[日本語] English
万見
- EMDB-1146: Quaternary polymorphism of replicative helicase G40P: structural ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1146
タイトルQuaternary polymorphism of replicative helicase G40P: structural mapping and domain rearrangement.
マップデータBacteriophage SPP1 helicase G40P: C3C6 architecture
試料
  • 試料: C3C6 architecture of Bacteriophage SPP1
  • タンパク質・ペプチド: helicase
生物種Bacillus phage SPP1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Nunez-Ramirez R / Robledo Y / mesa P / Alonso JC
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Quaternary polymorphism of replicative helicase G40P: structural mapping and domain rearrangement.
著者: Rafael Núñez-Ramírez / Yolanda Robledo / Pablo Mesa / Silvia Ayora / Juan Carlos Alonso / José María Carazo / Luis Enrique Donate /
要旨: Quaternary polymorphism is a distinctive structural feature of the DnaB family of replicative DNA hexameric helicases. The Bacillus subtilis bacteriophage SPP1 gene 40 product (G40P) belongs to this ...Quaternary polymorphism is a distinctive structural feature of the DnaB family of replicative DNA hexameric helicases. The Bacillus subtilis bacteriophage SPP1 gene 40 product (G40P) belongs to this family. Three different quaternary states have been described for G40P homohexamers, two of them with C(3) symmetry, and the other with C(6) symmetry. We present three-dimensional reconstructions of the different architectures of G40P hexamers and a variant lacking the N-terminal domain. Comparison of the G40P and the deletion mutant structures sheds new light on the functional roles of the N and C-terminal domains, at the same time that it allows the direct structural mapping of these domains. Based on this new information, hybrid EM/X-ray models are presented for all the different symmetries. These results suggest that quaternary polymorphism of hexameric helicases may be implicated in the translocation along the DNA.
履歴
登録2005年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年8月5日-
マップ公開2006年5月17日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.048
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1146.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage SPP1 helicase G40P: C3C6 architecture
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0244 / ムービー #1: 0.048
最小 - 最大-0.155266 - 0.193208
平均 (標準偏差)0.0000309193 (±0.0122426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-190
NX/NY/NZ180180380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.1550.1930.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : C3C6 architecture of Bacteriophage SPP1

全体名称: C3C6 architecture of Bacteriophage SPP1
要素
  • 試料: C3C6 architecture of Bacteriophage SPP1
  • タンパク質・ペプチド: helicase

-
超分子 #1000: C3C6 architecture of Bacteriophage SPP1

超分子名称: C3C6 architecture of Bacteriophage SPP1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Homohexamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa / 手法: gel filtration chromatography

-
分子 #1: helicase

分子名称: helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 株: SPP1 / 細胞: Bacteria
分子量実験値: 300 KDa / 理論値: 300 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pCB506

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 50mM HEPES, 50mM NaCl, 10mM MgCl2, 1mM ATP, 1mM dithithreitol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein stained on 2% uranyl acetate for 1 minute
グリッド詳細: collodion/carbon coated 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2000EX
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 実像数: 40 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER Xmipp / 使用した粒子像数: 700

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る