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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11643 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the split human mitoribosomal large subunit with rescue factors mtRF-R and MTRES1 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mitochondrial transcription / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / translation release factor activity / Protein lipoylation / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex ...regulation of mitochondrial transcription / negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Complex I biogenesis / protein lipoylation / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / translation release factor activity / Protein lipoylation / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / Respiratory electron transport / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / ribosomal large subunit binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / respiratory chain complex I / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / anatomical structure morphogenesis / acyl carrier activity / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fibrillar center / fatty acid biosynthetic process / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cell junction / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / mRNA binding / nucleotide binding / calcium ion binding / synapse / nucleolus / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Desai N / Yang H / Chandrasekaran V / Kazi R / Minczuk M / Ramakrishnan V | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Elongational stalling activates mitoribosome-associated quality control. 著者: Nirupa Desai / Hanting Yang / Viswanathan Chandrasekaran / Razina Kazi / Michal Minczuk / V Ramakrishnan / 要旨: The human mitochondrial ribosome (mitoribosome) and associated proteins regulate the synthesis of 13 essential subunits of the oxidative phosphorylation complexes. We report the discovery of a ...The human mitochondrial ribosome (mitoribosome) and associated proteins regulate the synthesis of 13 essential subunits of the oxidative phosphorylation complexes. We report the discovery of a mitoribosome-associated quality control pathway that responds to interruptions during elongation, and we present structures at 3.1- to 3.3-angstrom resolution of mitoribosomal large subunits trapped during ribosome rescue. Release factor homolog C12orf65 (mtRF-R) and RNA binding protein C6orf203 (MTRES1) eject the nascent chain and peptidyl transfer RNA (tRNA), respectively, from stalled ribosomes. Recruitment of mitoribosome biogenesis factors to these quality control intermediates suggests additional roles for these factors during mitoribosome rescue. We also report related cryo-electron microscopy structures (3.7 to 4.4 angstrom resolution) of elongating mitoribosomes bound to tRNAs, nascent polypeptides, the guanosine triphosphatase elongation factors mtEF-Tu and mtEF-G1, and the Oxa1L translocase. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11643.map.gz | 56.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11643-v30.xml emd-11643.xml | 73.7 KB 73.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11643_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11643.png | 174.1 KB | ||
その他 | emd_11643_additional_1.map.gz emd_11643_half_map_1.map.gz emd_11643_half_map_2.map.gz | 412.9 MB 414.8 MB 414.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11643 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11643 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11643_validation.pdf.gz | 723.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11643_full_validation.pdf.gz | 723.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11643_validation.xml.gz | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11643_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11643 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11643 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Refined map
ファイル | emd_11643_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refined map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 map
ファイル | emd_11643_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half1 map
ファイル | emd_11643_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : human mitoribosome
+超分子 #1: human mitoribosome
+分子 #1: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
+分子 #2: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
+分子 #3: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
+分子 #4: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
+分子 #5: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
+分子 #6: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
+分子 #7: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
+分子 #8: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
+分子 #9: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
+分子 #10: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
+分子 #11: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
+分子 #12: Mitochondrial ribosomal protein L18, isoform CRA_b
+分子 #13: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
+分子 #14: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
+分子 #15: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
+分子 #16: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
+分子 #17: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
+分子 #18: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
+分子 #19: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
+分子 #20: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
+分子 #21: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
+分子 #22: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
+分子 #23: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
+分子 #24: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
+分子 #25: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
+分子 #26: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
+分子 #27: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
+分子 #28: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
+分子 #29: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
+分子 #30: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
+分子 #31: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
+分子 #32: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
+分子 #33: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
+分子 #34: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
+分子 #35: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
+分子 #36: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
+分子 #37: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
+分子 #38: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
+分子 #39: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
+分子 #40: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
+分子 #41: cDNA FLJ76418, highly similar to Homo sapiens mitochondrial ribos...
+分子 #42: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
+分子 #43: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
+分子 #44: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
+分子 #45: Ribosomal protein 63, mitochondrial
+分子 #46: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
+分子 #47: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
+分子 #48: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
+分子 #49: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
+分子 #50: Unknown protein/protein extension
+分子 #51: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
+分子 #52: MIEF1 upstream open reading frame protein
+分子 #53: Acyl carrier protein, mitochondrial
+分子 #57: nascent chain
+分子 #58: Probable peptide chain release factor C12orf65, mitochondrial
+分子 #59: Mitochondrial transcription rescue factor 1
+分子 #54: 16S rRNA
+分子 #55: mt-tRNAVal
+分子 #56: mt-tRNA
+分子 #60: MAGNESIUM ION
+分子 #61: ZINC ION
+分子 #62: 4'-PHOSPHOPANTETHEINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |