[日本語] English
万見
- EMDB-12216: pre-50S-ObgE particle state 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12216
タイトルpre-50S-ObgE particle state 2
マップデータ
試料
  • 複合体: ribosomal pre-50S assembly intermediate state 2
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / chromosome segregation / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / GDP binding / ribosome binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / GTP binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / OBG-type GTPase / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / GTP1/OBG / Obg domain profile. / Ribosomal silencing factor during starvation / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS ...GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / OBG-type GTPase / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / GTP1/OBG / Obg domain profile. / Ribosomal silencing factor during starvation / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Ribosomal silencing factor RsfS / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / GTPase ObgE/CgtA / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hilal T / Nikolay R / Spahn CMT
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR1805 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB740 ドイツ
Human Frontier Science Program (HFSP)RPG0008/2014 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Snapshots of native pre-50S ribosomes reveal a biogenesis factor network and evolutionary specialization.
著者: Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Sabine Schmidt / Bo Qin / David Schwefel / Carlos H Vieira-Vieira / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kazuaki Amikura / Timo Flügel / Takuya ...著者: Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Sabine Schmidt / Bo Qin / David Schwefel / Carlos H Vieira-Vieira / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kazuaki Amikura / Timo Flügel / Takuya Ueda / Matthias Selbach / Elke Deuerling / Christian M T Spahn /
要旨: Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. ...Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. In this study, we analyze physiologic prokaryotic ribosome biogenesis by isolating bona fide pre-50S subunits from an Escherichia coli strain with the biogenesis factor ObgE, affinity tagged at its native gene locus. Our integrative structural approach reveals a network of interacting biogenesis factors consisting of YjgA, RluD, RsfS, and ObgE on the immature pre-50S subunit. In addition, our study provides mechanistic insight into how the GTPase ObgE, in concert with other biogenesis factors, facilitates the maturation of the 50S functional core and reveals both conserved and divergent evolutionary features of ribosome biogenesis between prokaryotes and eukaryotes.
履歴
登録2021年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月12日-
マップ公開2021年5月12日-
更新2021年5月12日-
現状2021年5月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7bl3
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12216.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12216.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-6.1498947 - 12.748112
平均 (標準偏差)0.034337554 (±0.8049399)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 334.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z270270270
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z334.800334.800334.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS270270270
D min/max/mean-6.15012.7480.034

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : ribosomal pre-50S assembly intermediate state 2

全体名称: ribosomal pre-50S assembly intermediate state 2
要素
  • 複合体: ribosomal pre-50S assembly intermediate state 2
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: GTPase ObgE/CgtA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal silencing factor RsfS
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: ribosomal pre-50S assembly intermediate state 2

超分子名称: ribosomal pre-50S assembly intermediate state 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 1.5 MDa

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 946.4335 KDa
配列文字列: GUUGUAAGGU UAAGCGACUA AGCGUACACG GUGGAUGCCC UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA GGACGUGCUA AUCUGCGAUA AGCGUCGGU AAGGUGAUAU GAACCGUUAU AACCGGCGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG UGUGUUUCGA CACACUAUCA U UAACUGAA ...文字列:
GUUGUAAGGU UAAGCGACUA AGCGUACACG GUGGAUGCCC UGGCAGUCAG AGGCGAUGAA GGACGUGCUA AUCUGCGAUA AGCGUCGGU AAGGUGAUAU GAACCGUUAU AACCGGCGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG UGUGUUUCGA CACACUAUCA U UAACUGAA UCCAUAGGUU AAUGAGGCGA ACCGGGGGAA CUGAAACAUC UAAGUACCCC GAGGAAAAGA AAUCAACCGA GA UUCCCCC AGUAGCGGCG AGCGAACGGG GAGCAGCCCA GAGCCUGAAU CAGUGUGUGU GUUAGUGGAA GCGUCUGGAA AGG CGCGCG AUACAGGGUG ACAGCCCCGU ACACAAAAAU GCACAUGCUG UGAGCUCGAU GAGUAGGGCG GGACACGUGG UAUC CUGUC UGAAUAUGGG GGGACCAUCC UCCAAGGCUA AAUACUCCUG ACUGACCGAU AGUGAACCAG UACCGUGAGG GAAAG GCGA AAAGAACCCC GGCGAGGGGA GUGAAAAAGA ACCUGAAACC GUGUACGUAC AAGCAGUGGG AGCACGCUUA GGCGUG UGA CUGCGUACCU UUUGUAUAAU GGGUCAGCGA CUUAUAUUCU GUAGCAAGGU UAACCGAAUA GGGGAGCCGA AGGGAAA CC GAGUCUUAAC UGGGCGUUAA GUUGCAGGGU AUAGACCCGA AACCCGGUGA UCUAGCCAUG GGCAGGUUGA AGGUUGGG U AACACUAACU GGAGGACCGA ACCGACUAAU GUUGAAAAAU UAGCGGAUGA CUUGUGGCUG GGGGUGAAAG GCCAAUCAA ACCGGGAGAU AGCUGGUUCU CCCCGAAAGC UAUUUAGGUA GCGCCUCGUG AAUUCAUCUC CGGGGGUAGA GCACUGUUUC GGCAAGGGG GUCAUCCCGA CUUACCAACC CGAUGCAAAC UGCGAAUACC GGAGAAUGUU AUCACGGGAG ACACACGGCG G GUGCUAAC GUCCGUCGUG AAGAGGGAAA CAACCCAGAC CGCCAGCUAA GGUCCCAAAG UCAUGGUUAA GUGGGAAACG AU GUGGGAA GGCCCAGACA GCCAGGAUGU UGGCUUAGAA GCAGCCAUCA UUUAAAGAAA GCGUAAUAGC UCACUGGUCG AGU CGGCCU GCGCGGAAGA UGUAACGGGG CUAAACCAUG CACCGAAGCU GCGGCAGCGA CGCUUAUGCG UUGUUGGGUA GGGG AGCGU UCUGUAAGCC UGCGAAGGUG UGCUGUGAGG CAUGCUGGAG GUAUCAGAAG UGCGAAUGCU GACAUAAGUA ACGAU AAAG CGGGUGAAAA GCCCGCUCGC CGGAAGACCA AGGGUUCCUG UCCAACGUUA AUCGGGGCAG GGUGAGUCGA CCCCUA AGG CGAGGCCGAA AGGCGUAGUC GAUGGGAAAC AGGUUAAUAU UCCUGUACUU GGUGUUACUG CGAAGGGGGG ACGGAGA AG GCUAUGUUGG CCGGGCGACG GUUGUCCCGG UUUAAGCGUG UAGGCUGGUU UUCCAGGCAA AUCCGGAAAA UCAAGGCU G AGGCGUGAUG ACGAGGCACU ACGGUGCUGA AGCAACAAAU GCCCUGCUUC CAGGAAAAGC CUCUAAGCAU CAGGUAACA UCAAAUCGUA CCCCAAACCG ACACAGGUGG UCAGGUAGAG AAUACCAAGG CGCUUGAGAG AACUCGGGUG AAGGAACUAG GCAAAAUGG UGCCGUAACU UCGGGAGAAG GCACGCUGAU AUGUAGGUGA GGUCCCUCGC GGAUGGAGCU GAAAUCAGUC G AAGAUACC AGCUGGCUGC AACUGUUUAU UAAAAACACA GCACUGUGCA AACACGAAAG UGGACGUAUA CGGUGUGACG CC UGCCCGG UGCCGGAAGG UUAAUUGAUG GGGUUAGCGC AAGCGAAGCU CUUGAUCGAA GCCCCGGUAA ACGGCGGCCG UAA CUAUAA CGGUCCUAAG GUAGCGAAAU UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCUGCACGA AUGGCGUAAU GAUGGCCAGG CUGU CUCCA CCCGAGACUC AGUGAAAUUG AACUCGCUGU GAAGAUGCAG UGUACCCGCG GCAAGACGGA AAGACCCCGU GAACC UUUA CUAUAGCUUG ACACUGAACA UUGAGCCUUG AUGUGUAGGA UAGGUGGGAG GCUUUGAAGU GUGGACGCCA GUCUGC AUG GAGCCGACCU UGAAAUACCA CCCUUUAAUG UUUGAUGUUC UAACGUUGAC CCGUAAUCCG GGUUGCGGAC AGUGUCU GG UGGGUAGUUU GACUGGGGCG GUCUCCUCCU AAAGAGUAAC GGAGGAGCAC GAAGGUUGGC UAAUCCUGGU CGGACAUC A GGAGGUUAGU GCAAUGGCAU AAGCCAGCUU GACUGCGAGC GUGACGGCGC GAGCAGGUGC GAAAGCAGGU CAUAGUGAU CCGGUGGUUC UGAAUGGAAG GGCCAUCGCU CAACGGAUAA AAGGUACUCC GGGGAUAACA GGCUGAUACC GCCCAAGAGU UCAUAUCGA CGGCGGUGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC AUCACAUCCU GGGGCUGAAG UAGGUCCCAA GGGUAUGGCU G UUCGCCAU UUAAAGUGGU ACGCGAGCUG GGUUUAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC CUAUCUGCCG UGGGCGCUGG AG AACUGAG GGGGGCUGCU CCUAGUACGA GAGGACCGGA GUGGACGCAU CACUGGUGUU CGGGUUGUCA UGCCAAUGGC ACU GCCCGG UAGCUAAAUG CGGAAGAGAU AAGUGCUGAA AGCAUCUAAG CACGAAACUU GCCCCGAGAU GAGUUCUCCC UGAC CCUUU AAGGGUCCUG AAGGAACGUU GAAGACGACG ACGUUGAUAG GCCGGGUGUG UAAGCGCAGC GAUGCGUUGA GCUAA CCGG UACUAAUGAA CCGUGAGGCU UAACCUUACA ACGCC

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 38.483926 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA

+
分子 #3: GTPase ObgE/CgtA

分子名称: GTPase ObgE/CgtA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 43.340801 KDa
配列文字列: MKFVDEASIL VVAGDGGNGC VSFRREKYIP KGGPDGGDGG DGGDVWMEAD ENLNTLIDYR FEKSFRAERG QNGASRDCTG KRGKDVTIK VPVGTRVIDQ GTGETMGDMT KHGQRLLVAK GGWHGLGNTR FKSSVNRTPR QKTNGTPGDK RELLLELMLL A DVGMLGMP ...文字列:
MKFVDEASIL VVAGDGGNGC VSFRREKYIP KGGPDGGDGG DGGDVWMEAD ENLNTLIDYR FEKSFRAERG QNGASRDCTG KRGKDVTIK VPVGTRVIDQ GTGETMGDMT KHGQRLLVAK GGWHGLGNTR FKSSVNRTPR QKTNGTPGDK RELLLELMLL A DVGMLGMP NAGKSTFIRA VSAAKPKVAD YPFTTLVPSL GVVRMDNEKS FVVADIPGLI EGAAEGAGLG IRFLKHLERC RV LLHLIDI DPIDGTDPVE NARIIISELE KYSQDLATKP RWLVFNKIDL LDKVEAEEKA KAIAEALGWE DKYYLISAAS GLG VKDLCW DVMTFIIENP VVQAEEAKQP EKVEFMWDDY HRQQLEEIAE EDDEDWDDDW DEDDEEGVEF IYKR

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 7.887117 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFNIPGSK

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 29.923619 KDa
配列文字列: MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD ...文字列:
MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 22.277535 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 18.932791 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVV VPAGVDVKIN GQVITIKGKN GELTRTLNDA VEVKHADNTL TFGPRDGYAD GWAQAGTARA LLNSMVIGVT EGFTKKLQL VGVGYRAAVK GNVINLSLGF SHPVDHQLPA GITAECPTQT EIVLKGADKQ VIGQVAADLR AYRRPEPYKG K GVRYADEV VRTKEAKKK

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 14.393657 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS EKAEAAAE

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 12.794668 KDa
配列文字列:
MDKKSARIRR ATRARRKLQE LGATRLVVHR TPRHIYAQVI APNGSEVLVA ASTVEKAIAE QLKYTGNKDA AAAVGKAVAE RALEKGIKD VSFDRSGFQY HGRVQALADA AREAGLQF

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.528024 KDa
配列文字列:
MARVKRGVIA RARHKKILKQ AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQRKRQFRQL WIARINAAAR QNGISYSKFI NGLKKASVE IDRKILADIA VFDKVAFTAL VEKAKAALA

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.22216 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLDFVGGA E

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.33925 KDa
配列文字列:
MAAKIRRDDE VIVLTGKDKG KRGKVKNVLS SGKVIVEGIN LVKKHQKPVP ALNQPGGIVE KEAAIQVSNV AIFNAATGKA DRVGFRFED GKKVRFFKSN SETIK

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 9.14654 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 9.027551 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLR VSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 6.55482 KDa
配列文字列:
MAKTIKITQT RSAIGRLPKH KATLLGLGLR RIGHTVERED TPAIRGMINA VSFMVKVEE

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 6.463445 KDa
配列文字列:
MAVQQNKPTR SKRGMRRSHD ALTAVTSLSV DKTSGEKHLR HHITADGYYR GRKVIAK

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 6.388631 KDa
配列文字列:
MAKGIREKIK LVSSAGTGHF YTTTKNKRTK PEKLELKKFD PVVRQHVIYK EAKIK

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 14.894362 KDa
配列文字列:
MAKKVQAYVK LQVAAGMANP SPPVGPALGQ QGVNIMEFCK AFNAKTDSIE KGLPIPVVIT VYADRSFTFV TKTPPAAVLL KKAAGIKSG SGKPNKDKVG KISRAQLQEI AQTKAADMTG ADIEAMTRSI EGTARSMGLV VED

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.159278 KDa
配列文字列:
MSNIIKQLEQ EQMKQDVPSF RPGDTVEVKV WVVEGSKKRL QAFEGVVIAI RNRGLHSAFT VRKISNGEGV ERVFQTHSPV VDSISVKRR GAVRKAKLYY LRERTGKAAR IKERLN

+
分子 #29: Ribosomal silencing factor RsfS

分子名称: Ribosomal silencing factor RsfS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 11.594205 KDa
配列文字列:
MQGKALQDFV IDKIDDLKGQ DIIALDVQGK SSITDCMIIC TGTSSRHVMS IADHVVQESR AAGLLPLGVE GENSADWIVV DLGDVIVHV MQEESRRLYE LEKLWS

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 20.333611 KDa
配列文字列:
MAKLHDYYKD EVVKKLMTEF NYNSVMQVPR VEKITLNMGV GEAIADKKLL DNAAADLAAI SGQKPLITKA RKSVAGFKIR QGYPIGCKV TLRGERMWEF FERLITIAVP RIRDFRGLSA KSFDGRGNYS MGVREQIIFP EIDYDKVDRV RGLDITITTT A KSDEEGRA LLAAFDFPFR K

+
分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 27 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 287576
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 23445
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7bl3:
pre-50S-ObgE particle state 2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る