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万見
- EMDB-11236: Reconstruction of Tula virus surface glycoprotein lattice -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11236
タイトルReconstruction of Tula virus surface glycoprotein lattice
マップデータReconstruction of Tula virus glycoprotein spike lattice.
試料
  • ウイルス: Tula orthohantavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHantavirus / Tula / Andes / TULV / ANDV / glycoprotein / lattice / spike / fusion protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tula orthohantavirus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.4 Å
データ登録者Stass R / Li S / Huiskonen JT
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)649053 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: The Hantavirus Surface Glycoprotein Lattice and Its Fusion Control Mechanism.
著者: Alexandra Serris / Robert Stass / Eduardo A Bignon / Nicolás A Muena / Jean-Claude Manuguerra / Rohit K Jangra / Sai Li / Kartik Chandran / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / Felix A Rey ...著者: Alexandra Serris / Robert Stass / Eduardo A Bignon / Nicolás A Muena / Jean-Claude Manuguerra / Rohit K Jangra / Sai Li / Kartik Chandran / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / Felix A Rey / Pablo Guardado-Calvo /
要旨: Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square ...Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square surface lattice. The envelope glycoproteins Gn and Gc form heterodimers that further assemble into tetrameric spikes, the lattice building blocks. The glycoproteins, which are the sole targets of neutralizing antibodies, drive virus entry via receptor-mediated endocytosis and endosomal membrane fusion. Here we describe the high-resolution X-ray structures of the heterodimer of Gc and the Gn head and of the homotetrameric Gn base. Docking them into an 11.4-Å-resolution cryoelectron tomography map of the hantavirus surface accounted for the complete extramembrane portion of the viral glycoprotein shell and allowed a detailed description of the surface organization of these pleomorphic virions. Our results, which further revealed a built-in mechanism controlling Gc membrane insertion for fusion, pave the way for immunogen design to protect against pathogenic hantaviruses.
履歴
登録2020年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zjm
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zjm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11236.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11236.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Tula virus glycoprotein spike lattice.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 108 pix.
= 432. Å		4 Å/pix.
x 108 pix.
= 432. Å		4 Å/pix.
x 108 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-6.260702 - 8.191625
平均 (標準偏差)-0.081563696 (±0.93652344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ108108108
Spacing108108108
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z108108108
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS108108108
D min/max/mean-6.2618.192-0.082

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11236_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (odd) used to estimate resolution by FSC.

ファイルemd_11236_half_map_1.map
注釈Half map (odd) used to estimate resolution by FSC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map (even) used to estimate resolution by FSC.

ファイルemd_11236_half_map_2.map
注釈Half map (even) used to estimate resolution by FSC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tula orthohantavirus

全体名称: Tula orthohantavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tula orthohantavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Tula orthohantavirus

超分子名称: Tula orthohantavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 1980494 / 生物種: Tula orthohantavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,En...

分子名称: Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein,Envelope polyprotein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tula orthohantavirus (ウイルス)
分子量理論値: 112.691258 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: KTIYELKMEC PHTVGLGQGY IIGSTELGLI SIEAASDIKL ESSCNFDLHT TSMAQKSFTQ VEWRKKSDTT DTTNAASTTF EAQTKTVNL RGTCILAPEL YDTLKKVKKT VLCYDLTCNQ THCQPTVYLI APVLTCMSIR SCMASVFTSR IQVIYEKTHC V TGQLIEGQ ...文字列:
KTIYELKMEC PHTVGLGQGY IIGSTELGLI SIEAASDIKL ESSCNFDLHT TSMAQKSFTQ VEWRKKSDTT DTTNAASTTF EAQTKTVNL RGTCILAPEL YDTLKKVKKT VLCYDLTCNQ THCQPTVYLI APVLTCMSIR SCMASVFTSR IQVIYEKTHC V TGQLIEGQ CFNPAHTLTL SQPAHTYDTV TLPISCFFTP KKSEQLKVIK TFEGILTKTG CTENALQGYY VCFLGSHSEP LI VPSLEDI RSAEVVSRML VHPRGEDHDA IQNSQSHLRI VGPITAKVPS TSSTDTLKGT AFAGVPMYSS LSTLVRNADP EFV FSPGIV PESNHSTCDK KTVPITWTGY LPISGEMEGG SGLVPRGSGG GSGGGSWSHP QFEKGGGTGG GTLVPRGSGT GGET PLMES GWSDTAHGVG EIPMKTDLEL DFSLPSSSSY SYRRKLTNPA NKEESIPFHF QMEKQVIHAE IQPLGHWMDA TFNIK TAFH CYGACQKYSY PWQTSKCFFE KDYQYETGWG CNPGDCPGVG TGCTACGVYL DKLKSVGKAY KIISLKYTRK VCIQLG TEQ TCKHIDANDC LVTPSVKVCI VGTVSKLQPS DTLLFLGPLE QGGIILKQWC TTSCAFGDPG DIMSTPSGMR CPEHTGS FR KICGFATTPV CEYQGNTISG YKRMMATKDS FQSFNLTEPH ITTNKLEWID PDGNTRDFVN LVLNRDVSFQ DLSDNPCK V DLHTQAIEGA WGSGVGFTLT CTVGLTECPS FMTSIKACDL AMCYGSTVTN LARGSNTVKV VGKGGHSGSS FKCCHDTDC SSEGLLASAP HLERVTGFNQ IDSDKVYDDG APPCTFKCWF TKSGEWLLGI LNGNGPFEDD DDKAGWSHPQ FEKGGGSGGG SGGGSWSHP QFEKKVTGCT VFCTLAGPGA SCEAYSENGI FNISSPTCLV NKVQRFRGSE QKINFICQRV DQDVVVYCNG Q KKVILTKT LVIGQCIYTF TSLFSLMPDV AHSLAVELCV PGLHGGPFED DDDKAGWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QF EK

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 4.71 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 18064
抽出トモグラム数: 49 / 使用した粒子像数: 107820 / 参照モデル: EMD-4867 / 手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 詳細: template matching
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6y5f

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6yrq

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6zjm:
Atomic model of Andes virus glycoprotein spike tetramer generated by fitting into a Tula virus reconstruction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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