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万見
- EMDB-1209: Three-dimensional structure of the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1209
タイトルThree-dimensional structure of the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 complex assembled on DNA and its implications for DNA DSB repair.
マップデータ3D reconstruction of the DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex obtained from negatively stained samples
試料
  • 試料: DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex
  • タンパク質・ペプチド: DNA-PKcs
  • タンパク質・ペプチド: Ku70
  • タンパク質・ペプチド: Ku80
  • DNA: DNA
機能・相同性: / Ku70 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / protein kinase activity
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Spagnolo L / Rivera-Calzada A / Pearl LH / Llorca O
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2006
タイトル: Three-dimensional structure of the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 complex assembled on DNA and its implications for DNA DSB repair.
著者: Laura Spagnolo / Angel Rivera-Calzada / Laurence H Pearl / Oscar Llorca /
要旨: DNA-PKcs is a large (approximately 470 kDa) kinase that plays an essential role in the repair of DNA double-strand breaks (DSBs) by nonhomologous end joining (NHEJ). DNA-PKcs is recruited to DSBs by ...DNA-PKcs is a large (approximately 470 kDa) kinase that plays an essential role in the repair of DNA double-strand breaks (DSBs) by nonhomologous end joining (NHEJ). DNA-PKcs is recruited to DSBs by the Ku70/Ku80 heterodimer, with which it forms the core of a multiprotein complex that promotes synapsis of the broken DNA ends. We have purified the human DNA-PKcs/Ku70/Ku80 holoenzyme assembled on a DNA molecule. Its three-dimensional (3D) structure at approximately 25 Angstroms resolution was determined by single-particle electron microscopy. Binding of Ku and DNA elicits conformational changes in the FAT and FATC domains of DNA-PKcs. Dimeric particles are observed in which two DNA-PKcs/Ku70/Ku80 holoenzymes interact through the N-terminal HEAT repeats. The proximity of the dimer contacts to the likely positions of the DNA ends suggests that these represent synaptic complexes that maintain broken DNA ends in proximity and provide a platform for access of the various enzymes required for end processing and ligation.
履歴
登録2006年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年3月31日-
マップ公開2008年3月31日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.439739195
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.439739195
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1209.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of the DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex obtained from negatively stained samples
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.4 Å/pix.
x 72 pix.
= 312.4 Å		4.4 Å/pix.
x 72 pix.
= 312.4 Å		4.4 Å/pix.
x 72 pix.
= 312.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.5 / ムービー #1: 3.4397392
最小 - 最大-8.42113 - 13.4579
平均 (標準偏差)0.000147287 (±0.999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-36-36-36
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 312.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.44.44.4
M x/y/z717171
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.400312.400312.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-36-36
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-8.42113.4580.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex

全体名称: DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex
要素
  • 試料: DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex
  • タンパク質・ペプチド: DNA-PKcs
  • タンパク質・ペプチド: Ku70
  • タンパク質・ペプチド: Ku80
  • DNA: DNA

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超分子 #1000: DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex

超分子名称: DNA-bound DNAPKcs-Ku70-Ku80 complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One DNA-PKcs molecule binds one Ku70 and one Ku80 on one DNA molecule
Number unique components: 4
分子量理論値: 650 KDa

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分子 #1: DNA-PKcs

分子名称: DNA-PKcs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: DNA-dependent Protein Kinase catalytic subunit
コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear
分子量実験値: 470 KDa
組換発現生物種: HeLa cells
配列GO: protein kinase activity
InterPro: Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain

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分子 #2: Ku70

分子名称: Ku70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear
分子量実験値: 70 KDa
組換発現生物種: HeLa cells
配列GO: double-strand break repair via nonhomologous end joining
InterPro: Ku70

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分子 #3: Ku80

分子名称: Ku80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear
分子量実験値: 80 KDa
組換発現生物種: HeLa cells
配列GO: double-strand break repair / InterPro: INTERPRO: IPR011210

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分子 #4: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
配列文字列:
ACGCGTGCGG CCATAATAAT AGTTTTTAGT TTATTGGGCG CG

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 0.5 mM DTT, 0.25 mM EDTA, 0.0005% beta-octylglucoside, 25% glycerol, 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The sample was applied to carbon-coated grids after glow-discharge and negatively stained with 1% uranyl acetate
グリッド詳細: 400 mesh Rhodium-copper grids
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
アライメント法Legacy - 非点収差: correction with FFT and CCD camera
詳細Microscope: JEOL 1230 operated at 100 Kv Specimen holder, JEOL type M: 207EM-11020.
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK 4489 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 84 / 詳細: Scanner: MINOLTA Dimage Scan Multi Pro scanner / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.9 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: JEOL type M / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 14239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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