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- EMDB-11968: TRPC4 in LMNG detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11968
タイトルTRPC4 in LMNG detergent
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: TRPC4 membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
キーワードION CHANNEL (イオンチャネル) / TRPC4 / LMNG / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Vinayagam D / Quentin D
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural basis of TRPC4 regulation by calmodulin and pharmacological agents.
著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran ...著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran Malojcic / Stefan Raunser /
要旨: Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in ...Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in treating renal diseases. In cells, the channels are regulated by calmodulin (CaM). Molecular details of both CaM and drug binding have remained elusive so far. Here, we report structures of TRPC4 in complex with three pyridazinone-based inhibitors and CaM. The structures reveal that all the inhibitors bind to the same cavity of the voltage-sensing-like domain and allow us to describe how structural changes from the ligand-binding site can be transmitted to the central ion-conducting pore of TRPC4. CaM binds to the rib helix of TRPC4, which results in the ordering of a previously disordered region, fixing the channel in its closed conformation. This represents a novel CaM-induced regulatory mechanism of canonical TRP channels.
履歴
登録2020年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0062
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0062
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b0j
  • 表面レベル: 0.0062
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11968.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0062 / ムービー #1: 0.0062
最小 - 最大-0.025910515 - 0.046326257
平均 (標準偏差)0.000090083806 (±0.0014491762)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 244.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z244.800244.800244.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0260.0460.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRPC4 membrane protein

全体名称: TRPC4 membrane protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: TRPC4 membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム

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超分子 #1: TRPC4 membrane protein

超分子名称: TRPC4 membrane protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: solubilised in LMNG
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量理論値: 108 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 105.204641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSQLYFRRTD NSSYRDRIPL RIVRAESELS TQEKSYLSAV EKGDYASVKL ALEEAEIYFK ININCIDPLG RTALLIAIEN ENLEIIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSDF TPDITPIILA AHTNNYEIIK M LVQKGVSV ...文字列:
GSQLYFRRTD NSSYRDRIPL RIVRAESELS TQEKSYLSAV EKGDYASVKL ALEEAEIYFK ININCIDPLG RTALLIAIEN ENLEIIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSDF TPDITPIILA AHTNNYEIIK M LVQKGVSV PQPHEVRCNC VECVSSSDVD SLRHSRSRLN IYKALASPSL IALSSEDPFL TAFQLSWELQ ELSKVENEFK AE YEELSHQ CKHFAKDLLD QTRSSRELEL ILNFRDDMNL LQDEANNELA RLKLAIKYRQ KEFVAQPNCQ QLLASRWYDE FPG WRRRHW AGKLITCVFI GLMFPLLSLC YLVAPKSRYG LFIRKPFIKF ICHTASYLTF LFLLLLASQH IVSNNPDRQG PKPT TVEWM ILPWVLGFIW TEIKQMWDGG FQDYIHDWWN LMDFVMNSLY LATISLKIVA YVKYSGCKPR DTWEMWHPTL VAEAV FAIA NIFSSLRLIS LFTANSHLGP LQISLGRMLL DILKFLFIYC LVLLAFANGL NQLYFYYENS EGMTCKGIRC ERQNNA FST LFETLQSLFW SIFGLISLYV TNVKADHKFT EFVGATMFGT YNVISLVVLL NMLIAMMNNS YQHIADHADI EWKFART KL WMSYFEEGGT LPPPFNIIPS PKSICYLITW IKVHVFKRRS KRTETFGTLG RRAAENVRLN HQYQEVLRNL VKRYVAAM I RDAKTEEGLT EENFKELKQD ISSFRYEVIG MMKGNRKSTR ANKSDTSASD VSHPEGSLQY SSALKQNSKL HLYDVTTAL QQQNSEEAKA SLGCLANGSA VVLTEPILKD KARSDFPKDF TDFGLFPKKQ NPNKIYSLAE EATESDPDIL DWGKEDKPLA GKVEQDVNE SKCLMEEDER VLEEQEMEHI ASSHEH

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a

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分子 #2: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

分子名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: LPP
分子量理論値: 648.891 Da
Chemical component information

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3TRISトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.003 percentC47H88O26LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系球面収差補正装置: BCOR Cs corrector first generation
エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 160.0 K / 最高: 190.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3079 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 88.7 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 393632
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4339

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / 詳細: Used EMD-4339 as a reference
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / ソフトウェア - 詳細: MERIDIEN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / ソフトウェア - 詳細: MERIDIEN / 使用した粒子像数: 126873

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6gik


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 49.08 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7b0j:
TRPC4 in LMNG detergent

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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