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万見
- EMDB-10218: Structure of the Tle1 effector bound to the VgrG spike from the T... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10218
タイトルStructure of the Tle1 effector bound to the VgrG spike from the Type 6 secretion system
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Tle1 effector bound to the VgrG spike of the type 6 secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
キーワードHydrolase / toxin / lipase / effector / bacterial
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF2235 / T6SS, Phospholipase effector Tle1-like, catalytic domain / Type VI secretion system spike protein VgrG2, C-terminal domain of unknown function DUF2345 / Putative type VI secretion system, Rhs element associated Vgr domain / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2345) / Putative type VI secretion system Rhs element Vgr / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain ...Domain of unknown function DUF2235 / T6SS, Phospholipase effector Tle1-like, catalytic domain / Type VI secretion system spike protein VgrG2, C-terminal domain of unknown function DUF2345 / Putative type VI secretion system, Rhs element associated Vgr domain / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2345) / Putative type VI secretion system Rhs element Vgr / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion protein / Putative type VI secretion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rapisarda C / Fronzes R
資金援助 フランス, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
French National Research Agency フランス
European Communitys Seventh Framework Programme653706 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Structural basis for loading and inhibition of a bacterial T6SS phospholipase effector by the VgrG spike.
著者: Nicolas Flaugnatti / Chiara Rapisarda / Martial Rey / Solène G Beauvois / Viet Anh Nguyen / Stéphane Canaan / Eric Durand / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi Fronzes / Laure Journet /
要旨: The bacterial type VI secretion system (T6SS) is a macromolecular machine that injects effectors into prokaryotic and eukaryotic cells. The mode of action of the T6SS is similar to contractile phages: ...The bacterial type VI secretion system (T6SS) is a macromolecular machine that injects effectors into prokaryotic and eukaryotic cells. The mode of action of the T6SS is similar to contractile phages: the contraction of a sheath structure pushes a tube topped by a spike into target cells. Effectors are loaded onto the spike or confined into the tube. In enteroaggregative Escherichia coli, the Tle1 phospholipase binds the C-terminal extension of the VgrG trimeric spike. Here, we purify the VgrG-Tle1 complex and show that a VgrG trimer binds three Tle1 monomers and inhibits their activity. Using covalent cross-linking coupled to high-resolution mass spectrometry, we provide information on the sites of contact and further identify the requirement for a Tle1 N-terminal secretion sequence in complex formation. Finally, we report the 2.6-Å-resolution cryo-electron microscopy tri-dimensional structure of the (VgrG) -(Tle1) complex revealing how the effector binds its cargo, and how VgrG inhibits Tle1 phospholipase activity. The inhibition of Tle1 phospholipase activity once bound to VgrG suggests that Tle1 dissociation from VgrG is required upon delivery.
履歴
登録2019年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sjl
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6sjl
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10218.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.02 Å/pix.
x 350 pix.
= 358.4 Å		1.02 Å/pix.
x 350 pix.
= 358.4 Å		1.02 Å/pix.
x 350 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.024 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-29.324508999999999 - 49.420203999999998
平均 (標準偏差)-0.000000000000692 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 358.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0241.0241.024
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ350350350
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-29.32549.420-0.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_10218_additional.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map1

ファイルemd_10218_half_map_1.map
注釈Half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map2

ファイルemd_10218_half_map_2.map
注釈Half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tle1 effector bound to the VgrG spike of the type 6 secretion system

全体名称: Tle1 effector bound to the VgrG spike of the type 6 secretion system
要素
  • 複合体: Tle1 effector bound to the VgrG spike of the type 6 secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein
    • タンパク質・ペプチド: Putative type VI secretion protein

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超分子 #1: Tle1 effector bound to the VgrG spike of the type 6 secretion system

超分子名称: Tle1 effector bound to the VgrG spike of the type 6 secretion system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 956 KDa

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分子 #1: Putative type VI secretion protein

分子名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 92.657219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNLTDSLQNV LSGVGTLNRY RLDIPSCPSS LDVEDFSGTE GISKIYRYDI IFTSTDRYPD AAWFLRKSAT LIMGTGLLES LTEQKKVHG VITDFRRISG SEDQAQYRIT LKPFISLLDK QFRTHRFFVN KSVPEVVEQI LTEHGLKGWE YEFSLKRTYP K REQINQYQ ...文字列:
MNLTDSLQNV LSGVGTLNRY RLDIPSCPSS LDVEDFSGTE GISKIYRYDI IFTSTDRYPD AAWFLRKSAT LIMGTGLLES LTEQKKVHG VITDFRRISG SEDQAQYRIT LKPFISLLDK QFRTHRFFVN KSVPEVVEQI LTEHGLKGWE YEFSLKRTYP K REQINQYQ ESDLRFIQRL LAEVGIFYFF TLHPDAQTEV IHFGDVQAAL IFDKTLPVNS PSGMSDSGTD SVWALNVEHR VV ESRVITN DYNHREAQNI LMSVPADMTR GEGYDTSYGE VYHYRPRHTE RGDKIDPAPE TANFWARLDH ERFLAEQTRI TGK STDASL LPAQVLTITD STPPVLPAPL QEPVLLTQLL FTGSRKSALQ VMLSAVPYSE IVCWRPPLLT RPKITGTMTA RVTS AKEGD IYAWQDASGM YRVKFDADRD DKNPGQESMP VRLAKPYSGD AYGFHFPLIQ GTEVAIAFEE GDPDRPYIAH ALHDS RHVD HVTDKNGTRN VIRTPANNKL RMEDKRGEEH IKLSTEYGGK TQLNLGHNVD ASRELRGEGA ELRTDDWISI RGGKGI FIS ADMQPQAQGK MLDMDEAIRQ LEQALSLARS MAKAATAANA TQGDISCQQR LNASLTDLTA PGMLLHAPDG IGMVSAR AL RIASGSESVG IMSGDNTDIT AGQSFTVVAE GAVSLLSRNQ GMQLLAAKGR VNIQAQSDDL SMSSQQNLDI QSSEGKVT V SANQELILAC GGAYIKLSGG NIELGCPGQI LLKSTNMQKM GPTSLDIASV EMPRGFGGGF ILTDEAGVPQ PSTPYRLTT AEGDILQGIT DENGKTAPVN TSIPSVVKVE FGKVKIHGET E

UniProtKB: Putative type VI secretion protein

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分子 #2: Putative type VI secretion protein

分子名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 62.422754 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTKYQGYDVT DATHKTSIHN DWKVVVAKKK PARGVTLTIG IFFDGTGNNR ENTASRLMKF NECSAARQGV NQKDAQSCED FLKEINKNS ISNGSYRGYY SNIHWLNILY HPDQVLKKDQ TSAQIKTYIS GIGTAAGEAD SVIGMGLGTS ILDIFEGVVT K TDEAMERI ...文字列:
MTKYQGYDVT DATHKTSIHN DWKVVVAKKK PARGVTLTIG IFFDGTGNNR ENTASRLMKF NECSAARQGV NQKDAQSCED FLKEINKNS ISNGSYRGYY SNIHWLNILY HPDQVLKKDQ TSAQIKTYIS GIGTAAGEAD SVIGMGLGTS ILDIFEGVVT K TDEAMERI TQALSEFMGF NLSPDFCIAK IQFDVFGFSR GAAAARHFAN RVMEQDPAIA RAIAKGLRGD FYDGKPSGEV RF LGLFDTV AAIGGISNFF DINGRSNPGV KLELRPSVAK KVFQITAMNE YRYNFSLNSI KGMWPELALP GAHSDIGGGY NPV GSPLQE NESLFLSCPE FEIVSDDTRE MDTRVYRKAE QVRKMLMTLP ALKHILPHGK LTTKIRSIGV NNSNQRRAGV IQKQ VGAAV FFERMAVPND WANVCLRVML DAAQEAGVLF EPIRQTNTEL QLPSELIFLA DKAIAQGKAV RLGQEPQAFT EEELY IIGK YTHCSANWNI ESDGNLWVDP TTGEIFIHRF GPKGNKAFVF PNKPNDRWIR SVWYMDDQQR LNDNAVKNTK VMMSGV

UniProtKB: Type VI secretion protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 53.94 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 468438
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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