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- EMDB-10321: Mus musculus brain neocortex ribosome 60S bound to Ebp1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10321
タイトルMus musculus brain neocortex ribosome 60S bound to Ebp1
マップデータex vivo derived mus musculus P0 brain neocortex ribosome containing eEF2 and EBP1
試料
  • 複合体: Mus musculus postnatal day 0 brain neocortex 80S ribosome bound to Ebp1
    • タンパク質・ペプチド: x 43種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


5.8S rRNA binding / Protein hydroxylation / translation at postsynapse / Formation of a pool of free 40S subunits / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...5.8S rRNA binding / Protein hydroxylation / translation at postsynapse / Formation of a pool of free 40S subunits / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / selenocysteine insertion sequence binding / embryonic brain development / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / translation at presynapse / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / 90S preribosome assembly / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / TORC2 complex binding / GAIT complex / peroxisome proliferator activated receptor binding / middle ear morphogenesis / A band / alpha-beta T cell differentiation / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / protein-DNA complex disassembly / optic nerve development / positive regulation of axonogenesis / response to aldosterone / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / homeostatic process / cell-substrate adhesion / lung morphogenesis / growth factor binding / macrophage chemotaxis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / blastocyst development / protein localization to nucleus / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-RNA complex assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of axon extension / protein targeting / cellular response to interleukin-4 / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / cytosolic ribosome / rough endoplasmic reticulum / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neutrophil degranulation / cellular response to dexamethasone stimulus / ossification / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / skeletal system development / liver regeneration / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / bone development / multicellular organism growth / transcription coactivator binding / cellular response to type II interferon / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / transcription corepressor activity / large ribosomal subunit / presynapse / retina development in camera-type eye / regulation of translation / heparin binding / cell body / fibroblast proliferation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / postsynapse / response to ethanol / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / response to lipopolysaccharide / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / postsynaptic density / protein stabilization / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L30e ...PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L18e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL6 ...Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Proliferation-associated protein 2G4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Ribosomal protein L26 / Ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L40 / Ribosomal protein L36A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL38
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kraushar ML / Sprink T
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)190-2016 ドイツ
European Union (EU)iNEXT (PID: 2227) ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
European Union (EU)Instruct-ERIC Pilot R&D Project (APPID: 232) ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Protein Synthesis in the Developing Neocortex at Near-Atomic Resolution Reveals Ebp1-Mediated Neuronal Proteostasis at the 60S Tunnel Exit.
著者: Matthew L Kraushar / Ferdinand Krupp / Dermot Harnett / Paul Turko / Mateusz C Ambrozkiewicz / Thiemo Sprink / Koshi Imami / Manuel Günnigmann / Ulrike Zinnall / Carlos H Vieira-Vieira / ...著者: Matthew L Kraushar / Ferdinand Krupp / Dermot Harnett / Paul Turko / Mateusz C Ambrozkiewicz / Thiemo Sprink / Koshi Imami / Manuel Günnigmann / Ulrike Zinnall / Carlos H Vieira-Vieira / Theres Schaub / Agnieszka Münster-Wandowski / Jörg Bürger / Ekaterina Borisova / Hiroshi Yamamoto / Mladen-Roko Rasin / Uwe Ohler / Dieter Beule / Thorsten Mielke / Victor Tarabykin / Markus Landthaler / Günter Kramer / Imre Vida / Matthias Selbach / Christian M T Spahn /
要旨: Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during ...Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during neurogenesis, revealing Ebp1 as a high-occupancy 60S peptide tunnel exit (TE) factor during protein synthesis at near-atomic resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Ribosome profiling demonstrated Ebp1-60S binding is highest during start codon initiation and N-terminal peptide elongation, regulating ribosome occupancy of these codons. Membrane-targeting domains emerging from the 60S tunnel, which recruit SRP/Sec61 to the shared binding site, displace Ebp1. Ebp1 is particularly abundant in the early-born neural stem cell (NSC) lineage and regulates neuronal morphology. Ebp1 especially impacts the synthesis of membrane-targeted cell adhesion molecules (CAMs), measured by pulsed stable isotope labeling by amino acids in cell culture (pSILAC)/bioorthogonal noncanonical amino acid tagging (BONCAT) mass spectrometry (MS). Therefore, Ebp1 is a central component of protein synthesis, and the ribosome TE is a focal point of gene expression control in the molecular specification of neuronal morphology during development.
履歴
登録2019年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2021年2月17日-
現状2021年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6swa
  • 表面レベル: 4
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10321.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ex vivo derived mus musculus P0 brain neocortex ribosome containing eEF2 and EBP1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3267 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-10.475252 - 20.985825
平均 (標準偏差)0.0008521894 (±0.8978186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 477.612 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.32671.32671.3267
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z477.612477.612477.612
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-10.76222.0310.001

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添付データ

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添付マップデータ: emd 10321 additional 1.map

ファイルemd_10321_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mus musculus postnatal day 0 brain neocortex 80S ribosome bound t...

全体名称: Mus musculus postnatal day 0 brain neocortex 80S ribosome bound to Ebp1
要素
  • 複合体: Mus musculus postnatal day 0 brain neocortex 80S ribosome bound to Ebp1
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L26
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L39
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L40
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L36A
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L28
    • RNA: 28S ribosomal RNA
    • RNA: 5.8S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: Proliferation-associated protein 2G4
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Mus musculus postnatal day 0 brain neocortex 80S ribosome bound t...

超分子名称: Mus musculus postnatal day 0 brain neocortex 80S ribosome bound to Ebp1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#46
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: CD1 / 器官: brain / 組織: neocortex / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 3.2 MDa

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分子 #1: 60S ribosomal protein L8

分子名称: 60S ribosomal protein L8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 27.456158 KDa
配列文字列: GRVIRGQRKG AGSVFRAHVK HRKGAARLRA VDFAERHGYI KGIVKDIIHD PGRGAPLAKV VFRDPYRFKK RTELFIAAEG IHTGQFVYC GKKAQLNIGN VLPVGTMPEG TIVCCLEEKP GDRGKLARAS GNYATVISHN PETKKTRVKL PSGSKKVISS A NRAVVGVV ...文字列:
GRVIRGQRKG AGSVFRAHVK HRKGAARLRA VDFAERHGYI KGIVKDIIHD PGRGAPLAKV VFRDPYRFKK RTELFIAAEG IHTGQFVYC GKKAQLNIGN VLPVGTMPEG TIVCCLEEKP GDRGKLARAS GNYATVISHN PETKKTRVKL PSGSKKVISS A NRAVVGVV AGGGRIDKPI LKAGRAYHKY KAKRNCWPRV RGVAMNPVEH PFGGGNHQHI GKPSTIRRDA PAGRKVGLIA AR RTGRLRG TKTVQ

+
分子 #2: 60S ribosomal protein L3

分子名称: 60S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 45.22398 KDa
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SHRKFSAPRH GSLGFLPRKR SSRHRGKVKS FPKDDASKPV HLTAFLGYKA GMTHIVREVD RPGSKVNKKE VVEAVTIVET PPMVVVGIV GYVETPRGLR TFKTVFAEHI SDECKRRFYK NWHKSKKKAF TKYCKKWQDD TGKKQLEKDF NSMKKYCQVI R IIAHTQMR LLPLRQKKAH LMEIQVNGGT VAEKLDWARE RLEQQVPVNQ VFGQDEMIDV IGVTKGKGYK GVTSRWHTKK LP RKTHRGL RKVACIGAWH PARVAFSVAR AGQKGYHHRT EINKKIYKIG QGYLIKDGKL IKNNASTDYD LSDKSINPLG GFV HYGEVT NDFIMLKGCV VGTKKRVLTL RKSLLVQTKR RALEKIDLKF IDTTSKFGHG RFQTMEEKKA FMGPLKKD

+
分子 #3: 60S ribosomal protein L4

分子名称: 60S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 41.321762 KDa
配列文字列: CARPLISVYS EKGESSGKNV TLPAVFKAPI RPDIVNFVHT NLRKNNRQPY AVSELAGHQT SAESWGTGRA VARIPRVRGG GTHRSGQGA FGNMCRGGRM FAPTKTWRRW HRRVNTTQKR YAICSALAAS ALPALVMSKG HRIEEVPELP LVVEDKVEGY K KTKEAVQL ...文字列:
CARPLISVYS EKGESSGKNV TLPAVFKAPI RPDIVNFVHT NLRKNNRQPY AVSELAGHQT SAESWGTGRA VARIPRVRGG GTHRSGQGA FGNMCRGGRM FAPTKTWRRW HRRVNTTQKR YAICSALAAS ALPALVMSKG HRIEEVPELP LVVEDKVEGY K KTKEAVQL LKKLKAWNDI KKVYASQRMR AGKGKMRNRR RIQRRGPCII YNEDNGIIKA FRNIPGITLL NVSKLNILKL AP GGHVGRF CIWTESAFRK LDELYGTWRK AASLKSNYNL PMHKMMNTDL SRILKSPEIQ RALRAPRKKI HRRVLKKNPL KNL RIMLKL NPYAKTMRRN TILRQARNHK LRVKKLEAAA TALATKS

+
分子 #4: 60S ribosomal protein L5

分子名称: 60S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 34.129383 KDa
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VKVVKNKAYF KRYQVRFRRR REGKTDYYAR KRLVIQDKNK YNTPKYRMIV RVTNRDIICQ IAYARIEGDM IVCAAYAHEL PKYGVKVGL TNYAAAYCTG LLLARRLLNR FGMDKIYEGQ VEVNGGEYNV ESIDGQPGAF TCYLDAGLAR TTTGNKVFGA L KGAVDGGL SIPHSTKRFP GYDSESKEFN AEVHRKHIMG QNVADYMRYL MEEDEDAYKK QFSQYIKNNV TPDMMEEMYK KA HAAIREN PVYEKKPKRE VKKKRWNRPK MSLAQKKDRV AQKKASFLRA QERAAES

+
分子 #5: 60S ribosomal protein L6

分子名称: 60S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 22.35933 KDa
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TVGGDKNGGT RVVKLRKMPR YYPTEDVPRK LLSHGKKPFS QHVRRLRSSI TPGTVLIILT GRHRGKRVVF LKQLDSGLLL VTGPLVINR VPLRRTHQKF VIATSTKVDI SDVKIPKHLT DAYFKKKQLR KPRHQEGEIF DTEKEKYEIT EQRKADQKAV D LQILPKIK AVPQLQGYLR SQFSLTNGMY PHKLVF

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分子 #6: 60S ribosomal protein L7

分子名称: 60S ribosomal protein L7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 27.674057 KDa
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PETLKKKRRN FAELKVKRLR KKFALKTLRK ARRKLIYEKA KHYHKEYRQM YRTEIRMARM ARKAGNFYVP AEPKLAFVIR IRGINGVSP KVRKVLQLLR LRQIFNGTFV KLNKASINML RIVEPYIAWG YPNLKSVNEL IYKRGYGKIN KKRIALTDNS L IARSLGKF GIICMEDLIH EIYTVGKRFK EANNFLWPFK LSSPRGGMKK KTTHFVEGGD AGNREDQINR LIRRMN

+
分子 #7: 60S ribosomal protein L7a

分子名称: 60S ribosomal protein L7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 26.705521 KDa
配列文字列: NPLFEKRPKN FGIGQDIQPK RDLTRFVKWP RYIRLQRQRA ILYKRLKVPP AINQFTQALD RQTATQLLKL AHKYRPETKQ EKKQRLLAR AEKKAAGKGD VPTKRPPVLR AGVNTVTTLV ENKKAQLVVI AHDVDPIELV VFLPALCRKM GVPYCIIKGK A RLGHLVHR ...文字列:
NPLFEKRPKN FGIGQDIQPK RDLTRFVKWP RYIRLQRQRA ILYKRLKVPP AINQFTQALD RQTATQLLKL AHKYRPETKQ EKKQRLLAR AEKKAAGKGD VPTKRPPVLR AGVNTVTTLV ENKKAQLVVI AHDVDPIELV VFLPALCRKM GVPYCIIKGK A RLGHLVHR KTCTTVAFTQ VNSEDKGALA KLVEAIRTNY NDRYDEIRRH WGGNVLGPKS VARIAKLEKA KAKELA

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L9

分子名称: 60S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 21.788369 KDa
配列文字列: MKTILSNQTV DIPENVEITL KGRTVIVKGP RGTLRRDFNH INVELSLLGK KKKRLRVDKW WGNRKELATV RTICSHVQNM IKGVTLGFR YKMRSVYAHF PINVVIQENG SLVEIRNFLG EKYIRRVRMR TGVACSVSQA QKDELILEGN DIELVSNSAA L IQQATTVK ...文字列:
MKTILSNQTV DIPENVEITL KGRTVIVKGP RGTLRRDFNH INVELSLLGK KKKRLRVDKW WGNRKELATV RTICSHVQNM IKGVTLGFR YKMRSVYAHF PINVVIQENG SLVEIRNFLG EKYIRRVRMR TGVACSVSQA QKDELILEGN DIELVSNSAA L IQQATTVK NKDIRKFLDG IYVSEKGTVQ QAD

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L10

分子名称: 60S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 24.38176 KDa
配列文字列: RRPARCYRYC KNKPYPKSRF CRGVPDAKIR IFDLGRKKAK VDEFPLCGHM VSDEYEQLSS EALEAARICA NKYMVKSCGK DGFHIRVRL HPFHVIRINK MLSCAGADRL QTGMRGAFGK PQGTVARVHI GQVIMSIRTK LQNKEHVIEA LRRAKFKFPG R QKIHISKK ...文字列:
RRPARCYRYC KNKPYPKSRF CRGVPDAKIR IFDLGRKKAK VDEFPLCGHM VSDEYEQLSS EALEAARICA NKYMVKSCGK DGFHIRVRL HPFHVIRINK MLSCAGADRL QTGMRGAFGK PQGTVARVHI GQVIMSIRTK LQNKEHVIEA LRRAKFKFPG R QKIHISKK WGFTKFNADE FEDMVAEKRL IPDGCGVKYI PNRGPLDKWR ALH

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L11

分子名称: 60S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 19.270318 KDa
配列文字列:
ENPMRELRIR KLCLNICVGE SGDRLTRAAK VLEQLTGQTP VFSKARYTVR SFGIRRNEKI AVHCTVRGAK AEEILEKGLK VREYELRKN NFSDTGNFGF GIQEHIDLGI KYDPSIGIYG LDFYVVLGRP GFSIADKKRR TGCIGAKHRI SKEEAMRWFQ Q KYDGIILP G

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L13

分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 23.617697 KDa
配列文字列: APSRNGMILK PHFHKDWQQR VDTWFNQPAR KIRRRKARQA KARRIAPRPA SGPIRPIVRC PTVRYHTKVR AGRGFSLEEL RVAGIHKKV ARTIGISVDP RRRNKSTESL QANVQRLKEY RSKLILFPRK PSAPKKGDSS AEELKLATQL TGPVMPIRNV Y KKEKARVI ...文字列:
APSRNGMILK PHFHKDWQQR VDTWFNQPAR KIRRRKARQA KARRIAPRPA SGPIRPIVRC PTVRYHTKVR AGRGFSLEEL RVAGIHKKV ARTIGISVDP RRRNKSTESL QANVQRLKEY RSKLILFPRK PSAPKKGDSS AEELKLATQL TGPVMPIRNV Y KKEKARVI TEEEKNFKAF ASLRMARANA RLFGIRAKRA KEAAEQD

+
分子 #12: 60S ribosomal protein L14

分子名称: 60S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 16.301475 KDa
配列文字列:
VFRRYVEVGR VAYISFGPHA GKLVAIVDVI DQNRALVDGP CTRVRRQAMP FKCMQLTDFI LKFPHSARQK YVRKAWEKAD INTKWAATR WAKKIDARER KAKMTDFDRF KVMKAKKMRN RIIKTEVKKL QRAAILKASP

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L15

分子名称: 60S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 24.076088 KDa
配列文字列: GAYKYIQELW RKKQSDVMRF LLRVRCWQYR QLSALHRAPR PTRPDKARRL GYKAKQGYVI YRIRVRRGGR KRPVPKGATY GKPVHHGVN QLKFARSLQS VAEERAGRHC GALRVLNSYW VGEDSTYKFF EVILIDPFHK AIRRNPDTQW ITKPVHKHRE M RGLTSAGR ...文字列:
GAYKYIQELW RKKQSDVMRF LLRVRCWQYR QLSALHRAPR PTRPDKARRL GYKAKQGYVI YRIRVRRGGR KRPVPKGATY GKPVHHGVN QLKFARSLQS VAEERAGRHC GALRVLNSYW VGEDSTYKFF EVILIDPFHK AIRRNPDTQW ITKPVHKHRE M RGLTSAGR KSRGLGKGHK FHHTIGGSRR AAWRRRNTLQ LHRYR

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L13a

分子名称: 60S ribosomal protein L13a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 22.748414 KDa
配列文字列: QVLVLDGRGH LLGRLAAIVA KQVLLGRKVV VVRCEGINIS GNFYRNKLKY LAFLRKRMNT NPSRGPYHFR APSRIFWRTV RGMLPHKTK RGQAALERLK VLDGIPPPYD KKKRMVVPAA LKVVRLKPTR KFAYLGRLAH EVGWKYQAVT ATLEEKRKEK A KMHYRKKK ...文字列:
QVLVLDGRGH LLGRLAAIVA KQVLLGRKVV VVRCEGINIS GNFYRNKLKY LAFLRKRMNT NPSRGPYHFR APSRIFWRTV RGMLPHKTK RGQAALERLK VLDGIPPPYD KKKRMVVPAA LKVVRLKPTR KFAYLGRLAH EVGWKYQAVT ATLEEKRKEK A KMHYRKKK QILRLRKQAE KNVEKKICKF TEVLKTN

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L17

分子名称: 60S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 17.758678 KDa
配列文字列:
VRYSLDPENP TKSCKSRGSN LRVHFKNTRE TAQAIKGMHI RKATKYLKDV TLKKQCVPFR RYNGGVGRCA QAKQWGWTQG RWPKKSAEF LLHMLKNAES NAELKGLDVD SLVIEHIQVN KAPKMRRRTY RAHGRINPYM SSPCHIEMIL TEKE

+
分子 #16: 60S ribosomal protein L18

分子名称: 60S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 21.411363 KDa
配列文字列:
DIRHNKDRKV RRKEPKSQDI YLRLLVKLYR FLARRTNSTF NQVVLKRLFM SRTNRPPLSL SRMIRKMKLP GRENKTAVVV GTVTDDVRI LEVPKLKVCA LRVSSRARSR ILKAGGKILT FDQLALESPK GRGTVLLSGP RKGREVYRHF GKAPGTPHSH T KPYVRSKG RKFERARGRR ASRGYKN

+
分子 #17: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 20.631312 KDa
配列文字列:
MKASGTLREY KVVGRCLPTP KCHTPPLYRM RIFAPNHVVA KSRFWYFVSQ LKKMKKSSGE IVYCGQVFEK SPLRVKNFGI WLRYDSRSG THNMYREYRD LTTAGAVTQC YRDMGARHRA RAHSIQIMKV EEIAAGKCRR PAVKQFHDSK IKFPLPHRVL R RQHKPRFT TKRPNTF

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L21

分子名称: 60S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 18.274523 KDa
配列文字列:
TNTKGKRRGT RYMFSRPFRK HGVVPLATYM RIYKKGDIVD IKGMGTVQKG MPHKCYHGKT GRVYNVTQHA VGIIVNKQVK GKILAKRIN VRIEHIKHSK SRDSFLKRVK ENDQKKKEAK EKGTWVQLKR HAAPPREAHF VRTNGKEPEL LEPIPYEF

+
分子 #19: 60S ribosomal protein L22

分子名称: 60S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 11.738557 KDa
配列文字列:
KQVLKFTLDC THPVEDGIMD AANFEQFLQE RIKVNGKAGN LGGGVVTIER SKSKITVTSE VPFSKRYLKY LTKKYLKKNN LRDWLRVVA NSKESYELRY FQ

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L23

分子名称: 60S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 13.828295 KDa
配列文字列:
AKFRISLGLP VGAVINCADN TGAKNLYIIS VKGIKGRLNR LPAAGVGDMV MATVKKGKPE LRKKVHPAVV IRQRKSYRRK DGVFLYFED NAGVIVNNKG EMKGSAITGP VAKECADLWP RIASNAGSIA

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L24

分子名称: 60S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 7.381578 KDa
配列文字列:
KVELCSFSGY KIYPGHGRRY ARTDGKVFQF LNAKCESAFL SKRNPRQINW TVLYRRKHKK GQ

+
分子 #22: 60S ribosomal protein L23a

分子名称: 60S ribosomal protein L23a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 13.727181 KDa
配列文字列:
KIRTSPTFRR PKTLRLRRQP KYPRKSAPRR NKLDHYAIIK FPLTTESAMK KIEDNNTLVF IVDVKANKHQ IKQAVKKLYD IDVAKVNTL IRPDGEKKAY VRLAPDYDAL DVANKIGII

+
分子 #23: Ribosomal protein L26

分子名称: Ribosomal protein L26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 15.161899 KDa
配列文字列:
MKFNPFVTSD RSKNRKRHFN APSHIRRKIM SSPLSKELRQ KYNVRSMPIR KDDEVQVVRG HYKGQQIGKV VQVYRKKYVI YIERVQREK ANGTTVHVGI HPSKVVITRL KLDKDRKKIL ERKAKSRQ

+
分子 #24: 60S ribosomal protein L27

分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 15.647584 KDa
配列文字列:
KFMKPGKVVL VLAGRYSGRK AVIVKNIDDG TSDRPYSHAL VAGIDRYPRK VTAAMGKKKI AKRSKIKSFV KVYNYNHLMP TRYSVDIPL DKTVVNKDVF RDPALKRKAR REAKVKFEER YKTGKNKWFF QKLRF

+
分子 #25: 60S ribosomal protein L27a

分子名称: 60S ribosomal protein L27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 16.517418 KDa
配列文字列:
PSRLRKTRKL RGHVSHGHGR IGKHRKHPGG RGNAGGMHHH RINFDKYHPG YFGKVGMRHY HLKRNQSFCP TVNLDKLWTL VSEQTRVNA AKNKTGVAPI IDVVRSGYYK VLGKGKLPKQ PVIVKAKFFS RRAEEKIKGV GGACVLVA

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 7.964323 KDa
配列文字列:
AKSKNHTTHN QSRKWHRNGI KKPRSQRYES LKGVDPKFLR NMRFAKKHNK KGLKKMQANN AKAVSARA

+
分子 #27: 60S ribosomal protein L30

分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 10.811743 KDa
配列文字列:
SINSRLQLVM KSGKYVLGYK QTLKMIRQGK AKLVILANNC PALRKSEIEY YAMLAKTGVH HYSGNNIELG TACGKYYRVC TLAIIDPGD SDIIRSMP

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L31

分子名称: 60S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 12.506581 KDa
配列文字列:
NEVVTREYTI NIHKRIHGVG FKKRAPRALK EIRKFAMKEM GTPDVRIDTR LNKAVWAKGI RNVPYRIRVR LSRKRNEDED SPNKLYTLV TYVPVTTFKN LQTVNVD

+
分子 #29: 60S ribosomal protein L32

分子名称: 60S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 15.179215 KDa
配列文字列:
AALRPLVKPK IVKKRTKKFI RHQSDRYVKI KRNWRKPRGI DNRVRRRFKG QILMPNIGYG SNKKTKHMLP SGFRKFLVHN VKELEVLLM CNKSYCAEIA HNVSSKNRKA IVERAAQLAI RVTNPNARLR

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L35a

分子名称: 60S ribosomal protein L35a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 12.449612 KDa
配列文字列:
SGRLWCKAIF AGYKRGLRNQ REHTALLKIE GVYARDETEF YLGKRCAYVY KAKNNTVTPG GKPNKTRVIW GKVTRAHGNS GMVRAKFRS NLPAKAIGHR IRVMLYPSRI

+
分子 #31: 60S ribosomal protein L34

分子名称: 60S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 12.993569 KDa
配列文字列:
VQRLTYRRRL SYNTASNKTR LSRTPGNRIV YLYTKKVGKA PKSACGVCPG RLRGVRAVRP KVLMRLSKTQ KHVSRAYGGS MCAKCVRDR IKRAFLIEEQ KIVVKVLKAQ AQSQK

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L35

分子名称: 60S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 14.464507 KDa
配列文字列:
AKIKARDLRG KKKEELLKQL DDLKVELSQL RVAKVTGGAA SKLSKIRVVR KSIARVLTVI NQTQKENLRK FYKGKKYKPL DLRPKKTRA MRRRLTKHEE KLKTKKQQRK ERLYPLRKYA VKA

+
分子 #33: 60S ribosomal protein L36

分子名称: 60S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 11.489695 KDa
配列文字列:
RYPMAVGLNK GHKVTKNVSK PRHSRRRSRL TNHTKFVRDM IREVCGFAPY ERRAMELLKV SKSKRALKFI KKRVGTHIRA KRKREELSN VLAAMEEAA

+
分子 #34: 60S ribosomal protein L37

分子名称: 60S ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 9.864596 KDa
配列文字列:
TKGTSSFGKR RNKTHTLCRR CGSKAYHLQK STCGKCGYPA KRKRKYNWSA KAKRRNTTGT GRMRHLKIVY RRFRHGFREG TTPK

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L38

分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 8.093726 KDa
配列文字列:
PRKIEEIKDF LLTARRKDAK SVKIKKNKDN VKFKVRCSRY LYTLVITDKE KAEKLKQSLP PGLAVKDLK

+
分子 #36: Ribosomal protein L39

分子名称: Ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 6.295562 KDa
配列文字列:
SSHKTFRIKR FLAKKQKQNR PIPQWIRMKT GNKIRYNSKR RHWRRTKLGL

+
分子 #37: 60S ribosomal protein L40

分子名称: 60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 5.957237 KDa
配列文字列:
IEPSLRQLAQ KYNCDKMICR KCYARLHPRA VNCRKKKCGH TNNLRPKKKV

+
分子 #38: 60S ribosomal protein L41

分子名称: 60S ribosomal protein L41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 3.473451 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

+
分子 #39: Ribosomal protein L36A

分子名称: Ribosomal protein L36A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 12.345776 KDa
配列文字列:
VNVPKTRRTF CKKCGKHQPH KVTQYKKGKD SLYAQGKRRY DRKQSGYGGQ TKPIFRKKAK TTKKIVLRLE CVEPNCRSKR MLAIKRCKH FELGGDKKRK GQVIQF

+
分子 #40: Ribosomal protein L37a

分子名称: Ribosomal protein L37a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 10.168153 KDa
配列文字列:
AKRTKKVGIV GKYGTRYGAS LRKMVKKIEI SQHAKYTCSF CGKTKMKRRA VGIWHCGSCM KTVAGGAWTY NTTSAVTVKS AIRRLKELK DQ

+
分子 #41: 60S ribosomal protein L19

分子名称: 60S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 22.097578 KDa
配列文字列:
SMLRLQKRLA SSVLRCGKKK VWLDPNETNE IANANSRQQI RKLIKDGLII RKPVTVHSRA RCRKNTLARR KGRHMGIGKR KGTANARMP EKVTWMRRMR ILRRLLRRYR ESKKIDRHMY HSLYLKVKGN VFKNKRILME HIHKLKADKA RKKLLADQAE A RRSKTKEA RKRREERLQA KKEEII

+
分子 #42: 60S ribosomal protein L28

分子名称: 60S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 14.009404 KDa
配列文字列:
SAHLQWMVVR NCSSFLIKRN KQTYSTEPNN LKARNSFRYN GLIHRKTVGV EPAADGKGVV VVMKRRSGQR KPATSYVRTT INKNARATL SSIRHMIRKN KYRPDLRMAA IRRASAILRS QKP

+
分子 #46: Proliferation-associated protein 2G4

分子名称: Proliferation-associated protein 2G4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 39.388098 KDa
配列文字列: QEQTIAEDLV VTKYKMGGDI ANRVLRSLVE ASSSGVSVLS LCEKGDAMIM EETGKIFKKE KEMKKGIAFP TSISVNNCVC HFSPLKSDQ DYILKEGDLV KIDLGVHVDG FIANVAHTFV IGVAQGTQVT GRKADVIKAA HLCAEAALRL VKPGNQNTQV T EAWNKVAH ...文字列:
QEQTIAEDLV VTKYKMGGDI ANRVLRSLVE ASSSGVSVLS LCEKGDAMIM EETGKIFKKE KEMKKGIAFP TSISVNNCVC HFSPLKSDQ DYILKEGDLV KIDLGVHVDG FIANVAHTFV IGVAQGTQVT GRKADVIKAA HLCAEAALRL VKPGNQNTQV T EAWNKVAH SFNCTPIEGM LSHQLKQHVI DGEKTIIQNP TDQQKKDHEK AEFEVHEVYA VDVLVSSGEG KAKDAGQRTT IY KRDPSKQ YGLKMKTSRA FFSEVERRFD AMPFTLRAFE DEKKARMGVV ECAKHELLQP FNVLYEKEGE FVAQFKFTVL LMP NGPMRI TSGPFEPDLY KSEMEVQDAE LKALLQS

+
分子 #43: 28S ribosomal RNA

分子名称: 28S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 43
詳細: We used the Oryctolagus cuniculus sequence to model the Mus musculus 28S ribosomal RNA
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ)
分子量理論値: 1.170200875 MDa
配列文字列: CGCGACCUCA GAUCAGACGU GGCGACCCGC UGAAUUUAAG CAUAUUAGUC AGCGGAGGAA AAGAAACUAA CCAGGAUUCC CUCAGUAAC GGCGAGUGAA CAGGGAAGAG CCCAGCGCCG AAUCCCCGCC GCGCGGGGCG UGGGAAAUGU GGCGUACGGA A GACCCACU ...文字列:
CGCGACCUCA GAUCAGACGU GGCGACCCGC UGAAUUUAAG CAUAUUAGUC AGCGGAGGAA AAGAAACUAA CCAGGAUUCC CUCAGUAAC GGCGAGUGAA CAGGGAAGAG CCCAGCGCCG AAUCCCCGCC GCGCGGGGCG UGGGAAAUGU GGCGUACGGA A GACCCACU CCCCGGCGCC GCUCGUGGGG GGCCCAAGUC CUUCUGAUCG AGGCCCAGCC CGUGGACGGU GUGAGGCCGG UA GCGGCCC CGGCGCCGGG CUCGGGUCUU CCCGGAGUCG GGUUGCUUGG GAAUGCAGCC CAAAGCGGGU GGUAAACUCC AUC UAAGGC UAAAUACCGG CACGAGACCG AUAGUCAACA AGUACCGUAA GGGAAAGUUG AAAAGAACUU UGAAGAGAGA GUUC AAGAG GGCGUGAAAC CGUUAAGAGG UAAACGGGUG GGGUCCGCGC AGUCCGCCCG GAGGAUUCAA CCCGGCGGCG GGUCC GGCC GUGUCGGCGG CCCGGCGGAU CUUUCCCGCC CCCGGGGUCG GCGGGGGACC GUCCCCCGGA CCGGCGACCG GCCGCC GCC GGGCGCAUUU CCAGGCGGUG CGCCGCGACC GGCUCCGGGA CGGCUGGGAA GGCCCGGCGG GGAAGGUGGC UCGGGGC CC CCGAGUGUUA CAGCCCCCCC GGCAGCAGCA CUCGCCGAAU CCCGGGGCCG AGGGAGCGAG ACCCGUCGCC GCGCUCUC C CCCCUGGGGG GGCCGGGCCA CCCCUCCCAC GGCGCGACCG CUCUCCCAGG GGGCGGGGCG GACUGUCCCC AGUGCGCCC CGGGCGGGUC GCGCCGUCGG GCCCGGGGGG CCACGCGCGC GUCCCGGGAC GGCGGAGCGA GCGCACGGGG UCGGCGGCGA CGUCGGCUA CCCACCCGAC CCGUCUUGAA ACACGGACCA AGGAGUCUAA CACGUGCGCG AGUCGGGGGC UCGCACGAAA G CCGCCGUG GCGCAAUGAA GGUGAAGGCC GGCGCGCUCG CCGGCCGAGG UGGGAUCCCG AGGCCUCUCC AGUCCGCCGA GG GGCACCA CCGGCCCGUC UCGCCCGCCG CGCCGGGGAG GUGGAGCACG AGCGCACGUG UUAGGACCCG AAAGAUGGUG AAC UAUGCC UGGGCAGGGC GAAGCCAGAG GAAACUCUGG UGGAGGUCCG UAGCGGUCCU GACGUGCAAA UCGGUCGUCC GACC UGGGU AUAGGGGCGA AAGACUAAUC GAACCAUCUA GUAGCUGGUU CCCUCCGAAG UUUCCCUCAG GAUAGCUGGC GCUCU CGCC CACGCAGUUU UAUCCGGUAA AGCGAAUGAU UAGAGGUCUU GGGGCCGAAA CGAUCUCAAC CUAUUCUCAA ACUUUA AAU GGGUAAGAAG CCCGGCUCGC UGGCGUGGAG CCGGGGUGGA AUGCGAGUGC CUAGUGGGCC ACUUUUGGUA AGCAGAA CU GGCGCUGCGG GAUGAACCGA ACGCCGGGUU AAGGCGCCCG AUGCCGACGC UCAUCAGACC CCAGAAAAGG UGUUGGUU G AUAUAGACAG CAGGACGGUG GCCAUGGAAG UCGGAAUCCG CUAAGGAGUG UGUAACAACU CACCUGCCGA AUCAACUAG CCCUGAAAAU GGAUGGCGCU GGAGCGUCGG GCCCAUACCC GGCCGUCGCC GGCCUACGCC GCGACGAGUA GGAGGGCCGC UGCGGUGAG CCUUGAAGCC UAGGGCGCGG GCCCGGGUGG AGCCGCCGCA GGUGCAGAUC UUGGUGGUAG UAGCAAAUAU U CAAACGAG AACUUUGAAG GCCGAAGUGG AGAAGGGUUC CAUGUGAACA GCAGUUGAAC AUGGGUCAGU CGGUCCUGAG AG AUGGGCG AGCGCCGUUC CGAAGGGACG GGCGAUGGCC UCCGUUGCCC UCGGCCGAUC GAAAGGGAGU CGGGUUCAGA UCC CCGAAU CCGGAGUGGC GGAGAUGGGC GCCGCGAGGC GUCCAGUGCG GUAACGCGAC CGAUCCCGGA GAAGCCGGCG GGAG CCCCG GGGAGAGUUC UCUUUUCUUU GUGAAGGGCA GGGCGCCCUG GAAUGGGUUC GCCCCGAGAG AGGGGCCCGU GCCUU GGAA AGCGUCGCAC CUUUGCUGGG GUCCGGUGAG CUCUCGCUGG CCCUUGAAAA UCCGGGGGAG AGGGUGUAAA UCUCGC GCC GGGCCGUACC CAUAUCCGCA GCAGGUCUCC AAGGUGAACA GCCUCUGGCA UGUUGGAACA AUGUAGGUAA GGGAAGU CG GCAAGCCGGA UCCGUAACUU CGGGAUAAGG AUUGGCUCUA AGGGCUGGCA GCCGACUUAG AACUGGUGCG GACCAGGG G AAUCCGACUG UUUAAUUAAA ACAAAGCAUC GCGAAGGCCC GCGGCGGGUG UUGACGCGAU GUGAUUUCUG CCCAGUGCU CUGAAUGUCA AAGUGAAGAA AUUCAAUGAA GCGCGGGUAA ACGGCGGGAG UAACUAUGAC UCUCUUAAGG UAGCCAAAUG CCUCGUCAU CUAAUUAGUG ACGCGCAUGA AUGGAUGAAC GAGAUUCCCA CUGUCCCUAC CUACUAUCCA GCGAAACCAC A GCCAAGGG AACGGGCUUG GCGGAAUCAG CGGGGAAAGA AGACCCUGUU GAGCUUGACU CUAGUCUGGC ACGGUGAAGA GA CAUGAGA GGUGUAGAAU AAGUGGGAGG CCCGGGCCGC CGGUGAAAUA CCACUACUCU GAUCGUUUUU UCACUGACCC GGU GAGGCG GGGGGGCGAG CCCGAGGGGC UCUCGCUUCU GGCGCCAAGC GCCCGCCCGG CCGGGCGCGA CCCGCUCCGG GGAC AGUGC CAGGUGGGGA GUUUGACUGG GGCGGUACAC CUGUCAAACG GUAACGCAGG UGUCCUAAGG CGAGCUCAGG GAGGA CAGA AACCUCCCGU GGAGCAGAAG GGCAAAAGCU CGCUUGAUCU UGAUUUUCAG UACGAAUACA GACCGUGAAA GCGGGG CCU CACGAUCCUU CUGACCUUUU GGGUUUUAAG CAGGAGGUGU CAGAAAAGUU ACCACAGGGA UAACUGGCUU GUGGCGG CC AAGCGUUCAU AGCGACGUCG CUUUUUGAUC CUUCGAUGUC GGCUCUUCCU AUCAUUGUGA AGCAGAAUUC GCCAAGCG U UGGAUUGUUC ACCCACUAAU AGGGAACGUG AGCUGGGUUU AGACCGUCGU GAGACAGGUU AGUUUUACCC UACUGAUGA UGUGUUGUUG CCAUGGUAAU CCUGCUCAGU ACGAGAGGAA CCGCAGGUUC AGACAUUUGG UGUAUGUGCU UGGCUGAGGA GCCAAUGGG GCGAAGCUAC CAUCUGUGGG AUUAUGACUG AACGCCUCUA AGUCAGAAUC CCGCCCAGGC GGAACGAUAC G GCAGCGCC GCGGAGCCUC GGUUGGCCUC GGAUAGCCGG UCCGGGGUCC GGUGCGGAGU GCCCUUCGUC CUGGGAAACG GG GCGCGGC CGGAAAGGCG GCCGCCCCCU CGCCCGUCAC GCACCGCACG UUCGUGGGGA ACCUGGCGCU AAACCAUUCG UAG ACGACC UGCUUCUGGG UCGGGGUUUC GUACGUAGCA GAGCAGCUCC CUCGCUGCGA UCUAUUGAAA GUCAGCCCUC GACA CAAGG GUUUGUC

+
分子 #44: 5.8S ribosomal RNA

分子名称: 5.8S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 44
詳細: We used the Oryctolagus cuniculus sequence to model the Mus musculus 5.8S ribosomal RNA
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 50.449812 KDa
配列文字列:
CGACUCUUAG CGGUGGAUCA CUCGGCUCGU GCGUCGAUGA AGAACGCAGC UAGCUGCGAG AAUUAAUGUG AAUUGCAGGA CACAUUGAU CAUCGACACU UCGAACGCAC UUGCGGCCCC GGGUUCCUCC CGGGGCUACG CCUGUCUGAG CGUCGCUU

+
分子 #45: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 45
詳細: We used the Oryctolagus cuniculus sequence to model the Mus musculus 5S ribosomal RNA
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 38.38575 KDa
配列文字列:
GUCUACGGCC AUACCACCCU GAACGCGCCC GAUCUCGUCU GAUCUCGGAA GCUAAGCAGG GUCGGGCCUG GUUAGUACUU GGAUGGGAG ACCGCCUGGG AAUACCGGGU GCUGUAGGCU

+
分子 #47: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 247 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #48: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
100.0 mMpotassium chlorideKCl
10.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
20.0 mMDithiothreitol
0.04 mMSpermine
0.5 mMSpermidine
0.1 mg/mlcycloheximide
グリッドモデル: Quantifoil R3/3 / 材質: COPPER / メッシュ: 100 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 5379 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 31.78 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 208206
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 208206
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: SPARX
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPARX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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