not depend on conformation, and αβ opening is induced by ligand-binding.
履歴
登録2021年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2021年6月2日-
現状2021年6月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0292
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0292
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nwl
  • 表面レベル: 0.0292
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 360 pix.
= 498.24 Å		1.38 Å/pix.
x 360 pix.
= 498.24 Å		1.38 Å/pix.
x 360 pix.
= 498.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.384 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0292 / ムービー #1: 0.0292
最小 - 最大-0.07339407 - 0.15871869
平均 (標準偏差)0.00011240059 (±0.0019957777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 498.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3841.3841.384
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z498.240498.240498.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ420420420
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0730.1590.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12634_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: focused map around the high resolution parts

ファイルemd_12634_additional_1.map
注釈focused map around the high resolution parts
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: working map including also low resolution parts

ファイルemd_12634_additional_2.map
注釈working map including also low resolution parts
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12634_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12634_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of integrin a5b1, fibronectin and TS2/16 Fv-clasp

全体名称: Ternary complex of integrin a5b1, fibronectin and TS2/16 Fv-clasp
要素
  • 複合体: Ternary complex of integrin a5b1, fibronectin and TS2/16 Fv-clasp
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-5
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Fibronectin
    • タンパク質・ペプチド: TS2/16 VH(S112C)-SARAH Chimera
    • タンパク質・ペプチド: TS2/16 VL-SARAH(S37C) Chimera
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Ternary complex of integrin a5b1, fibronectin and TS2/16 Fv-clasp

超分子名称: Ternary complex of integrin a5b1, fibronectin and TS2/16 Fv-clasp
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 210 KDa

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分子 #1: Integrin alpha-5

分子名称: Integrin alpha-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト) / 組織: placenta
分子量理論値: 110.111555 KDa
配列文字列: FNLDAEAPAV LSGPPGSFFG FSVEFYRPGT DGVSVLVGAP KANTSQPGVL QGGAVYLCPW GASPTQCTPI EFDSKGSRLL ESSLSSSEG EEPVEYKSLQ WFGATVRAHG SSILACAPLY SWRTEKEPLS DPVGTCYLST DNFTRILEYA PCRSDFSWAA G QGYCQGGF ...文字列:
FNLDAEAPAV LSGPPGSFFG FSVEFYRPGT DGVSVLVGAP KANTSQPGVL QGGAVYLCPW GASPTQCTPI EFDSKGSRLL ESSLSSSEG EEPVEYKSLQ WFGATVRAHG SSILACAPLY SWRTEKEPLS DPVGTCYLST DNFTRILEYA PCRSDFSWAA G QGYCQGGF SAEFTKTGRV VLGGPGSYFW QGQILSATQE QIAESYYPEY LINLVQGQLQ TRQASSIYDD SYLGYSVAVG EF SGDDTED FVAGVPKGNL TYGYVTILNG SDIRSLYNFS GEQMASYFGY AVAATDVNGD GLDDLLVGAP LLMDRTPDGR PQE VGRVYV YLQHPAGIEP TPTLTLTGHD EFGRFGSSLT PLGDLDQDGY NDVAIGAPFG GETQQGVVFV FPGGPGGLGS KPSQ VLQPL WAASHTPDFF GSALRGGRDL DGNGYPDLIV GSFGVDKAVV YRGRPIVSAS ASLTIFPAMF NPEERSCSLE GNPVA CINL SFCLNASGKH VADSIGFTVE LQLDWQKQKG GVRRALFLAS RQATLTQTLL IQNGAREDCR EMKIYLRNES EFRDKL SPI HIALNFSLDP QAPVDSHGLR PALHYQSKSR IEDKAQILLD CGEDNICVPD LQLEVFGEQN HVYLGDKNAL NLTFHAQ NV GEGGAYEAEL RVTAPPEAEY SGLVRHPGNF SSLSCDYFAV NQSRLLVCDL GNPMKAGASL WGGLRFTVPH LRDTKKTI Q FDFQILSKNL NNSQSDVVSF RLSVEAQAQV TLNGVSKPEA VLFPVSDWHP RDQPQKEEDL GPAVHHVYEL INQGPSSIS QGVLELSCPQ ALEGQQLLYV TRVTGLNCTT NHPINPKGLE LDPEGSLHHQ QKREAPSRSS ASSGPQILKC PEAECFRLRC ELGPLHQQE SQSLQLHFRV WAKTFLQREH QPFSLQCEAV YKALKMPYRI LPRQLPQKER QVATAVQWTK AEGSYGVPLW I IILAILFG LLLLGLLIYI LYKLGFFKRS LPYGTAMEKA QLKPPATSDA

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分子 #2: Integrin beta-1

分子名称: Integrin beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Sequenced used from GenBank entry CAA30790 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト) / 組織: placenta
分子量理論値: 86.338594 KDa
配列文字列: QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDIK KNKNVTNRSK GTAEKLKPE DIHQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL ENVKSLGTDL MNEMRRITSD F RIGFGSFV ...文字列:
QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDIK KNKNVTNRSK GTAEKLKPE DIHQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL ENVKSLGTDL MNEMRRITSD F RIGFGSFV EKTVMPYIST TPAKLRNPCT SEQNCTTPFS YKNVLSLTNK GEVFNELVGK QRISGNLDSP EGGFDAIMQV AV CGSLIGW RNVTRLLVFS TDAGFHFAGD GKLGGIVLPN DGQCHLENNM YTMSHYYDYP SIAHLVQKLS ENNIQTIFAV TEE FQPVYK ELKNLIPKSA VGTLSANSSN VIQLIIDAYN SLSSEVILEN GKLSEGVTIS YKSYCKNGVN GTGENGRKCS NISI GDEVQ FEISITSNKC PKKDSDSFKI RPLGFTEEVE VILQYICECE CQSEGIPESP KCHEGNGTFE CGACRCNEGR VGRHC ECST DEVNSEDMDA YCRKENSSEI CSNNGECVCG QCVCRKRDNT NEIYSGKFCE CDNFNCDRSN GLICGGNGVC KCRVCE CNP NYTGSACDCS LDTSTCEASN GQICNGRGIC ECGVCKCTDP KFQGQTCEMC QTCLGVCAEH KECVQCRAFN KGEKKDT CT QECSYFNITK VESRDKLPQP VQPDPVSHCK EKDVDDCWFY FTYSVNGNNE VMVHVVENPE CPTGPDIIPI VAGVVAGI V LIGLALLLIW KLLMIIHDRR EFAKFEKEKM NAKWDTGENP IYKSAVTTVV NPKYEGK

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分子 #3: Isoform 1 of Fibronectin

分子名称: Isoform 1 of Fibronectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.98116 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: PLSPPTNLHL EANPDTGVLT VSWERSTTPD ITGYRITTTP TNGQQGNSLE EVVHADQSSC TFDNLSPGLE YNVSVYTVKD DKESVPISD TIIPAVPPPT DLRFTNIGPD TMRVTWAPPP SIDLTNFLVR YSPVKNEEDV AELSISPSDN AVVLTNLLPG T EYVVSVSS ...文字列:
PLSPPTNLHL EANPDTGVLT VSWERSTTPD ITGYRITTTP TNGQQGNSLE EVVHADQSSC TFDNLSPGLE YNVSVYTVKD DKESVPISD TIIPAVPPPT DLRFTNIGPD TMRVTWAPPP SIDLTNFLVR YSPVKNEEDV AELSISPSDN AVVLTNLLPG T EYVVSVSS VYEQHESTPL RGRQKTGLDS PTGIDFSDIT ANSFTVHWIA PRATITGYRI RHHPEHFSGR PREDRVPHSR NS ITLTNLT PGTEYVVSIV ALNGREESPL LIGQQSTVSD VPRDLEVVAA TPTSLLISWD APAVTVRYYR ITYGETGGNS PVQ EFTVPG SKSTATISGL KPGVDYTITV YAVTGRGDSP ASSKPISINY RT

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分子 #4: TS2/16 VH(S112C)-SARAH Chimera

分子名称: TS2/16 VH(S112C)-SARAH Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Chimera: Mus musculus, Homo sapiens; 10090, 9660; / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.463992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDVKLVESGG GLVKPGGSLK LSCAASGFTF SSYTMSWVRQ TPEKRLEWVA TISSGGSYTY YPDSVKGRFT ISRDKAKNTL YLQMGSLKS EDTAMYYCTR IGYDEDYAMD HWGQGTSVTV CSGSDYEFLK SWTVEDLQKR LLALDPMMEQ EIEEIRQKYQ S KRQPILDA IEAK

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分子 #5: TS2/16 VL-SARAH(S37C) Chimera

分子名称: TS2/16 VL-SARAH(S37C) Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: Chimera: Mus musculus, Homo sapiens; 10090, 9660; / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.270742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSHMQIVVTQ RPTTMAASPG DKIIITCSVS SIISSNYLHW YSQKPGFSPK LLIYRTSNLA SGVPPRFSGS GSGTSYSLTI GTMEAEDVA TYYCQQGSDI PLTFGDGTKL DLKRGSDYEF LKSWTVEDLQ KRLLALDPMM EQEIEEIRQK YQCKRQPILD A IEAK

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分子 #11: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 7 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMnCl2manganese chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: GloQube at 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Integrin a5b1 was assembled into MSPE3D1 nanodiscs containing lipids Folch fraction I lipids from bovine brain at a ratio of 1:29:3460, respectively. The assembly mix was incubated with SM-2 BioBeads to remove DDM detergent from solubilized lipids and then purified by size-exclusion chromatography using a Superose 6 3.2/300 column and mixed with FN7-10 and TS/2/16 at stoichiometric ratios.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 6144 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9431 / 平均露光時間: 7.39 sec. / 平均電子線量: 59.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.62 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細initial image processing automatically by FOCUS pipeline: gain normalization, motion correction and dose-weighting in MotionCor2 CTF estimation by GCTF
粒子像選択選択した数: 4218951
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: 30 A-low pass filtered model from previous data analysis was used: 3754 particles were manually picked and used for 2D classification to generate a template for gautomatch, which picked ...詳細: 30 A-low pass filtered model from previous data analysis was used: 3754 particles were manually picked and used for 2D classification to generate a template for gautomatch, which picked 105351 particles. Further 2D classification of 10949 classes, initial model generation and 3D in Relion yielded a prominent model from 16765 particles.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 680610
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 25000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: 1492856 particles in total
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4wk0

chain_id: A

4wk0

chain_id: B

3vi3

chain_id: A

3vi3

chain_id: B

1fnf

chain_id: A

5xcx

chain_id: A

5xcx

chain_id: B
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7nwl:
Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 (open form) in complex with fibronectin and TS2/16 Fv-clasp

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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