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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1240 | |||||||||
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タイトル | The structure of a filamentous bacteriophage. | |||||||||
マップデータ | This is the volume generated by IHRSR. To align with PDB 2hi5, use "CP TO BRIX" in SPIDER, with 2.4 A/pixel, and default unit cell. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / helical viral capsid / host cell membrane / membrane / Capsid protein G8P 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage fd (ファージ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang YA / Yu X / Overman S / Tsuboi M / Thomas GJ / Egelman EH | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006 タイトル: The structure of a filamentous bacteriophage. 著者: Ying A Wang / Xiong Yu / Stacy Overman / Masamichi Tsuboi / George J Thomas / Edward H Egelman / 要旨: Many thin helical polymers, including bacterial pili and filamentous bacteriophage, have been seen as refractory to high-resolution studies by electron microscopy. Studies of the quaternary structure ...Many thin helical polymers, including bacterial pili and filamentous bacteriophage, have been seen as refractory to high-resolution studies by electron microscopy. Studies of the quaternary structure of such filaments have depended upon techniques such as modeling or X-ray fiber diffraction, given that direct visualization of the subunit organization has not been possible. We report the first image reconstruction of a filamentous virus, bacteriophage fd, by cryoelectron microscopy. Although these thin ( approximately 70 A in diameter) rather featureless filaments scatter weakly, we have been able to achieve a nominal resolution of approximately 8 A using an iterative helical reconstruction procedure. We show that two different conformations of the virus exist, and that in both states the subunits are packed differently than in conflicting models previously proposed on the basis of X-ray fiber diffraction or solid-state NMR studies. A significant fraction of the population of wild-type fd is either disordered or in multiple conformational states, while in the presence of the Y21M mutation, this heterogeneity is greatly reduced, consistent with previous observations. These results show that new computational approaches to helical reconstruction can greatly extend the ability to visualize heterogeneous protein polymers at a reasonably high resolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1240.map.gz | 368.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1240-v30.xml emd-1240.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1240.gif | 9.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1240 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1240 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1240_validation.pdf.gz | 297.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1240_full_validation.pdf.gz | 297.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1240_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1240 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1240 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the volume generated by IHRSR. To align with PDB 2hi5, use "CP TO BRIX" in SPIDER, with 2.4 A/pixel, and default unit cell. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : bacteriophage fd
全体 | 名称: bacteriophage fd (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1000: bacteriophage fd
超分子 | 名称: bacteriophage fd / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: polymer of single protein / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: pVIII
分子 | 名称: pVIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage fd (ファージ) / 別称: bacteriophage fd |
分子量 | 実験値: 5207 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 67 / ビット/ピクセル: 14 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 17.4 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 37.4 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C5 (5回回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IHRSR |
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CTF補正 | 詳細: each film |