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- EMDB-11212: Cryo-EM structure of ESCRT-III helical Vps24 filaments -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11212
タイトルCryo-EM structure of ESCRT-III helical Vps24 filaments
マップデータSharpened cryo EM density
試料
  • 複合体: Doubled-stranded helical filament assembly of Vps24
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein-sorting-associated protein 24液胞
キーワードFilament / Helical / Membrane Remodeling / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intralumenal vesicle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / オートファジー / ATP export / ESCRT III complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / エンドソーム ...intralumenal vesicle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / オートファジー / ATP export / ESCRT III complex / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / エンドソーム / protein transport / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein-sorting-associated protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Huber ST / Mostafavi S
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structure and assembly of ESCRT-III helical Vps24 filaments.
著者: Stefan T Huber / Siavash Mostafavi / Simon A Mortensen / Carsten Sachse /
要旨: ESCRT-III proteins mediate a range of cellular membrane remodeling activities such as multivesicular body biogenesis, cytokinesis, and viral release. Critical to these processes is the assembly of ...ESCRT-III proteins mediate a range of cellular membrane remodeling activities such as multivesicular body biogenesis, cytokinesis, and viral release. Critical to these processes is the assembly of ESCRT-III subunits into polymeric structures. In this study, we determined the cryo-EM structure of a helical assembly of Vps24 at 3.2-Å resolution and found that Vps24 adopts an elongated open conformation. Vps24 forms a domain-swapped dimer extended into protofilaments that associate into a double-stranded apolar filament. We demonstrate that, upon binding negatively charged lipids, Vps24 homopolymer filaments undergo partial disassembly into shorter filament fragments and oligomers. Upon the addition of Vps24, Vps2, and Snf7, liposomes are deformed into neck and tubular structures by an ESCRT-III heteropolymer coat. The filamentous Vps24 homopolymer assembly structure and interaction studies reveal how Vps24 could introduce unique geometric properties to mixed-type ESCRT-III heteropolymers and contribute to the process of membrane scission events.
履歴
登録2020年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月26日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zh3
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zh3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11212.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened cryo EM density
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.22486193 - 0.38453808
平均 (標準偏差)0.001851589 (±0.015475936)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z266.240266.240266.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2250.3850.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11212_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened cryo EM density

ファイルemd_11212_additional.map
注釈Unsharpened cryo EM density
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_11212_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_11212_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Doubled-stranded helical filament assembly of Vps24

全体名称: Doubled-stranded helical filament assembly of Vps24
要素
  • 複合体: Doubled-stranded helical filament assembly of Vps24
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein-sorting-associated protein 24液胞

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超分子 #1: Doubled-stranded helical filament assembly of Vps24

超分子名称: Doubled-stranded helical filament assembly of Vps24 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Vacuolar protein-sorting-associated protein 24

分子名称: Vacuolar protein-sorting-associated protein 24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.562174 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMDYIKKA IWGPDPKEQQ RRIRSVLRKN GRNIEKSLRE LTVLQNKTQQ LIKKSAKKND VRTVRLYAKE LYQINKQYDR MYTSRAQLD SVRMKIDEAI RMNTLSNQMA DSAGLMREVN SLVRLPQLRN TMIELEKELM KSGIISEMVD DTMESVGDVG E EMDEAVDE ...文字列:
GSHMDYIKKA IWGPDPKEQQ RRIRSVLRKN GRNIEKSLRE LTVLQNKTQQ LIKKSAKKND VRTVRLYAKE LYQINKQYDR MYTSRAQLD SVRMKIDEAI RMNTLSNQMA DSAGLMREVN SLVRLPQLRN TMIELEKELM KSGIISEMVD DTMESVGDVG E EMDEAVDE EVNKIVEQYT NEKFKNVDQV PTVELAANEE EQEIPDEKVD EEADRMVNEM RERLRALQN

UniProtKB: Vacuolar protein-sorting-associated protein 24

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was concentrated to 5 mg/mL, incubated in the refridgerator overnight, ultracentrifugated, and resuspended to a final concentration of 0.9 mg/mL for cryo-EM

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 130000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 3257 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
詳細: 1320 images were manually selected for further processing
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 524155 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: one segment every 24.7 Angstrom
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 62
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 25.18 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -32.47 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 313554
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3frt


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / 温度因子: 126
得られたモデル

PDB-6zh3:
Cryo-EM structure of ESCRT-III helical Vps24 filaments

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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