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万見
- EMDB-10206: Structure of the curli secretion-assembly complex CsgG:CsgF -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10206
タイトルStructure of the curli secretion-assembly complex CsgG:CsgF
マップデータ
試料
  • 複合体: CsgG:CsgF complex in DDM
    • タンパク質・ペプチド: Curli production assembly/transport component CsgF
    • タンパク質・ペプチド: Curli production assembly/transport component CsgG
キーワードSecretion Channel / Curli / Outer Membrane Protein / Nanopore Sensing / Protein Transport / Bacterial amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


curli secretion complex / curli assembly / protein secretion by the type VIII secretion system / protein transmembrane transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VIII secretion system, CsgF / Type VIII secretion system (T8SS), CsgF protein / Curli production assembly/transport component CsgG / Curli production assembly/transport component CsgG / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Curli production assembly/transport component CsgF / Curli production assembly/transport component CsgG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Van der Verren SE / Remaut H
資金援助 ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council649082 ベルギー
Research Foundation - Flanders ベルギー
引用ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2020
タイトル: A dual-constriction biological nanopore resolves homonucleotide sequences with high fidelity.
著者: Sander E Van der Verren / Nani Van Gerven / Wim Jonckheere / Richard Hambley / Pratik Singh / John Kilgour / Michael Jordan / E Jayne Wallace / Lakmal Jayasinghe / Han Remaut /
要旨: Single-molecule long-read DNA sequencing with biological nanopores is fast and high-throughput but suffers reduced accuracy in homonucleotide stretches. We now combine the CsgG nanopore with the 35- ...Single-molecule long-read DNA sequencing with biological nanopores is fast and high-throughput but suffers reduced accuracy in homonucleotide stretches. We now combine the CsgG nanopore with the 35-residue N-terminal region of its extracellular interaction partner CsgF to produce a dual-constriction pore with improved signal and base-calling accuracy for homopolymer regions. The electron cryo-microscopy structure of CsgG in complex with full-length CsgF shows that the 33 N-terminal residues of CsgF bind inside the β-barrel of the pore, forming a defined second constriction. In complexes of CsgG bound to a 35-residue CsgF constriction peptide, the second constriction is separated from the primary constriction by ~25 Å. We find that both constrictions contribute to electrical signal modulation during single-stranded DNA translocation. DNA sequencing using a prototype CsgG-CsgF protein pore with two constrictions improved single-read accuracy by 25 to 70% in homopolymers up to 9 nucleotides long.
履歴
登録2019年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月24日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6si7
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10206.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10206.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 280 pix.
= 280. Å		1 Å/pix.
x 280 pix.
= 280. Å		1 Å/pix.
x 280 pix.
= 280. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.16426435 - 0.3008369
平均 (標準偏差)0.0007784759 (±0.008131751)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 280.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.000280.000280.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1640.3010.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CsgG:CsgF complex in DDM

全体名称: CsgG:CsgF complex in DDM
要素
  • 複合体: CsgG:CsgF complex in DDM
    • タンパク質・ペプチド: Curli production assembly/transport component CsgF
    • タンパク質・ペプチド: Curli production assembly/transport component CsgG

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超分子 #1: CsgG:CsgF complex in DDM

超分子名称: CsgG:CsgF complex in DDM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Curli production assembly/transport component CsgF

分子名称: Curli production assembly/transport component CsgF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Only first 35 residues were visible and built / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.744857 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GTMTFQFRNP NFGGNPNNGA FLLNSAQAQN SYKDPSYNDD FGIETPSALD NFTQAIQSQI LGGLLSNINT GKPGRMVTND YIVDIANRD GQLQLNVTDR KTGQTSTIQV SGLQNNSTDF HHHHHH

UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgF

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分子 #2: Curli production assembly/transport component CsgG

分子名称: Curli production assembly/transport component CsgG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 30.110193 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: CLTAPPKEAA RPTLMPRAQS YKDLTHLPAP TGKIFVSVYN IQDETGQFKP YPASNFSTAV PQSATAMLVT ALKDSRWFIP LERQGLQNL LNERKIIRAA QENGTVAINN RIPLQSLTAA NIMVEGSIIG YESNVKSGGV GARYFGIGAD TQYQLDQIAV N LRVVNVST ...文字列:
CLTAPPKEAA RPTLMPRAQS YKDLTHLPAP TGKIFVSVYN IQDETGQFKP YPASNFSTAV PQSATAMLVT ALKDSRWFIP LERQGLQNL LNERKIIRAA QENGTVAINN RIPLQSLTAA NIMVEGSIIG YESNVKSGGV GARYFGIGAD TQYQLDQIAV N LRVVNVST GEILSSVNTS KTILSYEVQA GVFRFIDYQR LLEGEVGYTS NEPVMLCLMS AIETGVIFLI NDGIDRGLWD LQ NKAERQN DILVKYRHMS VPPESSAWSH PQFEK

UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度式
50.0 mMTris
200.0 mMNaCl
0.03 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 2045 / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model was computed using e2initialmodel.py from the EMAN2 software
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C9 (9回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 62000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4uv3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6si7:
Structure of the curli secretion-assembly complex CsgG:CsgF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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