[日本語] English
万見
- EMDB-10277: Cryo-EM structure of human SERINC5 in LMNG micelles, bound to Fab. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10277
タイトルCryo-EM structure of human SERINC5 in LMNG micelles, bound to Fab.
マップデータsharpened EM map
試料
  • 複合体: complex of SERINC5 with FAB bound to ECL4 in LMNG micelles
    • タンパク質・ペプチド: SERINC5
    • タンパク質・ペプチド: FAB (antigen binding fragment from a monoclonal antibody)
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Rosa A / Pye VE / Nans A / Cherepanov P
資金援助 米国, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesP50 AI150481 米国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: A bipartite structural organization defines the SERINC family of HIV-1 restriction factors.
著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / ...著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / Yasuhiro Takeuchi / Phillip J Stansfeld / J Mark Skehel / Carol V Robinson / Massimo Pizzato / Peter Cherepanov /
要旨: The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of ...The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of human SERINC5 and its orthologue from Drosophila melanogaster at subnanometer and near-atomic resolution, respectively. The structures reveal a novel fold comprised of ten transmembrane helices organized into two subdomains and bisected by a long diagonal helix. A lipid binding groove and clusters of conserved residues highlight potential functional sites. A structure-based mutagenesis scan identified surface-exposed regions and the interface between the subdomains of SERINC5 as critical for HIV-1-restriction activity. The same regions are also important for viral sensitization to neutralizing antibodies, directly linking the antiviral activity of SERINC5 with remodeling of the HIV-1 envelope glycoprotein.
履歴
登録2019年8月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2020年1月1日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10277.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10277.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.06572661 - 0.1380292
平均 (標準偏差)-0.00004616876 (±0.005605059)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 305.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.200305.200305.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.0660.138-0.000

-
添付データ

-
追加マップ: unsharpened EM map

ファイルemd_10277_additional.map
注釈unsharpened EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened EM map

ファイルemd_10277_additional_1.map
注釈unsharpened EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EM half map 2

ファイルemd_10277_half_map_1.map
注釈EM half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EM half map 1

ファイルemd_10277_half_map_2.map
注釈EM half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : complex of SERINC5 with FAB bound to ECL4 in LMNG micelles

全体名称: complex of SERINC5 with FAB bound to ECL4 in LMNG micelles
要素
  • 複合体: complex of SERINC5 with FAB bound to ECL4 in LMNG micelles
    • タンパク質・ペプチド: SERINC5
    • タンパク質・ペプチド: FAB (antigen binding fragment from a monoclonal antibody)

-
超分子 #1: complex of SERINC5 with FAB bound to ECL4 in LMNG micelles

超分子名称: complex of SERINC5 with FAB bound to ECL4 in LMNG micelles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

-
分子 #1: SERINC5

分子名称: SERINC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Full-length, wild type human SERINC5 with C-terminal TwinStrep tag.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: msaqccagql acccgsagcs lccdccprir qslstrfmya lyfilvvvlc cimmsttvah kmkehipffe dmckgikagd tceklvgysa vyrvcfgmac fffifclltl kinnskscra hihngfwffk llllgamcsg affipdqdtf lnawryvgav ggflfigiql ...文字列:
msaqccagql acccgsagcs lccdccprir qslstrfmya lyfilvvvlc cimmsttvah kmkehipffe dmckgikagd tceklvgysa vyrvcfgmac fffifclltl kinnskscra hihngfwffk llllgamcsg affipdqdtf lnawryvgav ggflfigiql lllvefahkw nknwtagtas nklwyaslal vtlimysiat gglvlmavfy tqkdscmenk illgvngglc llislvaisp wvqnrqphsg llqsgviscy vtyltfsals skpaevvlde hgknvticvp dfgqdlyrde nlvtilgtsl ligcilyscl tsttrsssda lqgryaapel eiarccfcfs pggedteeqq pgkegprviy dekkgtvyiy syfhfvffla slyvmmtvtn wfnyesanie sffsgswsif wvkmascwic vllylctlva plccptrefs vgssglevlf qgpgsggsaw shpqfekggg sgggsggsaw shpqfek

-
分子 #2: FAB (antigen binding fragment from a monoclonal antibody)

分子名称: FAB (antigen binding fragment from a monoclonal antibody)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
amino acid sequence unknown

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.04 MNaClsodium chloride
0.01 MHepes4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 詳細: No pre-treatment
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The complex was assembled using recombinant SERINC5 in LMNG/PS and FAB and was purified by size exclusion chromatograhy immediately prior to vitrification on holey carbon EM grids.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7165 / 平均電子線量: 33.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2502546
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 270151
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 11 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る