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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1102 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure and regulation of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs). | |||||||||
![]() | This is the cryoEM 3D reconstruction of DNA-PKcs kinase. | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
![]() | Rivera-Calzada A / Maman JP / Spagnolo L / Pearl LH / Llorca O | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure and regulation of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs). 著者: Angel Rivera-Calzada / Joseph D Maman / Laura Spagnolo / Laurence H Pearl / Oscar Llorca / ![]() 要旨: DNA-PKcs is a large PI3-kinase-related protein kinase (PIKK) that plays a central role in DNA double-strand break (DSB) repair via nonhomologous end joining. Using cryo-electron microscopy we have ...DNA-PKcs is a large PI3-kinase-related protein kinase (PIKK) that plays a central role in DNA double-strand break (DSB) repair via nonhomologous end joining. Using cryo-electron microscopy we have now generated an approximately 13 A three-dimensional map of DNA-PKcs, revealing the overall architecture and topology of the 4128 residue polypeptide chain and allowing location of domains. The highly conserved C-terminal PIKK catalytic domain forms a central structure from which FAT and FATC domains protrude. Conformational changes observed in these domains on DNA binding suggest that they transduce DNA-induced conformational changes to the catalytic core and regulate kinase activity. The N-terminal segments form long curved tubular-shaped domains based on helical repeats to create interacting surfaces required for macromolecular assembly. Comparison of DNA-PKcs with another PIKK DNA repair factor, ATM, defines a common architecture for this important protein family. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 155 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 50.3 KB 263.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | This is the cryoEM 3D reconstruction of DNA-PKcs kinase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs
全体 | 名称: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs
超分子 | 名称: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 470 KDa / 手法: From its sequence |
-分子 #1: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
分子 | 名称: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA-PKcs / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 470 KDa |
組換発現 | 生物種: HeLa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 50mM KCl, 1mM MgCl2. |
グリッド | 詳細: 400 mesh carbon coated Rhodium-Copper grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home made plunger / 手法: Blot for 1 second before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective astigmatism was corrected using the stigmator, CCD camera collected images and the Digital Micrograph software |
詳細 | Microscope model: TECNAI G2 200 kV, FEI. |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 43 / 詳細: Images were averaged to 14 microns / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry liquid-nitrogen cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: reverse phases for each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN 詳細: CTF Corrected particles were subjected to 3D refinement as implemented in EMAN. The starting volume was generated by image classification of the whole data set into a few average images to ...詳細: CTF Corrected particles were subjected to 3D refinement as implemented in EMAN. The starting volume was generated by image classification of the whole data set into a few average images to build a reconstruction using common lines. 使用した粒子像数: 7000 |
最終 角度割当 | 詳細: EMAN software criteria |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: SITUS |
詳細 | Protocol: Rigid Body. The domains were fitted using the COLORES command from SITUS |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coeficient |