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万見
- EMDB-12144: Brevibacterium linens encapsulin structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12144
タイトルBrevibacterium linens encapsulin structure
マップデータBrevibacterium linens encapsulin
試料
  • 複合体: Encapsulin
    • タンパク質・ペプチド: Linocin-M18
キーワードBacterial protein compartment / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Brevibacterium linens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Allende-Ballestero C / Luque D
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Three-dimensional cryoEM structure of Brevibacterium linens encapsulin
著者: Allende-Ballestero C / Luque D / Klem R / Cornelissen JJLM / Caston JR
履歴
登録2020年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12144.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Brevibacterium linens encapsulin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.1 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.1 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 314.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.08102759 - 0.14881462
平均 (標準偏差)0.0006664659 (±0.009145229)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 314.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Encapsulin

全体名称: Encapsulin
要素
  • 複合体: Encapsulin
    • タンパク質・ペプチド: Linocin-M18

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超分子 #1: Encapsulin

超分子名称: Encapsulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Brevibacterium linens (バクテリア)
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: Linocin-M18

分子名称: Linocin-M18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Brevibacterium linens (バクテリア)
分子量理論値: 28.590695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VNNLYRELAP IPGPAWAEIE EEARRTFKRN IAGRRIVDVA GPTGFETSAV TTGHIRDVQS ETSGLQVKQR IVQEYIELRT PFTVTRQAI DDVARGSGDS DWQPVKDAAT TIAMAEDRAI LHGLDAAGIG GIVPGSSNAA VAIPDAVEDF ADAVAQALSV L RTVGVDGP ...文字列:
VNNLYRELAP IPGPAWAEIE EEARRTFKRN IAGRRIVDVA GPTGFETSAV TTGHIRDVQS ETSGLQVKQR IVQEYIELRT PFTVTRQAI DDVARGSGDS DWQPVKDAAT TIAMAEDRAI LHGLDAAGIG GIVPGSSNAA VAIPDAVEDF ADAVAQALSV L RTVGVDGP YSLLLSSAEY TKVSESTDHG YPIREHLSRQ LGAGEIIWAP ALEGALLVST RGGDYELHLG QDLSIGYYSH DS ETVELYL QETFGFLALT DESSVPLSL

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
150.0 mMAmmonium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 38.85 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 309778
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3dkt

最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 233829
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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