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万見
- EMDB-11078: The structure of the matrix protein M1 from influenza A/Hong Kong... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11078
タイトルThe structure of the matrix protein M1 from influenza A/Hong Kong/1/1968 VLPs (HA,NA,M1,M2)
マップデータStructure of the influenza A matrix protein M1 from influenza A/Hong Kong/1/1968 VLPs (HA,NA,M1,M2)
試料
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
    • 複合体: Matrix protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Matrix protein 1
  • リガンド: water
キーワードViral matrix protein / Membrane binding / pH Sensor / Polymer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virion assembly / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A/Puerto Rico/8-9NMC3/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Peukes J / Xiong X
資金援助European Union, 英国, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
German Research Foundation (DFG)project number 240245660 - SFB1129 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: The native structure of the assembled matrix protein 1 of influenza A virus.
著者: Julia Peukes / Xiaoli Xiong / Simon Erlendsson / Kun Qu / William Wan / Leslie J Calder / Oliver Schraidt / Susann Kummer / Stefan M V Freund / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by ...Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by forming an endoskeleton beneath the virus membrane. The structure of full-length M1, and how it oligomerizes to mediate the assembly of virions, is unknown. Here we determine the complete structure of assembled M1 within intact virus particles, as well as the structure of M1 oligomers reconstituted in vitro. We find that the C-terminal domain of M1 is disordered in solution but can fold and bind in trans to the N-terminal domain of another M1 monomer, thus polymerizing M1 into linear strands that coat the interior surface of the membrane of the assembling virion. In the M1 polymer, five histidine residues-contributed by three different monomers of M1-form a cluster that can serve as the pH-sensitive disassembly switch after entry into a target cell. These structures therefore reveal mechanisms of influenza virus assembly and disassembly.
履歴
登録2020年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z5j
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6z5j
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11078.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the influenza A matrix protein M1 from influenza A/Hong Kong/1/1968 VLPs (HA,NA,M1,M2)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 120 pix.
= 213.6 Å		1.78 Å/pix.
x 120 pix.
= 213.6 Å		1.78 Å/pix.
x 120 pix.
= 213.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-2.1210978 - 2.724315
平均 (標準偏差)0.00067154894 (±0.28326413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 213.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.600213.600213.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-2.1212.7240.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11078_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11078_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11078_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus

全体名称: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
    • 複合体: Matrix protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Matrix protein 1
  • リガンド: water

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超分子 #1: Influenza A virus

超分子名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: virus like particles were formed by expressing plasmids coding for a subset (HA,NA,M1,M2) of the viral proteins
NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / Sci species strain: A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Matrix protein 1

超分子名称: Matrix protein 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: The M1 map was generated by subtomogram averaging of the M1 protein density in tomograms of influenza A (HK68) virus like particles (VLPs) that were generated by expression of the viral protein HA,NA,M1,M2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 (H3N2)

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分子 #1: Matrix protein 1

分子名称: Matrix protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The PDB model was generated by rigid body fitting of the M1 NTD crystal structure (PBD: 1ea3, from PR8 influenza virus) into the EM density map obtained for HK68 VLPs.
コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Puerto Rico/8-9NMC3/1934(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Puerto Rico/8-9NMC3/1934(H1N1)
分子量理論値: 27.928301 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSLLTEVETY VLSIIPSGPL KAEIAQRLED VFAGKNTDLE VLMEWLKTRP ILSPLTKGIL GFVFTLTVPS ERGLQRRRFV QNALNGNGD PNNMDKAVKL YRKLKREITF HGAKEISLSY SAGALASCMG LIYNRMGAVT TEVAFGLVCA TCEQIADSQH R SHRQMVTT ...文字列:
MSLLTEVETY VLSIIPSGPL KAEIAQRLED VFAGKNTDLE VLMEWLKTRP ILSPLTKGIL GFVFTLTVPS ERGLQRRRFV QNALNGNGD PNNMDKAVKL YRKLKREITF HGAKEISLSY SAGALASCMG LIYNRMGAVT TEVAFGLVCA TCEQIADSQH R SHRQMVTT TNPLIRHENR MVLASTTAKA MEQMAGSSEQ AAEAMEVASQ ARQMVQAMRT IGTHPSSSAG LKNDLLENLQ AY QKRMGVQ MQRFK

UniProtKB: Matrix protein 1

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 258 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: NOVACTF / 使用したサブトモグラム数: 14767
抽出トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 120000
手法: Volumes picked semi-automatically along the particles membrane
ソフトウェア: (名称: TOM, MATLAB, UCSF Chimera)
詳細: Initial positions were generated along the surface of a cylinder simulated around the manually determined central axis of each particle. Initial positions were at least 2X oversampled.
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ea3


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Multiple copies of the M1 NTD crystal structure (PDB:1ea3) were fitted as rigid bodies into the EM map to understand the relative arrangement of M1 monomers in the context of the matrix layer inside the virus
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6z5j:
Arrangement of the matrix protein M1 in influenza A/Hong Kong/1/1968 VLPs (HA,NA,M1,M2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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