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- EMDB-12465: SARS-CoV-2 Spike RBD (dimer) in complex with two Fu2 nanobodies -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12465
タイトルSARS-CoV-2 Spike RBD (dimer) in complex with two Fu2 nanobodies
マップデータ
試料
  • 複合体: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies
    • 複合体: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: Nanobody Fu2
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody Fu2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNanobody / Spike / Complex / Dimer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Das H / Hallberg BM
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A bispecific monomeric nanobody induces spike trimer dimers and neutralizes SARS-CoV-2 in vivo.
著者: Leo Hanke / Hrishikesh Das / Daniel J Sheward / Laura Perez Vidakovics / Egon Urgard / Ainhoa Moliner-Morro / Changil Kim / Vivien Karl / Alec Pankow / Natalie L Smith / Bartlomiej Porebski / ...著者: Leo Hanke / Hrishikesh Das / Daniel J Sheward / Laura Perez Vidakovics / Egon Urgard / Ainhoa Moliner-Morro / Changil Kim / Vivien Karl / Alec Pankow / Natalie L Smith / Bartlomiej Porebski / Oscar Fernandez-Capetillo / Erdinc Sezgin / Gabriel K Pedersen / Jonathan M Coquet / B Martin Hällberg / Ben Murrell / Gerald M McInerney /
要旨: Antibodies binding to the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike have therapeutic promise, but emerging variants show the potential for virus escape. This emphasizes the ...Antibodies binding to the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike have therapeutic promise, but emerging variants show the potential for virus escape. This emphasizes the need for therapeutic molecules with distinct and novel neutralization mechanisms. Here we describe the isolation of a nanobody that interacts simultaneously with two RBDs from different spike trimers of SARS-CoV-2, rapidly inducing the formation of spike trimer-dimers leading to the loss of their ability to attach to the host cell receptor, ACE2. We show that this nanobody potently neutralizes SARS-CoV-2, including the beta and delta variants, and cross-neutralizes SARS-CoV. Furthermore, we demonstrate the therapeutic potential of the nanobody against SARS-CoV-2 and the beta variant in a human ACE2 transgenic mouse model. This naturally elicited bispecific monomeric nanobody establishes an uncommon strategy for potent inactivation of viral antigens and represents a promising antiviral against emerging SARS-CoV-2 variants.
履歴
登録2021年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nll
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7nll
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12465.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.01 Å/pix.
x 88 pix.
= 88.88 Å		1.01 Å/pix.
x 55 pix.
= 55.55 Å		1.01 Å/pix.
x 101 pix.
= 102.01 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.2556701 - 1.2642814
平均 (標準偏差)0.078044415 (±0.12512718)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin279248258
サイズ5510188
Spacing8855101
セルA: 88.88 Å / B: 55.55 Å / C: 102.01 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.011.011.01
M x/y/z8855101
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z88.88055.550102.010
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ258279248
NX/NY/NZ8855101
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS248279258
NC/NR/NS1015588
D min/max/mean-0.2561.2640.078

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies

全体名称: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies
要素
  • 複合体: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies
    • 複合体: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: Nanobody Fu2
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody Fu2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies

超分子名称: Spike RBD (two molecules) in complex with two FU2 nanobodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 35.7 KDa

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超分子 #2: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 spike glycoprotein

超分子名称: Receptor Binding Domain of SARS-CoV-2 spike glycoprotein
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: Nanobody Fu2

超分子名称: Nanobody Fu2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 25.643859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS T PCNGVEGF ...文字列:
RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS T PCNGVEGF NCYFPLQSYG FQPTNGVGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNGGLPET GG

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Nanobody Fu2

分子名称: Nanobody Fu2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 15.859231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTLD DYAIGWFRQA PGKEREGVSF ITSSDGSTYY VDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLTPE DTAIYYCAVG PSFSYTGSTY YRSELPWDYD YWGQGTQVTV SSGGLPETGG HHHHHH

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 14081 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 48.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1) / 使用した粒子像数: 277372
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ksg


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7nll:
SARS-CoV-2 Spike RBD (dimer) in complex with two Fu2 nanobodies

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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