+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10206 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the curli secretion-assembly complex CsgG:CsgF | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Secretion Channel / Curli / Outer Membrane Protein / Nanopore Sensing / Protein Transport / Bacterial amyloid | |||||||||
機能・相同性 | ![]() curli secretion complex / curli assembly / protein secretion by the type VIII secretion system / protein transmembrane transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Van der Verren SE / Remaut H | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A dual-constriction biological nanopore resolves homonucleotide sequences with high fidelity. 著者: Sander E Van der Verren / Nani Van Gerven / Wim Jonckheere / Richard Hambley / Pratik Singh / John Kilgour / Michael Jordan / E Jayne Wallace / Lakmal Jayasinghe / Han Remaut / ![]() ![]() 要旨: Single-molecule long-read DNA sequencing with biological nanopores is fast and high-throughput but suffers reduced accuracy in homonucleotide stretches. We now combine the CsgG nanopore with the 35- ...Single-molecule long-read DNA sequencing with biological nanopores is fast and high-throughput but suffers reduced accuracy in homonucleotide stretches. We now combine the CsgG nanopore with the 35-residue N-terminal region of its extracellular interaction partner CsgF to produce a dual-constriction pore with improved signal and base-calling accuracy for homopolymer regions. The electron cryo-microscopy structure of CsgG in complex with full-length CsgF shows that the 33 N-terminal residues of CsgF bind inside the β-barrel of the pore, forming a defined second constriction. In complexes of CsgG bound to a 35-residue CsgF constriction peptide, the second constriction is separated from the primary constriction by ~25 Å. We find that both constrictions contribute to electrical signal modulation during single-stranded DNA translocation. DNA sequencing using a prototype CsgG-CsgF protein pore with two constrictions improved single-read accuracy by 25 to 70% in homopolymers up to 9 nucleotides long. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 126.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : CsgG:CsgF complex in DDM
全体 | 名称: CsgG:CsgF complex in DDM |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CsgG:CsgF complex in DDM
超分子 | 名称: CsgG:CsgF complex in DDM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-分子 #1: Curli production assembly/transport component CsgF
分子 | 名称: Curli production assembly/transport component CsgF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Only first 35 residues were visible and built / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.744857 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GTMTFQFRNP NFGGNPNNGA FLLNSAQAQN SYKDPSYNDD FGIETPSALD NFTQAIQSQI LGGLLSNINT GKPGRMVTND YIVDIANRD GQLQLNVTDR KTGQTSTIQV SGLQNNSTDF HHHHHH UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgF |
-分子 #2: Curli production assembly/transport component CsgG
分子 | 名称: Curli production assembly/transport component CsgG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 30.110193 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: CLTAPPKEAA RPTLMPRAQS YKDLTHLPAP TGKIFVSVYN IQDETGQFKP YPASNFSTAV PQSATAMLVT ALKDSRWFIP LERQGLQNL LNERKIIRAA QENGTVAINN RIPLQSLTAA NIMVEGSIIG YESNVKSGGV GARYFGIGAD TQYQLDQIAV N LRVVNVST ...文字列: CLTAPPKEAA RPTLMPRAQS YKDLTHLPAP TGKIFVSVYN IQDETGQFKP YPASNFSTAV PQSATAMLVT ALKDSRWFIP LERQGLQNL LNERKIIRAA QENGTVAINN RIPLQSLTAA NIMVEGSIIG YESNVKSGGV GARYFGIGAD TQYQLDQIAV N LRVVNVST GEILSSVNTS KTILSYEVQA GVFRFIDYQR LLEGEVGYTS NEPVMLCLMS AIETGVIFLI NDGIDRGLWD LQ NKAERQN DILVKYRHMS VPPESSAWSH PQFEK UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
| ||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2045 / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |