EMDB-10614: Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-10614

タイトル

Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 4

マップデータ

試料

複合体: Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 3

生物種

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å

データ登録者

Krupp F / Banchenko S / Buerger J / Mielke T / Spahn CMT / Schwefel D

資金援助

ドイツ, 3件

Organization	Grant number	国
German Research Foundation (DFG)	25065445	ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)	190-2016	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	Emmy Noether Programme 280022178	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 4
著者: Krupp F / Banchenko S / Buerger J / Mielke T / Spahn CMT / Schwefel D

履歴

登録	2020年1月15日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2021年1月27日	-
マップ公開	2021年1月27日	-
更新	2021年4月14日	-
現状	2021年4月14日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.011 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.011 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_10614.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_10614.map.gz	10.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-10614-v30.xml emd-10614.xml	8.1 KB 8.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_10614.png	71.9 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10614 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10614	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_10614_validation.pdf.gz	196.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_10614_full_validation.pdf.gz	195.9 KB	表示
XML形式データ	emd_10614_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10614 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10614	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t16-d 3nc0-2 4u1w-d 5exb-d 6u8k-d 11857 12615 4wsr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_10614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.25 Å/pix. x 320 pix. = 400. Å	1.25 Å/pix. x 320 pix. = 400. Å	1.25 Å/pix. x 320 pix. = 400. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.25 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大	-0.015817655 - 0.05465698
平均 (標準偏差)	9.3458715e-05 (±0.001559387)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	320	320	320
Spacing	320	320	320

セル

A=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.25	1.25	1.25
M x/y/z	320	320	320
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	400.000	400.000	400.000
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	320	320	320
D min/max/mean	-0.016	0.055	0.000

-
全体 : Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 3

全体	名称: Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 3
要素	複合体: Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 3

-
超分子 #1: Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 3

超分子	名称: Cryo-EM map of DDB1:DCAF1:Vpr:Cullin4:Roc1 State 3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換発現	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI POLARA 300
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.07) / 使用した粒子像数: 25945
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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