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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11979 | |||||||||
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タイトル | TRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ION CHANNEL / TRPC4 / INHIBITOR / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Vinayagam D / Quentin D | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis of TRPC4 regulation by calmodulin and pharmacological agents. 著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran ...著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran Malojcic / Stefan Raunser / 要旨: Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in ...Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in treating renal diseases. In cells, the channels are regulated by calmodulin (CaM). Molecular details of both CaM and drug binding have remained elusive so far. Here, we report structures of TRPC4 in complex with three pyridazinone-based inhibitors and CaM. The structures reveal that all the inhibitors bind to the same cavity of the voltage-sensing-like domain and allow us to describe how structural changes from the ligand-binding site can be transmitted to the central ion-conducting pore of TRPC4. CaM binds to the rib helix of TRPC4, which results in the ordering of a previously disordered region, fixing the channel in its closed conformation. This represents a novel CaM-induced regulatory mechanism of canonical TRP channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11979.map.gz | 84.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11979-v30.xml emd-11979.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11979.png | 243.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11979.cif.gz | 7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11979 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11979_validation.pdf.gz | 591.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11979_full_validation.pdf.gz | 591 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11979_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11979_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11979 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289
全体 | 名称: TRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289 |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289
超分子 | 名称: TRPC4 in complex with inhibitor GFB-9289 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 108 KDa |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 105.204641 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSQLYFRRTD NSSYRDRIPL RIVRAESELS TQEKSYLSAV EKGDYASVKL ALEEAEIYFK ININCIDPLG RTALLIAIEN ENLEIIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSDF TPDITPIILA AHTNNYEIIK M LVQKGVSV ...文字列: GSQLYFRRTD NSSYRDRIPL RIVRAESELS TQEKSYLSAV EKGDYASVKL ALEEAEIYFK ININCIDPLG RTALLIAIEN ENLEIIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSDF TPDITPIILA AHTNNYEIIK M LVQKGVSV PQPHEVRCNC VECVSSSDVD SLRHSRSRLN IYKALASPSL IALSSEDPFL TAFQLSWELQ ELSKVENEFK AE YEELSHQ CKHFAKDLLD QTRSSRELEL ILNFRDDMNL LQDEANNELA RLKLAIKYRQ KEFVAQPNCQ QLLASRWYDE FPG WRRRHW AGKLITCVFI GLMFPLLSLC YLVAPKSRYG LFIRKPFIKF ICHTASYLTF LFLLLLASQH IVSNNPDRQG PKPT TVEWM ILPWVLGFIW TEIKQMWDGG FQDYIHDWWN LMDFVMNSLY LATISLKIVA YVKYSGCKPR DTWEMWHPTL VAEAV FAIA NIFSSLRLIS LFTANSHLGP LQISLGRMLL DILKFLFIYC LVLLAFANGL NQLYFYYENS EGMTCKGIRC ERQNNA FST LFETLQSLFW SIFGLISLYV TNVKADHKFT EFVGATMFGT YNVISLVVLL NMLIAMMNNS YQHIADHADI EWKFART KL WMSYFEEGGT LPPPFNIIPS PKSICYLITW IKVHVFKRRS KRTETFGTLG RRAAENVRLN HQYQEVLRNL VKRYVAAM I RDAKTEEGLT EENFKELKQD ISSFRYEVIG MMKGNRKSTR ANKSDTSASD VSHPEGSLQY SSALKQNSKL HLYDVTTAL QQQNSEEAKA SLGCLANGSA VVLTEPILKD KARSDFPKDF TDFGLFPKKQ NPNKIYSLAE EATESDPDIL DWGKEDKPLA GKVEQDVNE SKCLMEEDER VLEEQEMEHI ASSHEH UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a |
-分子 #2: 5-chloranyl-4-(4-cyclohexyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)-1~{H}...
分子 | 名称: 5-chloranyl-4-(4-cyclohexyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)-1~{H}-pyridazin-6-one タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: SKQ |
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分子量 | 理論値: 310.779 Da |
Chemical component information | ChemComp-SKQ: |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
分子 | 名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: LPP |
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分子量 | 理論値: 648.891 Da |
Chemical component information | ChemComp-LPP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | Sample was prepared in Amphipols |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 160.0 K / 最高: 190.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5740 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2970 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 65.45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 55000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |