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- EMDB-10017: Inward-open structure of the ASCT2 (SLC1A5) in absence of substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10017
タイトルInward-open structure of the ASCT2 (SLC1A5) in absence of substrate
マップデータNone
試料
  • 複合体: ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)
    • タンパク質・ペプチド: ASCT2
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane ...glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / L-aspartate import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / antiporter activity / amino acid transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein homotrimerization / RHOH GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / erythrocyte differentiation / basal plasma membrane / melanosome / virus receptor activity / signaling receptor activity / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutral amino acid transporter B(0)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.98 Å
データ登録者Garaeva AA / Guskov A / Slotboom DJ / Paulino C
資金援助 オランダ, 5件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research723.014.002 オランダ
European Research Council282083 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research865.11.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research740.018.016 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research722.017.001 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A one-gate elevator mechanism for the human neutral amino acid transporter ASCT2.
著者: Alisa A Garaeva / Albert Guskov / Dirk J Slotboom / Cristina Paulino /
要旨: The human Alanine Serine Cysteine Transporter 2 (ASCT2) is a neutral amino acid exchanger that belongs to the solute carrier family 1 (SLC1A). SLC1A structures have revealed an elevator-type ...The human Alanine Serine Cysteine Transporter 2 (ASCT2) is a neutral amino acid exchanger that belongs to the solute carrier family 1 (SLC1A). SLC1A structures have revealed an elevator-type mechanism, in which the substrate is translocated across the cell membrane by a large displacement of the transport domain, whereas a small movement of hairpin 2 (HP2) gates the extracellular access to the substrate-binding site. However, it has remained unclear how substrate binding and release is gated on the cytoplasmic side. Here, we present an inward-open structure of the human ASCT2, revealing a hitherto elusive SLC1A conformation. Strikingly, the same structural element (HP2) serves as a gate in the inward-facing as in the outward-facing state. The structures reveal that SLC1A transporters work as one-gate elevators. Unassigned densities near the gate and surrounding the scaffold domain, may represent potential allosteric binding sites, which could guide the design of lipidic-inhibitors for anticancer therapy.
履歴
登録2019年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0403
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0403
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.012 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0403 / ムービー #1: 0.0403
最小 - 最大-0.07360207 - 0.14080314
平均 (標準偏差)0.0009318083 (±0.0060447273)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 202.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0121.0121.012
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z202.400202.400202.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0740.1410.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10017_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 used during refinement and for...

ファイルemd_10017_half_map_1.map
注釈half map 2 used during refinement and for FSC gold-standard resolution calculation of apo ASCT2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1 used during refinement and for...

ファイルemd_10017_half_map_2.map
注釈half map 1 used during refinement and for FSC gold-standard resolution calculation of apo ASCT2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)

全体名称: ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)
要素
  • 複合体: ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)
    • タンパク質・ペプチド: ASCT2

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超分子 #1: ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)

超分子名称: ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: in absence of substrate
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 172 KDa

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分子 #1: ASCT2

分子名称: ASCT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVADPPRDSK GLAAAEPTAN GGLALASIED QGAAAGGYCG SRDQVRRCLR ANLLVLLTVV AVVAGVALG LGVSGAGGAL ALGPERLSAF VFPGELLLRL LRMIILPLVV CSLIGGAASL D PGALGRLG AWALLFFLVT TLLASALGVG LALALQPGAA SAAINASVGA ...文字列:
MVADPPRDSK GLAAAEPTAN GGLALASIED QGAAAGGYCG SRDQVRRCLR ANLLVLLTVV AVVAGVALG LGVSGAGGAL ALGPERLSAF VFPGELLLRL LRMIILPLVV CSLIGGAASL D PGALGRLG AWALLFFLVT TLLASALGVG LALALQPGAA SAAINASVGA AGSAENAPSK EV LDSFLDL ARNIFPSNLV SAAFRSYSTT YEERNITGTR VKVPVGQEVE GMNILGLVVF AIV FGVALR KLGPEGELLI RFFNSFNEAT MVLVSWIMWY APVGIMFLVA GKIVEMEDVG LLFA RLGKY ILCCLLGHAI HGLLVLPLIY FLFTRKNPYR FLWGIVTPLA TAFGTSSSSA TLPLM MKCV EENNGVAKHI SRFILPIGAT VNMDGAALFQ CVAAVFIAQL SQQSLDFVKI ITILVT ATA SSVGAAGIPA GGVLTLAIIL EAVNLPVDHI SLILAVDWLV DRSCTVLNVE GDALGAG LL QNYVDRTESR STEPELIQVK SELPLDPLPV PTEEGNPLLK HYRGPAGDAT VASEKESV M HHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM Tris pH 7.4, 300 mM NaCl, 0.05% DDM, 0.005% CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 4305 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 倍率（補正後）: 49407 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 49407
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 452900
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.8)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4386

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2) / 使用した粒子像数: 19651
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6gct

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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