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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12271 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Lateral-open conformation of the lid-locked BAM complex (BamA E435C S665C, BamBDCE) bound by a bactericidal Fab fragment | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Postprocessed masked map of the of a lid-locked BAM complex bound by a bactericidal Fab fragment | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli K-12 | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Machin JM / Haysom SF | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, ベルギー, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: The role of membrane destabilisation and protein dynamics in BAM catalysed OMP folding. 著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / ...著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / Kelly M Storek / Steven T Rutherford / David J Brockwell / Neil A Ranson / Sheena E Radford / 要旨: The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit ...The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit BamA assists in OMP folding, and the contribution of membrane disruption to BAM catalysis remain unresolved. Here, we use an anti-BamA monoclonal antibody fragment (Fab1) and two disulphide-crosslinked BAM variants (lid-locked (LL), and POTRA-5-locked (P5L)) to dissect these roles. Despite being lethal in vivo, we show that all complexes catalyse folding in vitro, albeit less efficiently than wild-type BAM. CryoEM reveals that while Fab1 and BAM-P5L trap an open-barrel state, BAM-LL contains a mixture of closed and contorted, partially-open structures. Finally, all three complexes globally destabilise the lipid bilayer, while BamA does not, revealing that the BAM lipoproteins are required for this function. Together the results provide insights into the role of BAM structure and lipid dynamics in OMP folding. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12271.map.gz | 9.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12271-v30.xml emd-12271.xml | 33.2 KB 33.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12271_fsc.xml | 10.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12271.png | 107 KB | ||
マスクデータ | emd_12271_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_12271_half_map_1.map.gz emd_12271_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12271 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12271 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12271_validation.pdf.gz | 545.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12271_full_validation.pdf.gz | 544.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12271_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12271_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12271 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12271 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed masked map of the of a lid-locked BAM complex bound by a bactericidal Fab fragment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12271_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 2 from non-uniform refinement (cryoSPARC 2.2.0) of...
ファイル | emd_12271_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 2 from non-uniform refinement (cryoSPARC 2.2.0) of the polished particle stack | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 1 from non-uniform refinement (cryoSPARC 2.2.0) of...
ファイル | emd_12271_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 1 from non-uniform refinement (cryoSPARC 2.2.0) of the polished particle stack | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : lid-locked beta-barrel assembly machinery (BAM) complex (BamABCDE...
+超分子 #1: lid-locked beta-barrel assembly machinery (BAM) complex (BamABCDE...
+超分子 #2: lid-locked beta-barrel assembly machinery (BAM) complex (BamABCDE)
+超分子 #3: Light and heavy chains of bactericidal Fab fragment Fab1
+分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA
+分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB
+分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC
+分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD
+分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE
+分子 #6: Fab1 heavy chain
+分子 #7: Fab1 light chain
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE 詳細: Grids were glow discharged for 30s at 60 mA in a GlowQube Plus | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | 7NBX (lateral-open BAM-LL cryoEM structure) and 7BM5 (Fab1 crystal structure) were rigid fitted into the electron density in UCSF Chimera. One round of molecular dynamics based flexible fitting was then set up in VMD and run in NAMD to fit the structures into the BAM-LL-Fab1 density. The resulting structure was finally real-space refined in phenix to generate the final model. | ||||||||||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 183 | ||||||||||||||||
得られたモデル | PDB-7ncs: |