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- EMDB-12263: structure of a POTRA-locked BAM complex in a lateral-open conformation -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12263 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | structure of a POTRA-locked BAM complex in a lateral-open conformation | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Postprocessed masked map of a POTRA-locked BAM complex | ||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Machin JM / Haysom SF | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The role of membrane destabilisation and protein dynamics in BAM catalysed OMP folding. 著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / ...著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / Kelly M Storek / Steven T Rutherford / David J Brockwell / Neil A Ranson / Sheena E Radford / ![]() ![]() 要旨: The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit ...The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit BamA assists in OMP folding, and the contribution of membrane disruption to BAM catalysis remain unresolved. Here, we use an anti-BamA monoclonal antibody fragment (Fab1) and two disulphide-crosslinked BAM variants (lid-locked (LL), and POTRA-5-locked (P5L)) to dissect these roles. Despite being lethal in vivo, we show that all complexes catalyse folding in vitro, albeit less efficiently than wild-type BAM. CryoEM reveals that while Fab1 and BAM-P5L trap an open-barrel state, BAM-LL contains a mixture of closed and contorted, partially-open structures. Finally, all three complexes globally destabilise the lipid bilayer, while BamA does not, revealing that the BAM lipoproteins are required for this function. Together the results provide insights into the role of BAM structure and lipid dynamics in OMP folding. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 154.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.8 KB 25.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 116.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 166.4 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 131.5 MB 131.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed masked map of a POTRA-locked BAM complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 1 from Refine3D (RELION 3.1)
ファイル | emd_12263_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 1 from Refine3D (RELION 3.1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 2 from Refine3D (RELION 3.1)
ファイル | emd_12263_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 2 from Refine3D (RELION 3.1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : POTRA-locked beta-barrel assembly machinery (BAM) complex
全体 | 名称: POTRA-locked beta-barrel assembly machinery (BAM) complex |
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要素 |
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-超分子 #1: POTRA-locked beta-barrel assembly machinery (BAM) complex
超分子 | 名称: POTRA-locked beta-barrel assembly machinery (BAM) complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: beta-barrel assembly machinery (BAM) complex (BamABCDE) with POTRA-lock in BamA (G393C G584C) and natural cysteines removed (C690S C700S) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 203 KDa |
-分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAMKKLLIAS LLFSSATVYG AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITFS GNKSVKDDML KQNLEASGVR VGESLDRTTI ADIEKGLEDF YYSVGKYSAS VKAVVTPLPR NRVDLKLVFQ ...文字列: MAMKKLLIAS LLFSSATVYG AEGFVVKDIH FEGLQRVAVG AALLSMPVRT GDTVNDEDIS NTIRALFATG NFEDVRVLRD GDTLLVQVKE RPTIASITFS GNKSVKDDML KQNLEASGVR VGESLDRTTI ADIEKGLEDF YYSVGKYSAS VKAVVTPLPR NRVDLKLVFQ EGVSAEIQQI NIVGNHAFTT DELISHFQLR DEVPWWNVVG DRKYQKQKLA GDLETLRSYY LDRGYARFNI DSTQVSLTPD KKGIYVTVNI TEGDQYKLSG VEVSGNLAGH SAEIEQLTKI EPGELYNGTK VTKMEDDIKK LLGRYGYAYP RVQSMPEIND ADKTVKLRVN VDAGNRFYVR KIRFEGNDTS KDAVLRREMR QMEGAWLGSD LVDQGKERLN RLGFFETVDT DTQRVPGSPD QVDVVYKVKE RNTGSFNFGI GYGTESGVSF QAGVQQDNWL GTGYAVGING TKNDYQTYAE LSVTNPYFTV DGVSLGGRLF YNDFQADDAD LSDYTNKSYG TDVTLGFPIN EYNSLRAGLG YVHNSLSNMQ PQVAMWRYLY SMGEHPSTSD QDNSFKTDDF TFNYGWTYNK LDRGYFPTDG SRVNLTGKVT IPGSDNEYYK VTLDTATYVP IDDDHKWVVL GRTRWGYGDG LGGKEMPFYE NFYAGGSSTV RGFQSNTIGP KAVYFPHQAS NYDPDYDYEC ATQDGAKDLC KSDDAVGGNA MAVASLEFIT PTPFISDKYA NSVRTSFFWD MGTVWDTNWD SSQYSGYPDY SDPSNIRMSA GIALQWMSPL GPLVFSYAQP FKKYDGDKAE QFQFNIGKTW |
-分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDGK EIWSVSLAEK DGWFSKEPAL LSGGVTVSGG HVYIGSEKAQ VYALNTSDGT VAWQTKVAGE ALSRPVVSDG LVLIHTSNGQ ...文字列: MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDGK EIWSVSLAEK DGWFSKEPAL LSGGVTVSGG HVYIGSEKAQ VYALNTSDGT VAWQTKVAGE ALSRPVVSDG LVLIHTSNGQ LQALNEADGA VKWTVNLDMP SLSLRGESAP TTAFGAAVVG GDNGRVSAVL MEQGQMIWQQ RISQATGSTE IDRLSDVDTT PVVVNGVVFA LAYNGNLTAL DLRSGQIMWK RELGSVNDFI VDGNRIYLVD QNDRVMALTI DGGVTLWTQS DLLHRLLTSP VLYNGNLVVG DSEGYLHWIN VEDGRFVAQQ KVDSSGFQTE PVAADGKLLI QAKDGTVYSI TR |
-分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPVT NGSGAVGKAL DIRPPAQPLA LVSGARTQFT GDTASLLVEN GRGNTLWPQV VSVLQAKNYT ITQRDDAGQT LTTDWVQWNR LDEDEQYRGR YQISVKPQGY ...文字列: MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPVT NGSGAVGKAL DIRPPAQPLA LVSGARTQFT GDTASLLVEN GRGNTLWPQV VSVLQAKNYT ITQRDDAGQT LTTDWVQWNR LDEDEQYRGR YQISVKPQGY QQAVTVKLLN LEQAGKPVAD AASMQRYSTE MMNVISAGLD KSATDAANAA QNRASTTMDV QSAADDTGLP MLVVRGPFNV VWQRLPAALE KVGMKVTDST RSQGNMAVTY KPLSDSDWQE LGASDPGLAS GDYKLQVGDL DNRSSLQFID PKGHTLTQSQ NDALVAVFQA AFSK |
-分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQA AIDRFIRLNP THPNIDYVMY MRGLTNMALD DSALQGFFGV DRSDRDPQHA RAAFSDFSKL VRGYPNSQYT TDATKRLVFL ...文字列: MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQA AIDRFIRLNP THPNIDYVMY MRGLTNMALD DSALQGFFGV DRSDRDPQHA RAAFSDFSKL VRGYPNSQYT TDATKRLVFL KDRLAKYEYS VAEYYTERGA WVAVVNRVEG MLRDYPDTQA TRDALPLMEN AYRQMQMNAQ AEKVAKIIAA NSSNT |
-分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE
分子 | 名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRCKTLTAAA AVLLMLTAGC STLERVVYRP DINQGNYLTA NDVSKIRVGM TQQQVAYALG TPLMSDPFGT NTWFYVFRQQ PGHEGVTQQT LTLTFNSSGV LTNIDNKPAL SGN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Glow discharge using GloqQube Plus, 30s, 60 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |