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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10424 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the dArc2 capsid | ||||||||||||
![]() | dArc2 capsid | ||||||||||||
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![]() | dArc / Gag / Virus / VLP / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / virus-like capsid / extracellular vesicle / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding / membrane / Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
![]() | Erlendsson S / Morado DR | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of virus-like capsids formed by the Drosophila neuronal Arc proteins. 著者: Simon Erlendsson / Dustin R Morado / Harrison B Cullen / Cedric Feschotte / Jason D Shepherd / John A G Briggs / ![]() ![]() 要旨: Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high- ...Arc, a neuronal gene that is critical for synaptic plasticity, originated through the domestication of retrotransposon Gag genes and mediates intercellular messenger RNA transfer. We report high-resolution structures of retrovirus-like capsids formed by Drosophila dArc1 and dArc2 that have surface spikes and putative internal RNA-binding domains. These data demonstrate that virus-like capsid-forming properties of Arc are evolutionarily conserved and provide a structural basis for understanding their function in intercellular communication. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 396.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 159.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() | 408.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 567.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 566.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | dArc2 capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.388 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: dArc2 capsid unsharpened
ファイル | emd_10424_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | dArc2 capsid unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : dArc2 Capsids
全体 | 名称: dArc2 Capsids |
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要素 |
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-超分子 #1: dArc2 Capsids
超分子 | 名称: dArc2 Capsids / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2
分子 | 名称: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 22.656734 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTQMSDEQFR IFIETIKSLG PIKEEPPSKG SFSNCTVRFS GQRDHDAVDE FINAVETYKE VEGISDKDAL KGLPLLFKSI AVVWWKGVR RDAKTWSDAL QLLRDHFSPT KPSYQIYMEI FETKQSYDEV IDSFICKQRA LLAKLPEGRH DEETELDFIY G LMQPKYRE ...文字列: MTQMSDEQFR IFIETIKSLG PIKEEPPSKG SFSNCTVRFS GQRDHDAVDE FINAVETYKE VEGISDKDAL KGLPLLFKSI AVVWWKGVR RDAKTWSDAL QLLRDHFSPT KPSYQIYMEI FETKQSYDEV IDSFICKQRA LLAKLPEGRH DEETELDFIY G LMQPKYRE SIPRHEVKTF RELLDRGRTV ERTRH UniProtKB: Activity-regulated cytoskeleton associated protein 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: 25 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | dArc2 capsids are prepared from purified protein. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-75 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |