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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12270 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Pepper cryptic virus 1 VLP | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of PCV-1 VLP. | |||||||||
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![]() | Partitivirus / Virus like particle / Capsid | |||||||||
機能・相同性 | viral capsid / membrane => GO:0016020 / Coat protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Byrne MJ / Sainsbury F | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Pepper Cryptic Virus 1 VLP 著者: Byrne MJ / Sainsbury F / Ranson NA / Kashyap A / Esquirol L | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 469.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 223 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 710.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 710 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of PCV-1 VLP. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Pepper cryptic virus 1
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Pepper cryptic virus 1
超分子 | 名称: Pepper cryptic virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 369643 / 生物種: Pepper cryptic virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 47.626285 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGDRVNAQDD DTVVPHQAPL QPAALQQDLT RSADYLLDNV RIGNHRQRYD KYRRYVLLRS SEIFTSLVAI YAHIFSSYWQ HFRRFTDQF QAPTGVQLPT FVARVYISTW LHDLYCSIRE ATRSISPLAF NERYSYELLP YSTEYDPFLA FLSMSIKPTH I QHTPENTL ...文字列: MGDRVNAQDD DTVVPHQAPL QPAALQQDLT RSADYLLDNV RIGNHRQRYD KYRRYVLLRS SEIFTSLVAI YAHIFSSYWQ HFRRFTDQF QAPTGVQLPT FVARVYISTW LHDLYCSIRE ATRSISPLAF NERYSYELLP YSTEYDPFLA FLSMSIKPTH I QHTPENTL WIPILCENYD WDRNEANHNP FGITNFTLNS NLFYGLLAIL KERKEFKLST LTTNTIGRPC WLFDWHDNVQ VC AWFPREA NFNSQDVTAA YIIGVACTPK LGPSDDDAWK YYASLNSVPT FTPTEPRLTN RRSYGAYEVR TRETENNYFL PDS LLNIIE DFTATGTTQR RKIRRPSATS ASTGAAIIIR DTPGTASTAT TSTTETEVTF PPVIRTKIRD WYYHSRVILE LEDN SRTAA LRMFIIA UniProtKB: Coat protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 詳細: 20 mM MOPS, pH 7.0 with 140 mM NaCl and 5% (v/v) glycerol |
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 1.12 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |