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- EMDB-1164: Maturation of phage T7 involves structural modification of both s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1164
タイトルMaturation of phage T7 involves structural modification of both shell and inner core components.
マップデータbacteriophage T7 mature virion
試料
  • 試料: phage T7 mature virion
  • タンパク質・ペプチド: gp14
  • タンパク質・ペプチド: gp15
  • タンパク質・ペプチド: gp16
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp10A
  • タンパク質・ペプチド: gp10B
  • タンパク質・ペプチド: gp11
  • タンパク質・ペプチド: gp12
  • タンパク質・ペプチド: gp17
  • DNA: genome
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Agirrezabala X / Martin-Benito J / Caston JR / Miranda R / Valpuesta JM / Carrascosa JL
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2005
タイトル: Maturation of phage T7 involves structural modification of both shell and inner core components.
著者: Xabier Agirrezabala / Jaime Martín-Benito / José R Castón / Roberto Miranda / José María Valpuesta / José L Carrascosa /
要旨: The double-stranded DNA bacteriophages are good model systems to understand basic biological processes such as the macromolecular interactions that take place during the virus assembly and ...The double-stranded DNA bacteriophages are good model systems to understand basic biological processes such as the macromolecular interactions that take place during the virus assembly and maturation, or the behavior of molecular motors that function during the DNA packaging process. Using cryoelectron microscopy and single-particle methodology, we have determined the structures of two phage T7 assemblies produced during its morphogenetic process, the DNA-free prohead and the mature virion. The first structure reveals a complex assembly in the interior of the capsid, which involves the scaffolding, and the core complex, which plays an important role in DNA packaging and is located in one of the phage vertices. The reconstruction of the mature virion reveals important changes in the shell, now much larger and thinner, the disappearance of the scaffolding structure, and important rearrangements of the core complex, which now protrudes the shell and interacts with the tail. Some of these changes must originate by the pressure exerted by the DNA in the interior of the head.
履歴
登録2005年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年9月22日-
マップ公開2006年9月22日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1164.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1164.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈bacteriophage T7 mature virion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.66 Å/pix.
x 220 pix.
= 1025.2 Å		4.66 Å/pix.
x 220 pix.
= 1025.2 Å		4.66 Å/pix.
x 220 pix.
= 1025.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.187 / ムービー #1: 0.19
最小 - 最大-0.69639 - 0.836632
平均 (標準偏差)-0.00658687 (±0.104622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 1025.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.664.664.66
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1025.2001025.2001025.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.6960.837-0.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : phage T7 mature virion

全体名称: phage T7 mature virion
要素
  • 試料: phage T7 mature virion
  • タンパク質・ペプチド: gp14
  • タンパク質・ペプチド: gp15
  • タンパク質・ペプチド: gp16
  • タンパク質・ペプチド: gp8
  • タンパク質・ペプチド: gp10A
  • タンパク質・ペプチド: gp10B
  • タンパク質・ペプチド: gp11
  • タンパク質・ペプチド: gp12
  • タンパク質・ペプチド: gp17
  • DNA: genome

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超分子 #1000: phage T7 mature virion

超分子名称: phage T7 mature virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 10

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分子 #1: gp14

分子名称: gp14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: core protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 20.8 MDa

+
分子 #2: gp15

分子名称: gp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: core protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 84.2 MDa

+
分子 #3: gp16

分子名称: gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: core protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 143.8 MDa

+
分子 #4: gp8

分子名称: gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: connector / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 58.9 MDa

+
分子 #5: gp10A

分子名称: gp10A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: head protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 36.9 MDa

+
分子 #6: gp10B

分子名称: gp10B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: head protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 45.4 MDa

+
分子 #7: gp11

分子名称: gp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: tail protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 22.2 MDa

+
分子 #8: gp12

分子名称: gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: tail protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 89.26 MDa

+
分子 #9: gp17

分子名称: gp17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: tail protein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage
分子量理論値: 61.4 MDa

+
分子 #10: genome

分子名称: genome / タイプ: dna / ID: 10 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) / 別称: T7 phage

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.7 / 詳細: 50mM Tris-HCl pH:7.7 10mM MgCl2 100mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil grids 2/2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: FFT with ssCCD
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / 平均電子線量: 10 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 29930 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder. GATAN. Eucentric
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Wiener filter, defocus groups
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: 5-fold symmetrya / 使用した粒子像数: 4785

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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