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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1210 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 complex assembled on DNA and its implications for DNA DSB repair. | |||||||||
![]() | 3D reconstruction of dimers containing two DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complexes, obtained from negatively stained samples | |||||||||
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機能・相同性 | : / Ku70 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / protein kinase activity![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 33.0 Å | |||||||||
![]() | Spagnolo L / Rivera-Calzada A / Pearl LH / Llorca O | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 complex assembled on DNA and its implications for DNA DSB repair. 著者: Laura Spagnolo / Angel Rivera-Calzada / Laurence H Pearl / Oscar Llorca / ![]() 要旨: DNA-PKcs is a large (approximately 470 kDa) kinase that plays an essential role in the repair of DNA double-strand breaks (DSBs) by nonhomologous end joining (NHEJ). DNA-PKcs is recruited to DSBs by ...DNA-PKcs is a large (approximately 470 kDa) kinase that plays an essential role in the repair of DNA double-strand breaks (DSBs) by nonhomologous end joining (NHEJ). DNA-PKcs is recruited to DSBs by the Ku70/Ku80 heterodimer, with which it forms the core of a multiprotein complex that promotes synapsis of the broken DNA ends. We have purified the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 holoenzyme assembled on a DNA molecule. Its three-dimensional (3D) structure at approximately 25 Angstroms resolution was determined by single-particle electron microscopy. Binding of Ku and DNA elicits conformational changes in the FAT and FATC domains of DNA-PKcs. Dimeric particles are observed in which two DNA-PKcs/Ku70/Ku80 holoenzymes interact through the N-terminal HEAT repeats. The proximity of the dimer contacts to the likely positions of the DNA ends suggests that these represent synaptic complexes that maintain broken DNA ends in proximity and provide a platform for access of the various enzymes required for end processing and ligation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 209.4 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 38.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | 3D reconstruction of dimers containing two DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complexes, obtained from negatively stained samples | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : dimer containing two DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complexes
全体 | 名称: dimer containing two DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complexes |
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要素 |
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-超分子 #1000: dimer containing two DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complexes
超分子 | 名称: dimer containing two DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complexes タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: Two DNA-PKcs molecules bind two Ku70 and two Ku80 molecules on two DNA molecules Number unique components: 4 |
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分子量 | 理論値: 1.3 MDa |
-分子 #1: DNA-PKcs
分子 | 名称: DNA-PKcs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 Name.synonym: DNA-dependent Protein Kinase catalytic subunit コピー数: 2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 470 KDa |
組換発現 | 生物種: HeLa cells |
配列 | GO: protein kinase activity InterPro: Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain |
-分子 #2: Ku70
分子 | 名称: Ku70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 70 KDa |
組換発現 | 生物種: HeLa cells |
配列 | GO: double-strand break repair via nonhomologous end joining InterPro: Ku70 |
-分子 #3: ku80
分子 | 名称: ku80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 85 KDa |
組換発現 | 生物種: HeLa cells |
配列 | GO: double-strand break repair / InterPro: INTERPRO: IPR011210 |
-分子 #4: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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配列 | 文字列: ACGCGTGCGG CCATAATAAT AGTTTTTAGT TTATTGGGCG CG |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.25 mM EDTA, 0.0005% beta-octylglucoside, 25% glycerol, 100 mM NaCl |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: The sample was applied to carbon-coated grids after glow-discharge and negatively stained with 1% uranyl acetate |
グリッド | 詳細: 400 mesh Rhodium-copper grids |
凍結 | 凍結剤: NONE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1230 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: correction with FFT and CCD camera |
詳細 | Microscope: JEOL 1230 operated at 100 Kv. Specimen holder, JEOL type M: 207EM-11020. |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK 4489 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 84 / 詳細: Scanner: MINOLTA Dimage Scan Multi Pro scanner / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.9 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: JEOL type M / 試料ホルダーモデル: OTHER |
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画像解析
詳細 | Structure solved applying 2-fold rotational symmetry |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN 詳細: The structure was refined applying 2-fold rotational symmetry 使用した粒子像数: 2151 |