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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12224 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 complex. | ||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened, locally filtered map of VPS26 dimer region of the fungal retromer:Grd19 complex assembled on the membrane | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | endosomes / coat proteins / membrane trafficking / cargo-sorting / ENDOCYTOSIS | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vanadium ion transmembrane transporter activity / vanadium ion transport / transition metal ion transmembrane transporter activity / paraferritin complex / Defective SLC11A2 causes hypochromic microcytic anemia, with iron overload 1 (AHMIO1) / lead ion transmembrane transporter activity / nickel cation transmembrane transporter activity / lead ion transport / cadmium ion transmembrane transport / nickel cation transport ...vanadium ion transmembrane transporter activity / vanadium ion transport / transition metal ion transmembrane transporter activity / paraferritin complex / Defective SLC11A2 causes hypochromic microcytic anemia, with iron overload 1 (AHMIO1) / lead ion transmembrane transporter activity / nickel cation transmembrane transporter activity / lead ion transport / cadmium ion transmembrane transport / nickel cation transport / solute:proton symporter activity / Metal ion SLC transporters / inorganic cation transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / manganese ion transport / detection of oxygen / cobalt ion transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / retromer, cargo-selective complex / manganese ion transmembrane transporter activity / cobalt ion transmembrane transporter activity / iron import into cell / copper ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transporter activity / retromer complex binding / iron ion transmembrane transport / ferrous iron transmembrane transporter activity / copper ion transport / basal part of cell / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / vacuole / response to iron ion / dendrite morphogenesis / heme biosynthetic process / cadmium ion binding / erythrocyte development / intracellular protein transport / Iron uptake and transport / brush border membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / : / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / recycling endosome membrane / late endosome / extracellular vesicle / protein transport / apical part of cell / late endosome membrane / iron ion transport / cellular response to oxidative stress / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / lysosome / early endosome / learning or memory / response to hypoxia / endosome membrane / apical plasma membrane / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / mitochondrion / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) | ||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Leneva N / Kovtun O | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Architecture and mechanism of metazoan retromer:SNX3 tubular coat assembly. 著者: Natalya Leneva / Oleksiy Kovtun / Dustin R Morado / John A G Briggs / David J Owen / 要旨: Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core ...Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core (VPS26/VPS29/VPS35) is present on cargo-transporting, tubular carriers along with a range of sorting nexins. Here, we elucidate the structural basis of membrane tubulation and coupled cargo recognition by metazoan and fungal retromer coats assembled with the non-Bin1/Amphiphysin/Rvs (BAR) sorting nexin SNX3 using cryo-electron tomography. The retromer core retains its arched, scaffolding structure but changes its mode of membrane recruitment when assembled with different SNX adaptors, allowing cargo recognition at subunit interfaces. Thus, membrane bending and cargo incorporation can be modulated to allow retromer to traffic cargoes along different cellular transport routes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12224.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12224-v30.xml emd-12224.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12224_fsc.xml | 3.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12224.png | 98.3 KB | ||
マスクデータ | emd_12224_msk_1.map | 3.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-12224.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_12224_half_map_1.map.gz emd_12224_half_map_2.map.gz | 3 MB 3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12224 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12224 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12224_validation.pdf.gz | 609.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12224_full_validation.pdf.gz | 609.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12224_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12224_validation.cif.gz | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12224 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12224 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7blqMC 7blnC 7bloC 7blpC 7blrC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10631 (タイトル: Cryo-electron tomography of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 coat containing Kex2 cargo motif Data size: 347.7 Data #1: Raw image frames for the fungal retromer:Grd19 coat assembled on the Kex2 cargo-containing membranes [micrographs - multiframe] Data #2: Corrected, aligned and order-sorted tilt series for the membrane-reconstituted fungal retromer:Grd19 complex in the presence of cargo-signal containing C-portion of the Kex2 cargo. [tilt series] Data #3: Corrected, aligned, dose-filtered and order-sorted tilt series for the membrane-reconstituted fungal retromer:Grd19 complex in the presence of cargo-signal containing C-portion of the Kex2 cargo. [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened, locally filtered map of VPS26 dimer region of the fungal retromer:Grd19 complex assembled on the membrane | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.758 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_12224_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map2
ファイル | emd_12224_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map1
ファイル | emd_12224_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd1...
全体 | 名称: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 cargo-containing complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd1...
超分子 | 名称: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 cargo-containing complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: fungal retromer:Grd19 complex assembled on liposomes containing Kex2 cargo peptide. |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
-分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 34.014195 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RLLEDALIAV RQQTAMMRKF LDTPGKLMDA LKCCSTLVSE LRTSSLSPKQ YYELYMAVFD ALRYLSAHLR ENHPVNHLAD LYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN L QDSINFIL ...文字列: RLLEDALIAV RQQTAMMRKF LDTPGKLMDA LKCCSTLVSE LRTSSLSPKQ YYELYMAVFD ALRYLSAHLR ENHPVNHLAD LYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN L QDSINFIL TNFVEMNKLW VRLQHQGHSR ERDLRTQERR ELQLLVGSNI VRLSQLVDLP TYRDSILGPL LEQIVQCRDI LA QEYLLEV ITQVFPDEYH LHTLDQFLGA VSRLNPHVNV KAIVIGMMNR LSDYAERE UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 |
-分子 #2: Sorting nexin-3
分子 | 名称: Sorting nexin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 13.52549 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PPENFLEIEV RNPQTHGVGR HMYTDYEIVC RTNIPAFKLR QSSVRRRYSD FEYFRDILER ESARVTIPPL PGKVFTNRFS DEVIENRRA GLEKFLKIVV GHPLLQTGSK VLAAFVQ UniProtKB: Sorting nexin-3 |
-分子 #3: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 34.308449 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: FSTPVDIDIV LADADKRAMV DVKLDKNRRE KVPLYMDGES VKGCVTVRPK DGKRLEHTGI KVQFIGTIEM FFDRGNHYEF LSLVQELAA PGELQHPQTF DFNFKNVEKQ YESYNGINVK LRYFVRVTVS RRMADVIREK DIWVYSYRIP PELNSSIKMD V GIEDCLHI ...文字列: FSTPVDIDIV LADADKRAMV DVKLDKNRRE KVPLYMDGES VKGCVTVRPK DGKRLEHTGI KVQFIGTIEM FFDRGNHYEF LSLVQELAA PGELQHPQTF DFNFKNVEKQ YESYNGINVK LRYFVRVTVS RRMADVIREK DIWVYSYRIP PELNSSIKMD V GIEDCLHI EFEYSKSKYH LKDVIVGRIY FLLVRLKIKH MELSIIRRET TGVAPNQYNE SETLVRFEIM DGSPSRGETI PI RLFLGGF DLTPTFRDVN KKFSTRYYLS LVLIDEDARR YFKQSEIILY RQPPE UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein |
-分子 #4: The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sor...
分子 | 名称: The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo. タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
分子量 | 理論値: 1.221422 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QPELYLLNTM |
-分子 #5: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOX...
分子 | 名称: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PIB |
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分子量 | 理論値: 554.374 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |