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- EMDB-12121: Cropped cryo-ET average map of axonemal 96nm-repeat from Tetrahym... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12121
タイトルCropped cryo-ET average map of axonemal 96nm-repeat from Tetrahymena CCDC96-deletion mutant, which shows the structure of the N-DRC and the absence of the Ccdc113/Ccdc96 complex structure.
マップデータCropped cryo-ET average map of axonemal 96nm-repeat from Tetrahymena CCDC96-deletion mutant, showing the N-DRC and lacking the structure of the Ccdc113/Ccdc96 complex.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Ccdc113/Ccdc96 complex, a novel regulator of ciliary beating that connects radial spoke 3 to dynein g and the nexin link.
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Bazan R / Schrofel A / Joachimiak E / Poprzeczko M / Pigino G / Wloga D
資金援助 ドイツ, ポーランド, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)819826 ドイツ
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission753954 ドイツ
Polish National Science Centre2014/14/M/NZ3/00511 ポーランド
Polish National Science CentreNo 2016/23/N/NZ3/02420 ポーランド
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2021
タイトル: Ccdc113/Ccdc96 complex, a novel regulator of ciliary beating that connects radial spoke 3 to dynein g and the nexin link.
著者: Rafał Bazan / Adam Schröfel / Ewa Joachimiak / Martyna Poprzeczko / Gaia Pigino / Dorota Wloga /
要旨: Ciliary beating requires the coordinated activity of numerous axonemal complexes. The protein composition and role of radial spokes (RS), nexin links (N-DRC) and dyneins (ODAs and IDAs) is well ...Ciliary beating requires the coordinated activity of numerous axonemal complexes. The protein composition and role of radial spokes (RS), nexin links (N-DRC) and dyneins (ODAs and IDAs) is well established. However, how information is transmitted from the central apparatus to the RS and across other ciliary structures remains unclear. Here, we identify a complex comprising the evolutionarily conserved proteins Ccdc96 and Ccdc113, positioned parallel to N-DRC and forming a connection between RS3, dynein g, and N-DRC. Although Ccdc96 and Ccdc113 can be transported to cilia independently, their stable docking and function requires the presence of both proteins. Deletion of either CCDC113 or CCDC96 alters cilia beating frequency, amplitude and waveform. We propose that the Ccdc113/Ccdc96 complex transmits signals from RS3 and N-DRC to dynein g and thus regulates its activity and the ciliary beat pattern.
履歴
登録2020年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 138
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 138
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cropped cryo-ET average map of axonemal 96nm-repeat from Tetrahymena CCDC96-deletion mutant, showing the N-DRC and lacking the structure of the Ccdc113/Ccdc96 complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.06 Å/pix.
x 55 pix.
= 388.3 Å		7.06 Å/pix.
x 80 pix.
= 564.8 Å		7.06 Å/pix.
x 77 pix.
= 543.62 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 138.0 / ムービー #1: 138
最小 - 最大15.401919 - 240.53255
平均 (標準偏差)117.02704 (±26.69121)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin030
サイズ807755
Spacing778055
セルA: 543.62 Å / B: 564.8 Å / C: 388.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.067.067.06
M x/y/z778055
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z543.620564.800388.300
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS300
NC/NR/NS778055
D min/max/mean15.402240.533117.027

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ccdc113/Ccdc96 complex, a novel regulator of ciliary beating that...

全体名称: Ccdc113/Ccdc96 complex, a novel regulator of ciliary beating that connects radial spoke 3 to dynein g and the nexin link.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Ccdc113/Ccdc96 complex, a novel regulator of ciliary beating that connects radial spoke 3 to dynein g and the nexin link.

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超分子 #1: Ccdc113/Ccdc96 complex, a novel regulator of ciliary beating that...

超分子名称: Ccdc113/Ccdc96 complex, a novel regulator of ciliary beating that connects radial spoke 3 to dynein g and the nexin link.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: CCDC96-deletion

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 137
抽出トモグラム数: 3 / 使用した粒子像数: 137
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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