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- EMDB-10847: CIII2/CIV respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10847
タイトルCIII2/CIV respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae
マップデータ
試料
  • 複合体: Respiratroy supercopmlex CIII2/CIV
    • タンパク質・ペプチド: x 25種
  • リガンド: x 15種
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Complex III assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : ...: / Complex III assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / : / : / : / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / nuclear periphery / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily ...Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / Cytochrome b / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial ...Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Berndtsson J / Rathore S / Ott M
資金援助 スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2014-4116 スウェーデン
Swedish Research Council2018-03694 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017.0091 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2013.0006 スウェーデン
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020
タイトル: Respiratory supercomplexes enhance electron transport by decreasing cytochrome c diffusion distance.
著者: Jens Berndtsson / Andreas Kohler / Sorbhi Rathore / Lorena Marin-Buera / Hannah Dawitz / Jutta Diessl / Verena Kohler / Antoni Barrientos / Sabrina Büttner / Flavia Fontanesi / Martin Ott /
要旨: Respiratory chains are crucial for cellular energy conversion and consist of multi-subunit complexes that can assemble into supercomplexes. These structures have been intensively characterized in ...Respiratory chains are crucial for cellular energy conversion and consist of multi-subunit complexes that can assemble into supercomplexes. These structures have been intensively characterized in various organisms, but their physiological roles remain unclear. Here, we elucidate their function by leveraging a high-resolution structural model of yeast respiratory supercomplexes that allowed us to inhibit supercomplex formation by mutation of key residues in the interaction interface. Analyses of a mutant defective in supercomplex formation, which still contains fully functional individual complexes, show that the lack of supercomplex assembly delays the diffusion of cytochrome c between the separated complexes, thus reducing electron transfer efficiency. Consequently, competitive cellular fitness is severely reduced in the absence of supercomplex formation and can be restored by overexpression of cytochrome c. In sum, our results establish how respiratory supercomplexes increase the efficiency of cellular energy conversion, thereby providing an evolutionary advantage for aerobic organisms.
履歴
登録2020年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2021年3月24日-
現状2021年3月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ymx
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10847.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10847.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å		1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å		1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-1.2400135 - 2.3732495
平均 (標準偏差)0.0059492365 (±0.06867311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 392.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z370370370
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.200392.200392.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS370370370
D min/max/mean-1.2402.3730.006

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10847_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Second half map

ファイルemd_10847_half_map_1.map
注釈Second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: First half map

ファイルemd_10847_half_map_2.map
注釈First half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratroy supercopmlex CIII2/CIV

全体名称: Respiratroy supercopmlex CIII2/CIV
要素
  • 複合体: Respiratroy supercopmlex CIII2/CIV
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
  • リガンド: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
  • リガンド: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
  • リガンド: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
超分子 #1: Respiratroy supercopmlex CIII2/CIV

超分子名称: Respiratroy supercopmlex CIII2/CIV / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: W303-1b / Organelle: Mitochondria

+
分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 58.316938 KDa
配列文字列: WLYSTNAKDI AVLYFMLAIF SGMAGTAMSL IIRLELAAPG SQYLHGNSQL FNVLVVGHAV LMIFFLVMPA LIGGFGNYLL PLMIGATDT AFPRINNIAF WVLPMGLVCL VTSTLVESGA GTGWTVYPPL SSIQAHSGPS VDLAIFALHL TSISSLLGAI N FIVTTLNM ...文字列:
WLYSTNAKDI AVLYFMLAIF SGMAGTAMSL IIRLELAAPG SQYLHGNSQL FNVLVVGHAV LMIFFLVMPA LIGGFGNYLL PLMIGATDT AFPRINNIAF WVLPMGLVCL VTSTLVESGA GTGWTVYPPL SSIQAHSGPS VDLAIFALHL TSISSLLGAI N FIVTTLNM RTNGMTMHKL PLFVWSIFIT AFLLLLSLPV LSAGITMLLL DRNFNTSFFE VSGGGDPILY EHLFWFFGHP EV YILIIPG FGIISHVVST YSKKPVFGEI SMVYAMASIG LLGFLVWSHH MYIVGLDADT RAYFTSATMI IAIPTGIKIF SWL ATIHGG SIRLATPMLY AIAFLFLFTM GGLTGVALAN ASLDVAFHDT YYVVGHFHYV LSMGAIFSLF AGYYYWSPQI LGLN YNEKL AQIQFWLIFI GANVIFFPMH FLGINGMPRR IPDYPDAFAG WNYVASIGSF IATLSLFLFI YILYDQLVNG LNNKV NNKS VIYNKAPDFV ESNTIFNLNT VKSSSIEFLL TSPPAVHSFN TPAVQS

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 26.779816 KDa
配列文字列: DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYTIVMTY SKNPIAYKYI KHGQTIEVIW TIFPAVILLI IAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAIGYQW YWKYEYSDFI NDSGETVEFE SYVIPDELLE EGQLRLLDTD TSMVVPVDTH I RFVVTAAD ...文字列:
DVPTPYACYF QDSATPNQEG ILELHDNIMF YLLVILGLVS WMLYTIVMTY SKNPIAYKYI KHGQTIEVIW TIFPAVILLI IAFPSFILL YLCDEVISPA MTIKAIGYQW YWKYEYSDFI NDSGETVEFE SYVIPDELLE EGQLRLLDTD TSMVVPVDTH I RFVVTAAD VIHDFAIPSL GIKVDATPGR LNQVSALIQR EGVFYGACSE LCGTGHANMP IKIEAVSLPK FLEWLNEQ

+
分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 30.252391 KDa
配列文字列: THLERSRHQQ HPFHMVMPSP WPIVVSFALL SLALSTALTM HGYIGNMNMV YLALFVLLTS SILWFRDIVA EATYLGDHTM AVRKGINLG FLMFVLSEVL IFAGLFWAYF HSAMSPDVTL GACWPPVGIE AVQPTELPLL NTIILLSSGA TVTYSHHALI A GNRNKALS ...文字列:
THLERSRHQQ HPFHMVMPSP WPIVVSFALL SLALSTALTM HGYIGNMNMV YLALFVLLTS SILWFRDIVA EATYLGDHTM AVRKGINLG FLMFVLSEVL IFAGLFWAYF HSAMSPDVTL GACWPPVGIE AVQPTELPLL NTIILLSSGA TVTYSHHALI A GNRNKALS GLLITFWLIV IFVTCQYIEY TNAAFTISDG VYGSVFYAGT GLHFLHMVML AAMLGVNYWR MRNYHLTAGH HV GYETTII YTHVLDVIWL FLYVVFYWWG V

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 12.694382 KDa
配列文字列:
VVKTAQNLAE VNGPETLIGP GAKEGTVPTD LDQETGLARL ELLGKLEGID VFDTKPLDSS RKGTMKDPII IESYDDYRYV GCTGSPAGS HTIMWLKPTV NEVARCWECG SVYKLNPV

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.324147 KDa
配列文字列:
ALSNAAVMDL QSRWENMPST EQQDIVSKLS ERQKLPWAQL TEPEKQAVWY ISYGEWGPRR PVLNKGDSSF IAKGVAAGLL FSVGLFAVV RMAGGQDAKT MNKEWQLKSD EYLKSKNANP WGGYSQVQS

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 11.725173 KDa
配列文字列:
ETFEEFTARY EKEFDEAYDL FEVQRVLNNC FSYDLVPAPA VIEKALRAAR RVNDLPTAIR VFEALKYKVE NEDQYKAYLD ELKDVRQEL GVPLKEELFP

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 6.410639 KDa
配列文字列:
NKVIQLQKIF QSSTKPLWWR HPRSALYLYP FYAIFAVAVV TPLLYIPNAI RGIKA

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 5.737735 KDa
配列文字列:
VHFKDGVYEN IPFKVKGRKT PYALSHFGFF AIGFAVPFVA CYVQLKKSGA F

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 6.241401 KDa
配列文字列:
IAPITGTIKR RVIMDIVLGF SLGGVMASYW WWGFHMDKIN KREKFYAELA ERK

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 9.225291 KDa
配列文字列:
NSPLHTVGFD ARFPQQNQTK HCWQSYVDYH KCVNMKGEDF APCKVFWKTY NALCPLDWIE KWDDQREKGI FAGDINSD

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 13.306061 KDa
配列文字列:
NALKPAFGPP DKVAAQKFKE SLMATEKHAK DTSNMWVKIS VWVALPAIAL TAVNTYFVEK EHAEHREHLK HVPDSEWPRD YEFMNIRSK PFFWGDGDKT LFWNPVVNRH IEHDD

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 4.347023 KDa
配列文字列:
ESWVITEGRR LIPEIFQWSA VLSVCLGWPG AVYFFSKA

+
分子 #13: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 47.45927 KDa
配列文字列: AEVTQLSNGI VVATEHNPSA HTASVGVVFG SGAANENPYN NGVSNLWKNI FLSKENSAVA AKEGLALSSN ISRDFQSYIV SSLPGSTDK SLDFLNQSFI QQKANLLSSS NFEATKKSVL KQVQDFEEND HPNRVLEHLH STAFQNTPLS LPTRGTLESL E NLVVADLE ...文字列:
AEVTQLSNGI VVATEHNPSA HTASVGVVFG SGAANENPYN NGVSNLWKNI FLSKENSAVA AKEGLALSSN ISRDFQSYIV SSLPGSTDK SLDFLNQSFI QQKANLLSSS NFEATKKSVL KQVQDFEEND HPNRVLEHLH STAFQNTPLS LPTRGTLESL E NLVVADLE SFANNHFLNS NAVVVGTGNI KHEDLVNSIE SKNLSLQTGT KPVLKKKAAF LGSEVRLRDD TLPKAWISLA VE GEPVNSP NYFVAKLAAQ IFGSYNAFEP ASRLQGIKLL DNIQEYQLCD NFNHFSLSYK DSGLWGFSTA TRNVTMIDDL IHF TLKQWN RLTISVTDTE VERAKSLLKL QLGQLYESGN PVNDANLLGA EVLIKGSKLS LGEAFKKIDA ITVKDVKAWA GKRL WDQDI AIAGTGQIEG LLDYMRIRSD MSMMRW

+
分子 #14: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 38.751918 KDa
配列文字列: LTVSARDAPT KISTLAVKVH GGSRYATKDG VAHLLNRFNF QNTNTRSALK LVRESELLGG TFKSTLDREY ITLKATFLKD DLPYYVNAL ADVLYKTAFK PHELTESVLP AARYDYAVAE QCPVKSAEDQ LYAITFRKGL GNPLLYDGVE RVSLQDIKDF A DKVYTKEN ...文字列:
LTVSARDAPT KISTLAVKVH GGSRYATKDG VAHLLNRFNF QNTNTRSALK LVRESELLGG TFKSTLDREY ITLKATFLKD DLPYYVNAL ADVLYKTAFK PHELTESVLP AARYDYAVAE QCPVKSAEDQ LYAITFRKGL GNPLLYDGVE RVSLQDIKDF A DKVYTKEN LEVSGENVVE ADLKRFVDES LLSTLPAGKS LVSKSEPKFF LGEENRVRFI GDSVAAIGIP VNKASLAQYE VL ANYLTSA LSELSGLISS AKLDKFTDGG LFTLFVRDQD SAVVSSNIKK IVADLKKGKD LSPAINYTKL KNAVQNESVS SPI ELNFDA VKDFKLGKFN YVAVGDVSNL PYLDEL

+
分子 #15: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 43.68659 KDa
配列文字列: MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI IFILTIATAF LGYCCVYGQM SHWGATVITN LFSAIPFVGN D IVSWLWGG ...文字列:
MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI IFILTIATAF LGYCCVYGQM SHWGATVITN LFSAIPFVGN D IVSWLWGG FSVSNPTIQR FFALHYLVPF IIAAMVIMHL MALHIHGSSN PLGITGNLDR IPMHSYFIFK DLVTVFLFML IL ALFVFYS PNTLGHPDNY IPGNPLVTPA SIVPEWYLLP FYAILRSIPD KLLGVITMFA AILVLLVLPF TDRSVVRGNT FKV LSKFFF FIFVFNFVLL GQIGACHVEV PYVLMGQIAT FIYFAYFLII VPVISTIENV LFYIGRVNK

+
分子 #16: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 27.807395 KDa
配列文字列: MTAAEHGLHA PAYAWSHNGP FETFDHASIR RGYQVYREVC AACHSLDRVA WRTLVGVSHT NEEVRNMAEE FEYDDEPDEQ GNPKKRPGK LSDYIPGPYP NEQAARAANQ GALPPDLSLI VKARHGGCDY IFSLLTGYPD EPPAGVALPP GSNYNPYFPG G SIAMARVL ...文字列:
MTAAEHGLHA PAYAWSHNGP FETFDHASIR RGYQVYREVC AACHSLDRVA WRTLVGVSHT NEEVRNMAEE FEYDDEPDEQ GNPKKRPGK LSDYIPGPYP NEQAARAANQ GALPPDLSLI VKARHGGCDY IFSLLTGYPD EPPAGVALPP GSNYNPYFPG G SIAMARVL FDDMVEYEDG TPATTSQMAK DVTTFLNWCA EPEHDERKRL GLKTVIILSS LYLLSIWVKK FKWAGIKTRK FV FNPPKPR K

+
分子 #17: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 20.122955 KDa
配列文字列:
KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSAG AKSTVETFIS SMTATADVLA MAKVEVNLAA IPLGKNVVVK WQGKPVFIR HRTPHEIQEA NSVDMSALKD PQTDADRVKD PQWLIMLGIC THLGCVPIGE AGDFGGWFCP CHGSHYDISG R IRKGPAPL NLEIPAYEFD GDKVIVG

+
分子 #18: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 8.854792 KDa
配列文字列:
VTDQLEDLRE HFKNTEEGKA LVHHYEECAE RVKIQQQQPG YADLEHKEDC VEEFFHLQHY LDTATAPRLF DKLK

+
分子 #19: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.452557 KDa
配列文字列:
PQSFTSIARI GDYILKSPVL SKLCVPVANQ FINLAGYKKL GLKFDDLIAE ENPIMQTALR RLPEDESYAR AYRIIRAHQT ELTHHLLPR NEWIKAQEDV PYLLPYILEA EAAAKEKDEL DNIEVSK

+
分子 #20: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 10.856314 KDa
配列文字列:
GPPSGKTYMG WWGHMGGPKQ KGITSYAVSP YAQKPLQGIF HNAVFNSFRR FKSQFLYVLI PAGIYWYWWK NGNEYNEFLY SKAGREELE RVNV

+
分子 #21: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 6.214155 KDa
配列文字列:
SLYKTFFKRN AVFVGTIFAG AFVFQTVFDT AITSWYENHN KGKLWKDVKA RIAA

+
分子 #22: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 8.983905 KDa
配列文字列:
EVTDQLEDLR EHFKNTEEGK ALVHHYEECA ERVKIQQQQP GYADLEHKED CVEEFFHLQH YLDTATAPRL FDKLK

+
分子 #23: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 6.230155 KDa
配列文字列:
SSLYKTFFKR NAVFVGTIFA GAFVFQTVFD TAITSWYENH NKGKLWKDVK ARIA

+
分子 #24: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 4.920734 KDa
配列文字列:
KTGLHFGRLS LRSLTAYAPN LMLWGGASML GLFVFTEGWP KFQD

+
分子 #25: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 5.750779 KDa
配列文字列:
TGLHFGRLSL RSLTAYAPNL MLWGGASMLG LFVFTEGWPK FQDTLYKKIP L

+
分子 #26: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #27: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #28: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 7 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

+
分子 #29: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16...

分子名称: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: CN3
分子量理論値: 834.862 Da
Chemical component information

ChemComp-CN3:
(2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate

+
分子 #30: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #31: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 5 / 式: PCF
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

+
分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #33: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

分子名称: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: 6PH
分子量理論値: 592.785 Da
Chemical component information

ChemComp-6PH:
(1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

+
分子 #34: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 6 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #35: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: 8PE
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-8PE:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #36: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-penta...

分子名称: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: CN5
分子量理論値: 634.631 Da
Chemical component information

ChemComp-CN5:
(5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate

+
分子 #37: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)...

分子名称: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: UQ6
分子量理論値: 592.891 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ6:
5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL

+
分子 #38: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoy...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: 9PE
分子量理論値: 593.773 Da
Chemical component information

ChemComp-9PE:
(1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #39: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

分子名称: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: 7PH
分子量理論値: 564.732 Da
Chemical component information

ChemComp-7PH:
(1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

+
分子 #40: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium chloride
0.1 %C56H92O29Digitonin
1.0 mMC7H7FO2Sphenylmethylsulfonyl fluoride
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 8775 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.0014 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 647805
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 201223
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: SGD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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