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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11050 | |||||||||
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タイトル | Mec1-Ddc2 (F2244L mutant) in complex with Mg AMP-PNP | |||||||||
マップデータ | Mec1(F2244L)-Ddc2 map refined to 2.82 Angstroms and sharpened using a B-factor of -20 | |||||||||
試料 |
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キーワード | serine/threonine protein kinase / complex / DNA damage response / checkpoint control / Hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance ...ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / establishment of protein localization / chromatin organization / chromosome / DNA recombination / DNA replication / damaged DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Yates LA / Zhang X | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Mechanism of auto-inhibition and activation of Mec1 checkpoint kinase. 著者: Elias A Tannous / Luke A Yates / Xiaodong Zhang / Peter M Burgers / 要旨: In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 ...In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 dysfunction leads to cell death in yeast and causes chromosome instability and embryonic lethality in mammals. Thus, ATR is a major target for cancer therapies in homologous recombination-deficient cancers. Here we identify a single mutation in Mec1, conserved in ATR, that results in constitutive activity. Using cryo-electron microscopy, we determine the structures of this constitutively active form (Mec1(F2244L)-Ddc2) at 2.8 Å and the wild type at 3.8 Å, both in complex with Mg-AMP-PNP. These structures yield a near-complete atomic model for Mec1-Ddc2 and uncover the molecular basis for low basal activity and the conformational changes required for activation. Combined with biochemical and genetic data, we discover key regulatory regions and propose a Mec1 activation mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11050.map.gz | 124.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11050-v30.xml emd-11050.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11050_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11050.png | 242.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11050.cif.gz | 8.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11050 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11050_validation.pdf.gz | 744.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11050_full_validation.pdf.gz | 743.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11050_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11050_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11050 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mec1(F2244L)-Ddc2 map refined to 2.82 Angstroms and sharpened using a B-factor of -20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mec1-Ddc2
全体 | 名称: Mec1-Ddc2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mec1-Ddc2
超分子 | 名称: Mec1-Ddc2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Mec1-Ddc2 expressed and purified from Yeast and incubated with Mg and AMP-PNP |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 720 KDa |
-分子 #1: DNA damage checkpoint protein LCD1
分子 | 名称: DNA damage checkpoint protein LCD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 86.533594 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MRRETVGEFS SDDDDDILLE LGTRPPRFTQ IPPSSAALQT QIPTTLEVTT TTLNNKQSKN DNQLVNQLNK AQGEASMLRD KINFLNIER EKEKNIQAVK VNELQVKHLQ ELAKLKQELQ KLEDEKKFLQ MEARGKSKRE VITNVKPPST TLSTNTNTIT P DSSSVAIE ...文字列: MRRETVGEFS SDDDDDILLE LGTRPPRFTQ IPPSSAALQT QIPTTLEVTT TTLNNKQSKN DNQLVNQLNK AQGEASMLRD KINFLNIER EKEKNIQAVK VNELQVKHLQ ELAKLKQELQ KLEDEKKFLQ MEARGKSKRE VITNVKPPST TLSTNTNTIT P DSSSVAIE AKPQSPQSKK RKISDNLLKK NMVPLNPNRI IPDETSLFLE SILLHQIIGA DLSTIEILNR LKLDYITEFK FK NFVIAKG APIGKSIVSL LLRCKKTLTL DRFIDTLLED IAVLIKEISV HPNESKLAVP FLVALMYQIV QFRPSATHNL ALK DCFLFI CDLIRIYHHV LKVPIHESNM NLHVEPQIFQ YELIDYLIIS YSFDLLEGIL RVLQSHPKQT YMEFFDENIL KSFE FVYKL ALTISYKPMV NVIFSAVEVV NIITSIILNM DNSSDLKSLI SGSWWRDCIT RLYALLEKEI KSGDVYNENV DTTTL HMSK YHDFFGLIRN IGDNELGGLI SKLIYTDRLQ SVPRVISKED IGMDSDKFTA PIIGYKMEKW LLKLKDEVLN IFENLL MIY GDDATIVNGE MLIHSSKFLS REQALMIERY VGQDSPNLDL RCHLIEHTLT IIYRLWKDHF KQLREEQIKQ VESQLIM SL WRFLVCQTET VTANEREMRD HRHLVDSLHD LTIKDQASYY EDAFEDLPEY IEEELKMQLN KRTGRIMQVK YDEKFQEM A RTILESKSFD LTTLEEADSL YISMGL UniProtKB: DNA damage checkpoint protein LCD1 |
-分子 #2: Serine/threonine-protein kinase MEC1
分子 | 名称: Serine/threonine-protein kinase MEC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 273.646812 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MESHVKYLDE LILAIKDLNS GVDSKVQIKK VPTDPSSSQE YAKSLKILNT LIRNLKDQRR NNIMKNDTIF SKTVSALALL LEYNPFLLV MKDSNGNFEI QRLIDDFLNI SVLNYDNYHR IWFMRRKLGS WCKACVEFYG KPAKFQLTAH FENTMNLYEQ A LTEVLLGK ...文字列: MESHVKYLDE LILAIKDLNS GVDSKVQIKK VPTDPSSSQE YAKSLKILNT LIRNLKDQRR NNIMKNDTIF SKTVSALALL LEYNPFLLV MKDSNGNFEI QRLIDDFLNI SVLNYDNYHR IWFMRRKLGS WCKACVEFYG KPAKFQLTAH FENTMNLYEQ A LTEVLLGK TELLKFYDTL KGLYILLYWF TSEYSTFGNS IAFLDSSLGF TKFDFNFQRL IRIVLYVFDS CELAALEYAE IQ LKYISLV VDYVCNRTIS TALDAPALVC CEQLKFVLTT MHHFLDNKYG LLDNDPTMAK GILRLYSLCI SNDFSKCFVD HFP IDQWAD FSQSEHFPFT QLTNKALSIV YFDLKRRSLP VEALKYDNKF NIWVYQSEPD SSLKNVTSPF DDRYKQLEKL RLLV LKKFN KTERGTLLKY RVNQLSPGFF QRAGNDFKLI LNEASVSIQT CFKTNNITRL TSWTVILGRL ACLESEKFSG TLPNS TKDM DNWYVCHLCD IEKTGNPFVR INPNRPEAAG KSEIFRILHS NFLSHPNIDE FSESLLSGIL FSLHRIFSHF QPPKLT DGN GQINKSFKLV QKCFMNSNRY LRLLSTRIIP LFNISDSHNS EDEHTATLIK FLQSQKLPVV KENLVIAWTQ LTLTTSN DV FDTLLLKLID IFNSDDYSLR IMMTLQIKNM AKILKKTPYQ LLSPILPVLL RQLGKNLVER KVGFQNLIEL LGYSSKTI L DIFQRYIIPY AIIQYKSDVL SEIAKIMCDG DTSLINQMKV NLLKKNSRQI FAVALVKHGL FSLDILETLF LNRAPTFDK GYITAYLPDY KTLAEITKLY KNSVTKDASD SENANMILCS LRFLITNFEK DKRHGSKYKN INNWTDDQEQ AFQKKLQDNI LGIFQVFSS DIHDVEGRTT YYEKLRVING ISFLIIYAPK KSIISALAQI SICLQTGLGL KEVRYEAFRC WHLLVRHLND E ELSTVIDS LIAFILQKWS EFNGKLRNIV YSILDTLIKE KSDLILKLKP YTTLALVGKP ELGILARDGQ FARMVNKIRS TT DLIPIFA NNLKSSNKYV INQNLDDIEV YLRRKQTERS IDFTPKKVGQ TSDITLVLGA LLDTSHKFRN LDKDLCEKCA KCI SMIGVL DVTKHEFKRT TYSENEVYDL NDSVQTIKFL IWVINDILVP AFWQSENPSK QLFVALVIQE SLKYCGLSSE SWDM NHKEL YPNEAKLWEK FNSVSKTTIY PLLSSLYLAQ SWKEYVPLKY PSNNFKEGYK IWVKRFTLDL LKTGTTENHP LHVFS SLIR EDDGSLSNFL LPYISLDIII KAEKGTPYAD ILNGIIIEFD SIFTCNLEGM NNLQVDSLRM CYESIFRVFE YCKKWA TEF KQNYSKLHGT FIIKDTKTTN MLLRIDEFLR TTPSDLLAQR SLETDSFERS ALYLEQCYRQ NPHDKNQNGQ LLKNLQI TY EEIGDIDSLD GVLRTFATGN LVSKIEELQY SENWKLAQDC FNVLGKFSDD PKTTTRMLKS MYDHQLYSQI ISNSSFHS S DGKISLSPDV KEWYSIGLEA ANLEGNVQTL KNWVEQIESL RNIDDREVLL QYNIAKALIA ISNEDPLRTQ KYIHNSFRL IGTNFITSSK ETTLLKKQNL LMKLHSLYDL SFLSSAKDKF EYKSNTTILD YRMERIGADF VPNHYILSMR KSFDQLKMNE QADADLGKT FFTLAQLARN NARLDIASES LMHCLERRLP QAELEFAEIL WKQGENDRAL KIVQEIHEKY QENSSVNARD R AAVLLKFT EWLDLSNNSA SEQIIKQYQD IFQIDSKWDK PYYSIGLYYS RLLERKKAEG YITNGRFEYR AISYFLLAFE KN TAKVREN LPKVITFWLD IAAASISEAP GNRKEMLSKA TEDICSHVEE ALQHCPTYIW YFVLTQLLSR LLHSHQSSAQ IIM HILLSL AVEYPSHILW YITALVNSNS SKRVLRGKHI LEKYRQHSQN PHDLVSSALD LTKALTRVCL QDVKSITSRS GKSL EKDFK FDMNVAPSAM VVPVRKNLDI ISPLESNSMR GYQPFRPVVS IIRFGSSYKV FSSLKKPKQL NIIGSDGNIY GIMCK KEDV RQDNQYMQFA TTMDFLLSKD IASRKRSLGI NIYSVLSLRE DCGILEMVPN VVTLRSILST KYESLKIKYS LKSLHD RWQ HTAVDGKLEF YMEQVDKFPP ILYQWFLENF PDPINWFNAR NTYARSYAVM AMVGHILGLG DRHCENILLD IQTGKVL HV DLDCLFEKGK RLPVPEIVPF RLTPNLLDAL GIIGTEGTFK KSSEVTLALM RKNEVALMNV IETIMYDRNM DHSIQKAL K VLRNKIRGID PQDGLVLSVA GQTETLIQEA TSEDNLSKMY IGWLPFW UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase MEC1 |
-分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-ANP: |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15902 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |