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万見
- EMDB-10492: Vip3Aa protoxin structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10492
タイトルVip3Aa protoxin structure
マップデータHalf map 2
試料
  • 複合体: Vip3Aa protoxin
    • タンパク質・ペプチド: Vegetative insecticidal protein
キーワードVip3Aa / toxin / protoxin / beta prism / insecticidal protein / Vip3
機能・相同性Vegetative insecticide protein 3 / Vegetative insecticide protein 3A N terminal / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / Galactose-binding-like domain superfamily / Vegetative insecticidal protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nunez-Ramirez R / Huesa J
資金援助 スペイン, 5件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-89143-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRYC-2015-19059 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-78606-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRYC-2014-16490 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-095204-B-C21 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular architecture and activation of the insecticidal protein Vip3Aa from Bacillus thuringiensis.
著者: Rafael Núñez-Ramírez / Juanjo Huesa / Yolanda Bel / Juan Ferré / Patricia Casino / Ernesto Arias-Palomo /
要旨: Bacillus thuringiensis Vip3 (Vegetative Insecticidal Protein 3) toxins are widely used in biotech crops to control Lepidopteran pests. These proteins are produced as inactive protoxins that need to ...Bacillus thuringiensis Vip3 (Vegetative Insecticidal Protein 3) toxins are widely used in biotech crops to control Lepidopteran pests. These proteins are produced as inactive protoxins that need to be activated by midgut proteases to trigger cell death. However, little is known about their three-dimensional organization and activation mechanism at the molecular level. Here, we have determined the structures of the protoxin and the protease-activated state of Vip3Aa at 2.9 Å using cryo-electron microscopy. The reconstructions show that the protoxin assembles into a pyramid-shaped tetramer with the C-terminal domains exposed to the solvent and the N-terminal region folded into a spring-loaded apex that, after protease activation, drastically remodels into an extended needle by a mechanism akin to that of influenza haemagglutinin. These results provide the molecular basis for Vip3 activation and function, and serves as a strong foundation for the development of more efficient insecticidal proteins.
履歴
登録2019年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月12日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6tfj
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10492.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10492.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half map 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 264 pix.
= 276.672 Å		1.05 Å/pix.
x 264 pix.
= 276.672 Å		1.05 Å/pix.
x 264 pix.
= 276.672 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.14471115 - 0.24508579
平均 (標準偏差)0.00032655618 (±0.005373959)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 276.672 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.672276.672276.672
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.1450.2450.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10492_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened EM map of the Vip3Aa protoxin

ファイルemd_10492_additional_1.map
注釈Unsharpened EM map of the Vip3Aa protoxin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused classification map of the C-terminal domains of the protoxin

ファイルemd_10492_additional_2.map
注釈Focused classification map of the C-terminal domains of the protoxin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_10492_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Focused classification map of the C-terminal domains of the protoxin

ファイルemd_10492_half_map_2.map
注釈Focused classification map of the C-terminal domains of the protoxin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vip3Aa protoxin

全体名称: Vip3Aa protoxin
要素
  • 複合体: Vip3Aa protoxin
    • タンパク質・ペプチド: Vegetative insecticidal protein

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超分子 #1: Vip3Aa protoxin

超分子名称: Vip3Aa protoxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Vegetative insecticidal protein

分子名称: Vegetative insecticidal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア)
分子量理論値: 88.762805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNKNNTKLST RALPSFIDYF NGIYGFATGI KDIMNMIFKT DTGGDLTLDE ILKNQQLLND ISGKLDGVNG SLNDLIAQGN LNTELSKEI LKIANEQNQV LNDVNNKLDA INTMLRVYLP KLTSMLSDVM KQNYALSLQI EYLSKQLQEI SDKLDIINVN V LINSTLTE ...文字列:
MNKNNTKLST RALPSFIDYF NGIYGFATGI KDIMNMIFKT DTGGDLTLDE ILKNQQLLND ISGKLDGVNG SLNDLIAQGN LNTELSKEI LKIANEQNQV LNDVNNKLDA INTMLRVYLP KLTSMLSDVM KQNYALSLQI EYLSKQLQEI SDKLDIINVN V LINSTLTE ITPAYQRIKY VNEKFEELTF ATETSSKVKK DGSPADILDE LTELTELAKS VTKNDVDGFE FYLNTFHDVM VG NNLFGRS ALKTASELIT KENVKTSGSE VGNVYNFLIV LTALQAKAFL TLTTCRKLLG LADIDYTSIM NEHLNKEKEE FRV NILPTL SNTFSNPNYA KVKGSDEDAK MIVEAKPGHA LIGFEISNDS ITVLKVYEAK LKQNYQVDKD SLSEVIYGDM DKLL CPDQS EQIYYTNNIV FPNEYVITKI DFTKKMKTLR YEVTANFYDS STGEIDLNKK KVESSEAEYR TLSANDDGVY MPLGV ISET FLTPINGFGL QADENSRLIT LTCKSYLREL LLATDLSNKE TKLIVPPSGF ISNIVENGSI EEDNLEPWKA NNKNAY VDH TGGVNGTKAL YVHKDGGISQ FIGDKLKPKT EYVIQYTVKG KPSIHLKDEN TGYIHYEDTN NNLEDYQTIN KRFTTGT DL KGVYLILKSQ NGDEAWGDNF IILEISPSEK LLSPELINTN NWTSTGSTNI SGNTLTLYQG GRGILKQNLQ LDSFSTYR V YFSVSGDANV RIRNSREVLF EKRYMSGAKD VSEMFTTKFE KDNFYIELSQ GNNLYGGPIV HFYDVSIK

UniProtKB: Vegetative insecticidal protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 56.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was obtained using the SGD algorithm implemented in RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 478797
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細The atomic coordinates were manually modeled de novo in the cryo-EM map using Coot, and then subjected to iterative rounds of real space refinement using Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6tfj:
Vip3Aa protoxin structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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