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- EMDB-11813: Structure of the SARS-CoV spike glycoprotein in complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11813
タイトルStructure of the SARS-CoV spike glycoprotein in complex with the 47D11 neutralizing antibody Fab fragment
マップデータComplex of the SARS-CoV spike glycoprotein with the neutralizing antibody Fab fragment 47D11
試料
  • 複合体: Complex of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein with the 47D11 neutralizing antibody Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: 47D11 neutralizing antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 47D11 neutralizing antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / SARS coronavirus WH20 (SARSコロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Fedry J / Hurdiss DL / Wang C / Li W / Obal G / Drulyte I / Howes SC / van Kuppeveld FJM / Foerster F / Bosch BJ
資金援助 オランダ, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)724425-BENDER オランダ
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission792575 オランダ
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission842333 オランダ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-948-2017 オランダ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-1172-2018 オランダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the cross-neutralization of SARS-CoV and SARS-CoV-2 by the human monoclonal antibody 47D11.
著者: Juliette Fedry / Daniel L Hurdiss / Chunyan Wang / Wentao Li / Gonzalo Obal / Ieva Drulyte / Wenjuan Du / Stuart C Howes / Frank J M van Kuppeveld / Friedrich Förster / Berend-Jan Bosch /
要旨: The emergence of SARS-CoV-2 antibody escape mutations highlights the urgent need for broadly neutralizing therapeutics. We previously identified a human monoclonal antibody, 47D11, capable of cross- ...The emergence of SARS-CoV-2 antibody escape mutations highlights the urgent need for broadly neutralizing therapeutics. We previously identified a human monoclonal antibody, 47D11, capable of cross-neutralizing SARS-CoV-2 and SARS-CoV and protecting against the associated respiratory disease in an animal model. Here, we report cryo-EM structures of both trimeric spike ectodomains in complex with the 47D11 Fab. 47D11 binds to the closed receptor-binding domain, distal to the ACE2 binding site. The CDRL3 stabilizes the N343 glycan in an upright conformation, exposing a mutationally constrained hydrophobic pocket, into which the CDRH3 loop inserts two aromatic residues. 47D11 stabilizes a partially open conformation of the SARS-CoV-2 spike, suggesting that it could be used effectively in combination with other antibodies targeting the exposed receptor-binding motif. Together, these results reveal a cross-protective epitope on the SARS-CoV-2 spike and provide a structural roadmap for the development of 47D11 as a prophylactic or postexposure therapy for COVID-19.
履歴
登録2020年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月19日-
マップ公開2021年5月19日-
更新2021年6月16日-
現状2021年6月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7akj
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11813.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complex of the SARS-CoV spike glycoprotein with the neutralizing antibody Fab fragment 47D11
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.0485225 - 0.10908173
平均 (標準偏差)0.00012872726 (±0.0020619028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 432.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0490.1090.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein with the 47D11 neutr...

全体名称: Complex of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein with the 47D11 neutralizing antibody Fab fragment
要素
  • 複合体: Complex of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein with the 47D11 neutralizing antibody Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: 47D11 neutralizing antibody heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 47D11 neutralizing antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein with the 47D11 neutr...

超分子名称: Complex of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein with the 47D11 neutralizing antibody Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量実験値: 600 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: SARS coronavirus WH20 (SARSコロナウイルス)
分子量理論値: 132.302688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RCTTFDDVQA PNYTQHTSSM RGVYYPDEIF RSDTLYLTQD LFLPFYSNVT GFHTINHTFD NPVIPFKDGI YFAATEKSNV VRGWVFGST MNNKSQSVII INNSTNVVIR ACNFELCDNP FFAVSKPMGT QTHTMIFDNA FNCTFEYISD AFSLDVSEKS G NFKHLREF ...文字列:
RCTTFDDVQA PNYTQHTSSM RGVYYPDEIF RSDTLYLTQD LFLPFYSNVT GFHTINHTFD NPVIPFKDGI YFAATEKSNV VRGWVFGST MNNKSQSVII INNSTNVVIR ACNFELCDNP FFAVSKPMGT QTHTMIFDNA FNCTFEYISD AFSLDVSEKS G NFKHLREF VFKNKDGFLY VYKGYQPIDV VRDLPSGFNT LKPIFKLPLG INITNFRAIL TAFSPAQDTW GTSAAAYFVG YL KPTTFML KYDENGTITD AVDCSQNPLA ELKCSVKSFE IDKGIYQTSN FRVVPSGDVV RFPNITNLCP FGEVFNATKF PSV YAWERK KISNCVADYS VLYNSTFFST FKCYGVSATK LNDLCFSNVY ADSFVVKGDD VRQIAPGQTG VIADYNYKLP DDFM GCVLA WNTRNIDATS TGNYNYKYRY LRHGKLRPFE RDISNVPFSP DGKPCTPPAL NCYWPLNDYG FYTTTGIGYQ PYRVV VLSF ELLNAPATVC GPKLSTDLIK NQCVNFNFNG LTGTGVLTPS SKRFQPFQQF GRDVSDFTDS VRDPKTSEIL DISPCS FGG VSVITPGTNA SSEVAVLYQD VNCTDVSTAI HADQLTPAWR IYSTGNNVFQ TQAGCLIGAE HVDTSYECDI PIGAGIC AS YHTVSLLRST SQKSIVAYTM SLGADSSIAY SNNTIAIPTN FSISITTEVM PVSMAKTSVD CNMYICGDST ECANLLLQ Y GSFCTQLNRA LSGIAAEQDR NTREVFAQVK QMYKTPTLKY FGGFNFSQIL PDPLKPTKRS FIEDLLFNKV TLADAGFMK QYGECLGDIN ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDDMIAAYTA ALVSGTATAG WTFGAGAALQ IPFAMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKQIA NQFNKAISQI QESLTTTSTA LGKLQDVVNQ NAQALNTLVK QLSSNFGAIS SVLNDILSRL DPPEAEVQID R LITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QAAPHGVVFL HVTYVPSQER NF TTAPAIC HEGKAYFPRE GVFVFNGTSW FITQRNFFSP QIITTDNTFV SGNCDVVIGI INNTVYDPLQ PELDSFKEEL DKY FKNHTS PDVDLGDISG INASVVNLIK GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLI KLVPRGSLEW SHPQFEK

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分子 #2: 47D11 neutralizing antibody heavy chain

分子名称: 47D11 neutralizing antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.205812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCSVSGGSIS SHYWSWIRQP PGKGLEWIGY IYYSGSTNHN PSLKSRVTIS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCARGV LLWFGEPIFE IWGQGTMVTV SS

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分子 #3: 47D11 neutralizing antibody light chain

分子名称: 47D11 neutralizing antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.350607 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVS SSLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRAPGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWPLTFG GGTKVEI

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 36 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 4231 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1500537
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

21457

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 260941
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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