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- EMDB-10266: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10266
タイトルHomo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
    • 複合体: ATPase ASNA1
      • タンパク質・ペプチド: ATPase ASNA1
    • 複合体: Tail-anchored protein insertion receptor WRB and calcium signal-modulating cyclophilin ligand
      • タンパク質・ペプチド: Tail-anchored protein insertion receptor WRB
      • タンパク質・ペプチド: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand
  • リガンド: ZINC ION
キーワードER / insertase / complex / tail-anchor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis ...arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-membrane adaptor activity / vesicle-mediated transport / negative regulation of protein ubiquitination / epidermal growth factor receptor signaling pathway / defense response / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / signal transduction / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG / Get2-like / Get1 family / CHD5-like protein / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / Helix hairpin bin domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guided entry of tail-anchored proteins factor 1 / ATPase GET3 / Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者McDowell MA / Heimes M
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Leibniz SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TRR83 TP22 ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1230-2013European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Tail-Anchored Membrane Protein Biogenesis by the GET Insertase Complex.
著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk ...著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk Flemming / Stefan Pfeffer / Blanche Schwappach / Carol V Robinson / Irmgard Sinning /
要旨: Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and ...Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and inserts tail-anchored (TA) proteins into the endoplasmic reticulum (ER) membrane with an insertase (yeast Get1/Get2 or mammalian WRB/CAML) that captures the TA from a cytoplasmic chaperone (Get3 or TRC40, respectively). Here, we present cryo-electron microscopy reconstructions, native mass spectrometry, and structure-based mutagenesis of human WRB/CAML/TRC40 and yeast Get1/Get2/Get3 complexes. Get3 binding to the membrane insertase supports heterotetramer formation, and phosphatidylinositol binding at the heterotetramer interface stabilizes the insertase for efficient TA insertion in vivo. We identify a Get2/CAML cytoplasmic helix that forms a "gating" interaction with Get3/TRC40 important for TA insertion. Structural homology with YidC and the ER membrane protein complex (EMC) implicates an evolutionarily conserved insertion mechanism for divergent substrates utilizing a hydrophilic groove. Thus, we provide a detailed structural and mechanistic framework to understand TA membrane insertion.
履歴
登録2019年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6so5
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6so5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10266.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.037962444 - 0.057236042
平均 (標準偏差)0.00016846736 (±0.0021505535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 233.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.810.810.81
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z233.280233.280233.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0380.0570.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10266_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_10266_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer

全体名称: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
要素
  • 複合体: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
    • 複合体: ATPase ASNA1
      • タンパク質・ペプチド: ATPase ASNA1
    • 複合体: Tail-anchored protein insertion receptor WRB and calcium signal-modulating cyclophilin ligand
      • タンパク質・ペプチド: Tail-anchored protein insertion receptor WRB
      • タンパク質・ペプチド: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer

超分子名称: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 150 KDa

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超分子 #2: ATPase ASNA1

超分子名称: ATPase ASNA1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Tail-anchored protein insertion receptor WRB and calcium signal-m...

超分子名称: Tail-anchored protein insertion receptor WRB and calcium signal-modulating cyclophilin ligand
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ATPase ASNA1

分子名称: ATPase ASNA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.14607 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMAAGVAGW GVEAEEFEDA PDVEPLEPTL SNIIEQRSLK WIFVGGKGGV GKTTCSCSLA VQLSKGRESV LIISTDPAHN ISDAFDQKF SKVPTKVKGY DNLFAMEIDP SLGVAELPDE FFEEDNMLSM GKKMMQEAMS AFPGIDEAMS YAEVMRLVKG M NFSVVVFD ...文字列:
GAMAAGVAGW GVEAEEFEDA PDVEPLEPTL SNIIEQRSLK WIFVGGKGGV GKTTCSCSLA VQLSKGRESV LIISTDPAHN ISDAFDQKF SKVPTKVKGY DNLFAMEIDP SLGVAELPDE FFEEDNMLSM GKKMMQEAMS AFPGIDEAMS YAEVMRLVKG M NFSVVVFD TAPTGHTLRL LNFPTIVERG LGRLMQIKNQ ISPFISQMCN MLGLGDMNAD QLASKLEETL PVIRSVSEQF KD PEQTTFI CVCIAEFLSL YETERLIQEL AKCKIDTHNI IVNQLVFPDP EKPCKMCEAR HKIQAKYLDQ MEDLYEDFHI VKL PLLPHE VRGADKVNTF SALLLEPYKP PSAQGSWSHP QFEK

UniProtKB: ATPase GET3

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分子 #2: Tail-anchored protein insertion receptor WRB

分子名称: Tail-anchored protein insertion receptor WRB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.821668 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MSSAAADHWA WLLVLSFVFG CNVLRILLPS FSSFMSRVLQ KDAEQESQMR AEIQDMKQEL STVNMMDEFA RYARLERKIN KMTDKLKTH VKARTAQLAK IKWVISVAFY VLQAALMISL IWKYYSVPVA VVPSKWITPL DRLVAFPTRV AGGVGITCWI L VCNKVVAI VLHPFSGSGS LEVLFQ

UniProtKB: Guided entry of tail-anchored proteins factor 1

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分子 #3: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand

分子名称: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.279671 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MDSFRIFRLV GCALLALGVR AFVCKYLSIF APFLTLQLAY MGLYKYFPKS EKKIKTTVLT AALLLSGIPA EVINRSMDTY SKMGEVFTD LCVYFFTFIF CHELLDYWGS EVPGSGSENL YFQSGSGS

UniProtKB: Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
200.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 2 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細complex stabilised in PMAL-C8 amphipol

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9470 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 45.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1698096
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 225244
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3sja


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細3SJA
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6so5:
Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer

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原子モデル構築 2

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-6so5:
Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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