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- EMDB-0959: Cryo-EM structure of RuBisCO-Raf1 from Anabaena sp. PCC 7120 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0959
タイトルCryo-EM structure of RuBisCO-Raf1 from Anabaena sp. PCC 7120
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of RuBisCO with the chaperone Raf1
    • タンパク質・ペプチド: All5250 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
キーワードRuBisCO / Chaperone / Raf1 / CHAPERONE-LYASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / photorespiration / carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / reductive pentose-phosphate cycle / photosynthesis / monooxygenase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubisco accumulation factor 1, cyanobacterial / Rubisco accumulation factor 1 / Rubisco accumulation factor 1, helix turn helix domain / Rubisco accumulation factor 1, C-terminal / Rubisco accumulation factor 1, alpha helical domain / Rubisco Assembly chaperone C-terminal domain / Rubisco accumulation factor 1 alpha helical domain / Rubisco accumulation factor 1 helix turn helix domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain ...Rubisco accumulation factor 1, cyanobacterial / Rubisco accumulation factor 1 / Rubisco accumulation factor 1, helix turn helix domain / Rubisco accumulation factor 1, C-terminal / Rubisco accumulation factor 1, alpha helical domain / Rubisco Assembly chaperone C-terminal domain / Rubisco accumulation factor 1 alpha helical domain / Rubisco accumulation factor 1 helix turn helix domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit / RuBisCO accumulation factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Xia LY / Jiang YL
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDA24020302 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903100 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0400900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31621002 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the assembly of RuBisCO assisted by the chaperone Raf1.
著者: Ling-Yun Xia / Yong-Liang Jiang / Wen-Wen Kong / Hui Sun / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Cong-Zhao Zhou /
要旨: The folding and assembly of RuBisCO, the most abundant enzyme in nature, needs a series of chaperones, including the RuBisCO accumulation factor Raf1, which is highly conserved in cyanobacteria and ...The folding and assembly of RuBisCO, the most abundant enzyme in nature, needs a series of chaperones, including the RuBisCO accumulation factor Raf1, which is highly conserved in cyanobacteria and plants. Here, we report the crystal structures of Raf1 from cyanobacteria Anabaena sp. PCC 7120 and its complex with RuBisCO large subunit RbcL. Structural analyses and biochemical assays reveal that each Raf1 dimer captures an RbcL dimer, with the C-terminal tail inserting into the catalytic pocket, and further mediates the assembly of RbcL dimers to form the octameric core of RuBisCO. Furthermore, the cryo-electron microscopy structures of the RbcL-Raf1-RbcS assembly intermediates enable us to see a dynamic assembly process from RbcLRaf1 to the holoenzyme RbcLRbcS. In vitro assays also indicate that Raf1 can attenuate and reverse CcmM-mediated cyanobacterial RuBisCO condensation. Combined with previous findings, we propose a putative model for the assembly of cyanobacterial RuBisCO coordinated by the chaperone Raf1.
履歴
登録2020年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lrr
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0959.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0209 / ムービー #1: 0.0209
最小 - 最大-0.11982656 - 0.20713094
平均 (標準偏差)0.00030735866 (±0.0089101745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.600249.600249.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1200.2070.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of RuBisCO with the chaperone Raf1

全体名称: Ternary complex of RuBisCO with the chaperone Raf1
要素
  • 複合体: Ternary complex of RuBisCO with the chaperone Raf1
    • タンパク質・ペプチド: All5250 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
    • タンパク質・ペプチド: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

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超分子 #1: Ternary complex of RuBisCO with the chaperone Raf1

超分子名称: Ternary complex of RuBisCO with the chaperone Raf1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 900 KDa

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分子 #1: All5250 protein

分子名称: All5250 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 18.391881 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
QRPAPIPPFF RFDTEDELPR IVPVVGQLPL KAEELKAVPL VEEIEPFRLV KFSGEQAWVA LPGWQVLLAA EDPVTILATS DRFPKQNQT EPGPVLVVVD RSQREWNDFS YFVVDHDGEL DFQWFETKPE FPILGKVIIL VRPRRILDEN VTKDSWQIDE

UniProtKB: RuBisCO accumulation factor 1

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分子 #2: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

分子名称: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 12.840725 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MQTLPKERRY ETLSYLPPLT DVQIEKQVQY ILSQGYIPAV EFNEVSEPTE LYWTLWKLPL FGAKTSREVL AEVQSCRSQY PGHYIRVVG FDNIKQCQIL SFIVHKPSRY

UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit

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分子 #3: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

分子名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribulose-bisphosphate carboxylase
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 53.112125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MSYAQTKTQT KSGYKAGVQD YRLTYYTPDY TPKDTDILAA FRVTPQPGVP FEEAAAAVAA ESSTGTWTTV WTDLLTDLDR YKGRCYDIE PVPGEDNQFI AYIAYPLDLF EEGSITNVLT SIVGNVFGFK ALRALRLEDI RFPVAYIKTF QGPPHGIQVE R DKLNKYGR ...文字列:
MSYAQTKTQT KSGYKAGVQD YRLTYYTPDY TPKDTDILAA FRVTPQPGVP FEEAAAAVAA ESSTGTWTTV WTDLLTDLDR YKGRCYDIE PVPGEDNQFI AYIAYPLDLF EEGSITNVLT SIVGNVFGFK ALRALRLEDI RFPVAYIKTF QGPPHGIQVE R DKLNKYGR PLLGCTIKPK LGLSAKNYGR AVYECLRGGL DFTKDDENIN SAPFQRWRDR FLFVADAITK AQAETGEIKG HY LNVTAPT CEEMLKRAEY AKELKQPIIM HDYLTAGFTA NTTLARWCRD NGVLLHIHRA MHAVIDRQKN HGIHFRVLAK ALR LSGGDH IHTGTVVGKL EGERGITMGF VDLLRENYVE QDKSRGIYFT QDWASLPGVM AVASGGIHVW HMPALVEIFG DDSV LQFGG GTLGHPWGNA PGATANRVAL EACVQARNEG RNLAREGNDV IREAAKWSPE LAVACELWKE IKFEFEAMDT V

UniProtKB: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kkn

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 149382
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6kkm


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6lrr:
Cryo-EM structure of RuBisCO-Raf1 from Anabaena sp. PCC 7120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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