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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1059 | |||||||||
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タイトル | Electron cryomicroscopy structure of N-ethyl maleimide sensitive factor at 11 A resolution. | |||||||||
マップデータ | 3D density map of NSF?alpha-SNAP?SNARE (20S) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) / Bos taurus (ウシ) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Furst J / Sutton RB / Chen J / Brunger AT / Grigorieff N | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2003 タイトル: Electron cryomicroscopy structure of N-ethyl maleimide sensitive factor at 11 A resolution. 著者: Johannes Furst / R Bryan Sutton / James Chen / Axel T Brunger / Nikolaus Grigorieff / 要旨: N-ethyl maleimide sensitive factor (NSF) belongs to the AAA family of ATPases and is involved in a number of cellular functions, including vesicle fusion and trafficking of membrane proteins. We ...N-ethyl maleimide sensitive factor (NSF) belongs to the AAA family of ATPases and is involved in a number of cellular functions, including vesicle fusion and trafficking of membrane proteins. We present the three-dimensional structure of the hydrolysis mutant E329Q of NSF complexed with an ATP-ADP mixture at 11 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle averaging of NSF.alpha-SNAP.SNARE complexes. The NSF domains D1 and D2 form hexameric rings that are arranged in a double-layered barrel. Our structure is more consistent with an antiparallel orientation of the two rings rather than a parallel one. The crystal structure of the D2 domain of NSF was docked into the EM density map and shows good agreement, including details at the secondary structural level. Six protrusions corresponding to the N domain of NSF (NSF-N) emerge from the sides of the D1 domain ring. The density corresponding to alpha-SNAP and SNAREs is located on the 6-fold axis of the structure, near the NSF-N domains. The density of the N domain is weak, suggesting conformational variability in this part of NSF. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1059.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1059-v30.xml emd-1059.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1059.gif | 76.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1059 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1059 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1059_validation.pdf.gz | 221.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1059_full_validation.pdf.gz | 220.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1059_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1059 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1059 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D density map of NSF?alpha-SNAP?SNARE (20S) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : NSF alpha-SNAP SNARE 20S
全体 | 名称: NSF alpha-SNAP SNARE 20S |
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要素 |
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-超分子 #1000: NSF alpha-SNAP SNARE 20S
超分子 | 名称: NSF alpha-SNAP SNARE 20S / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was monodisperse. Some domains were disordered. Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 680 KDa / 手法: gel permeation chromatography |
-分子 #1: N-ethyl Maleimide Sensitive Factor
分子 | 名称: N-ethyl Maleimide Sensitive Factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NSF / 詳細: 6 subunits / コピー数: 6 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 別称: Chinese Hamster |
分子量 | 実験値: 82.8 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: Soluble NSF Attachment Protein
分子 | 名称: Soluble NSF Attachment Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: alpha-SNAP / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cattle |
分子量 | 実験値: 33.4 KDa |
-分子 #3: Soluble NSF Attachment Protein Receptor
分子 | 名称: Soluble NSF Attachment Protein Receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: SNARE / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) / 別称: Chinese Hamster |
分子量 | 実験値: 82.3 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20mM HEPES, pH 7.4, 300 mM NACl, 2 mM MgCl2, 5mM b-mercaptoethanol, 0.01/0.1 mM ADP/ATP nucleotide |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo (no stain) |
グリッド | 詳細: holey carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Technion plunger |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 平均: 85 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: 3 x 3 averaging, final step size = 27 microns / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 62000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | manual particle selection |
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CTF補正 | 詳細: FREALIGN |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN / 詳細: Final map was calculated from three data sets / 使用した粒子像数: 31592 |