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- EMDB-12103: Structure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System he... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12103
タイトルStructure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System hexameric pore complex
マップデータlocal refined map of a protomer
試料
  • 複合体: Protomeric unit of the hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, EccD5-1, EccD5-2, EccE
    • タンパク質・ペプチド: EccE5
    • タンパク質・ペプチド: EccD5
    • タンパク質・ペプチド: EccC5
    • タンパク質・ペプチド: EccB5
キーワードMycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain ...Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Secretion protein Snm4 / Type VII secretion protein EccE / Type VII secretion protein EccB / FtsK domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Chojnowski G / Ritter C
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structure of the mycobacterial ESX-5 type VII secretion system pore complex.
著者: Katherine S H Beckham / Christina Ritter / Grzegorz Chojnowski / Daniel S Ziemianowicz / Edukondalu Mullapudi / Mandy Rettel / Mikhail M Savitski / Simon A Mortensen / Jan Kosinski / Matthias Wilmanns /
要旨: The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation ...The ESX-5 type VII secretion system is a membrane-spanning protein complex key to the virulence of mycobacterial pathogens. However, the overall architecture of the fully assembled translocation machinery and the composition of the central secretion pore have remained unknown. Here, we present the high-resolution structure of the 2.1-megadalton ESX-5 core complex. Our structure captured a dynamic, secretion-competent conformation of the pore within a well-defined transmembrane section, sandwiched between two flexible protein layers at the cytosolic entrance and the periplasmic exit. We propose that this flexibility endows the ESX-5 machinery with large conformational plasticity required to accommodate targeted protein secretion. Compared to known secretion systems, a highly dynamic state of the pore may represent a fundamental principle of bacterial secretion machineries.
履歴
登録2020年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b9f
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b9f
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refined map of a protomer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.29 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16 / ムービー #1: 0.16
最小 - 最大-0.24101819 - 0.98826534
平均 (標準偏差)0.00092800485 (±0.014354228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 580.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.291.291.29
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z580.500580.500580.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.2410.9880.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Protomeric unit of the hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium...

全体名称: Protomeric unit of the hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, EccD5-1, EccD5-2, EccE
要素
  • 複合体: Protomeric unit of the hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, EccD5-1, EccD5-2, EccE
    • タンパク質・ペプチド: EccE5
    • タンパク質・ペプチド: EccD5
    • タンパク質・ペプチド: EccC5
    • タンパク質・ペプチド: EccB5

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超分子 #1: Protomeric unit of the hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium...

超分子名称: Protomeric unit of the hexameric ESX-5 complex from Mycobacterium xenopi: EccB5, EccC5, EccD5-1, EccD5-2, EccE
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
細胞中の位置: membrane
分子量理論値: 357 KDa

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分子 #1: EccE5

分子名称: EccE5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
分子量理論値: 44.469617 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MRAQRRFGLD LSWPRLTGVF LIDVAVLALV SHLPDAWQAN HIAWWTGVGV AVLVTIVAVV TYRRTPLACA LVARVLDRFV DPEMTLTEG CTPALDHQRR FGHDVVGIRE YQGQLVAVVT VEGHEEAPSG RHRNRDAAPA WLPVEAVAAR LRQFDVRLDA I DIVSVGTR ...文字列:
MRAQRRFGLD LSWPRLTGVF LIDVAVLALV SHLPDAWQAN HIAWWTGVGV AVLVTIVAVV TYRRTPLACA LVARVLDRFV DPEMTLTEG CTPALDHQRR FGHDVVGIRE YQGQLVAVVT VEGHEEAPSG RHRNRDAAPA WLPVEAVAAR LRQFDVRLDA I DIVSVGTR RTSGRDDVSD VGVDDTGPVD ARQPLDEHHT WLVLRMDPQR NVAAVAARDS VAATLAAATE RLAHDLNGRR WT ARPLTSS EIDDMDATVL AGLQPAHVRP RRRRLKYKQP EGYKEFVTSF WVSPRDITSE TLERLWLPDT EATAVTVRLR PRH GGVEVS AWVRYHSSRR LRRSVWGGLN RLTGRQLDAV CASMPVPTRR PRLVVPAREL HDGEELAVLV GQAPAPSPSP AAAR

UniProtKB: Type VII secretion protein EccE

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分子 #2: EccD5

分子名称: EccD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
分子量理論値: 53.399191 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MTAIVEAPQP GAEAIASPQA AVVAIMAADV QIAVVLDAHA PISVMIDPLL KVVNTRLREL GVAPLEAKGR GRWMLCLVDG TPLRPNLSL TEQEVYDGDR LWLKFLEDTE HRSEVIEHIS TAVATNLSKR FAPIDPVVAV QVGATMVAVG VLLGSALLGW W RWQHESWL ...文字列:
MTAIVEAPQP GAEAIASPQA AVVAIMAADV QIAVVLDAHA PISVMIDPLL KVVNTRLREL GVAPLEAKGR GRWMLCLVDG TPLRPNLSL TEQEVYDGDR LWLKFLEDTE HRSEVIEHIS TAVATNLSKR FAPIDPVVAV QVGATMVAVG VLLGSALLGW W RWQHESWL PAPFAAVIAV LVLTVATMIL ARSKTVPDRR VGDILLLSGL VPLAVAIAAT APGPVGAPHA VLGFGVFGVA AM LVMRFTG RRLGVYTALV TLCAAATAAG LARMVLLTSA VTLLTCVLLA CVLMYHGAPA LSRWLSGIRL PVFPSATSRW VFE ARPDLP TTVVVSGGGQ PTLEGPASVR DVLLRAERAR SFLTGLLVGL GVLTVVCLAG LCDPHAGRRW LPLLLAAFTF GFLI LRGRS YVDRWQAITL AATAVLIIAA VAVRYVLVSG SPAVLSAGVA VLVLLPAAGL TAAAVVPNTI YSPLFRKIVE WIEYL CLMP IFPLALWLMN VYEAIRYR

UniProtKB: Secretion protein Snm4

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分子 #3: EccC5

分子名称: EccC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
分子量理論値: 152.946062 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MKQGFARPTP ERAPVVKPEN IVLPTPLSVP PPEGKPWWLV VVGVLVVGLL VGMVGMTVAS GSRLFLGAGA IFPIFMIGGV AMMMFGGRF GGQQQMSRPK LDAMRAQFML MLDMLRETAQ ESADSMDANY RWFHPAPTTL AAAVGSSRMW ERQPDGKDLN F GVVRVGVG ...文字列:
MKQGFARPTP ERAPVVKPEN IVLPTPLSVP PPEGKPWWLV VVGVLVVGLL VGMVGMTVAS GSRLFLGAGA IFPIFMIGGV AMMMFGGRF GGQQQMSRPK LDAMRAQFML MLDMLRETAQ ESADSMDANY RWFHPAPTTL AAAVGSSRMW ERQPDGKDLN F GVVRVGVG MTRPEVTWGE PQNMPTDIEL EPVTGKALQE FGRYQSVVYN LPKMVSLLVE PWYSLVGERE QVLGLTRAII CQ LAFSHGP DHVQMIVVTS DPDRWDWVKW IPHFGDPRRR DAAGNARMVY TSVREFATEQ AELFAGRGSF TPRHASSSAE TPT PHHVII SDIEDPQWEY VISSEGVDGV TFFDLTGSPL WTGAPQRVLR FTDSAGVIET LPRDRDTWMV IDDNAWFFAL ADQM SEADA EQFAHQMAHW RLAEAYEEIG QRVVQLGARD ILSYYGIDDA GEIDFNTLWS GSGRRDLLSR SRLRIPFGNR ADNGE LLFL DMKSLDEGGD GPHGVMSGTT GSGKSSLVRT VIASLMLAHP PEELQFVLAD LKGGSAVKPF DGVPHVSRII TDLEDD QAL MERFLEAMWG EIARRKEICF SAGVDGAKEY NELRARMKAR GEDMPPLPML VVVIDEFYEW FRIMPTAVDV LDSIGRQ GR AYWVHLMMAS QTIESRAEKL MENMGYRLVL KAQTAGAAQA AGVPNAVNLP SQAGLGYFRK SGDEIIRFQA EYLWRDYR R GSSYDGEEQA PLTHSVDYIR PQLFTTAFAP LEVSVSGPDG QSALPQVVDG EAVNGHRGGD DVDEEEEALR TPKVGTVII DQLRQIDFEP YRLWHPPLDV PVPIDELVNR FLGRPWQQDY GTAKNLVFPI GIIDRPYKHD QPPWTVDTSG AGANVLILGA GGAGKTTAL QTLICAAALT HTPEQVQFYC LAYSGTALTT VANLPHVGGV SGPTDPYGVR RTVAEVLGLV RDRKRSFLEY D VPSMEVFR RRKFGGEPGG VPDDGFGDVY LVIDNYRALA EENEVLIEQV NQIINQGPSF GVHVVATADR ESELRPPVRS GF GSRVELR LAAVEDAKLV RSRFAKDVPP KPGRGMVAVN YVRLDSDPQA GLHTLVARPA LGSTPDAVFE SDSVAAAVRQ VAA GEARPV RRLPARFGLD QLRQVAAADR RQGVGAGGIA WAISELDLQP VYLNFADNAH LMVTGRRECG RTTTLATIMS EIGR IYAPG ASTAPPTSRP SAQVWLVDPR RQLLTVLGSD YVEKFAYNLD GVAAMMDDLA AALARREPPP GLSAEELLSR SWWSG PEIF LIIDDIQQLP PGFDSPLHKA APWVTRAADV GLHVFVTRTF GGWSSAGSDP ILRALHQANA PLLVMDADPD EGFIRG KMK GGPLPRGRGL LMAEDTGVFV QVAATDLRR

UniProtKB: FtsK domain-containing protein

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分子 #4: EccB5

分子名称: EccB5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
分子量理論値: 53.226367 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MPSEQRGQHR SGYGLGLSTR TQVTGYQFLA RRTAMALTRW RVRMEVEPGR RQVLAVVASV SAAGVICLGA LLWSFISPSG QMGESPIIA DRDSGALYVR VGDTLYPALN LASARLIAGR AENPHKVRSS QIAEQPHGPM VGIPGAPSDI SPTSPASSSW L VCDAVTAA ...文字列:
MPSEQRGQHR SGYGLGLSTR TQVTGYQFLA RRTAMALTRW RVRMEVEPGR RQVLAVVASV SAAGVICLGA LLWSFISPSG QMGESPIIA DRDSGALYVR VGDTLYPALN LASARLIAGR AENPHKVRSS QIAEQPHGPM VGIPGAPSDI SPTSPASSSW L VCDAVTAA QGVGAPASVT VTVIDGTPDL SGRRHVLSGS DAVVLRYGND TWVIRQGRRS RIDAANRAVL LPLGLTPEQV KQ ASPMSRA LYDALPVGPE LAVPKVPDAG KPANFPGAPA PVGAVLVTPQ ISGPQQYSVV LPDGVQTISP IVAQILQNAG TPA GSMPVV VAPATLARMP VVHGLDLSAY PDSPLNVVNM KENPATCWWW EKTAGEERAR TQVVSGPTVP IATSDTNKVV SLVK ADNTG READRVYYGP NYANFVVVTG NDPAASTAES LWLLSKSGVR FGVDNSREAR TALGLTSTPS PAPWVALRLL APGPM LSRA DALVRHDTLP TDTNPAELAV PK

UniProtKB: Type VII secretion protein EccB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris pH 8.0
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 27873 / 平均電子線量: 49.34 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 使用した粒子像数: 731844

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7b7j


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Initial model was build into the map using ARP/wARP 8.1 web-service.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7b9f:
Structure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System hexameric pore complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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