[日本語] English
万見
- EMDB-0934: Sub-tomogram averaging of immature Zika virus in complex with Fab... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0934
タイトルSub-tomogram averaging of immature Zika virus in complex with Fab DV62.5
マップデータ
試料
  • ウイルス: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
    • 複合体: Zika virus
    • 複合体: anti-prM antibody DV62.5
生物種Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Tan TY / Fibriansah G / Kostyuchenko VA / Ng TS / Lim XX / Lim XN / Shi J / Morais MC / Corti D / Lok SM
資金援助 シンガポール, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2012-T3-1-008 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2015NRF-CRP001-063 シンガポール
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2016-01 シンガポール
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Capsid protein structure in Zika virus reveals the flavivirus assembly process.
著者: Ter Yong Tan / Guntur Fibriansah / Victor A Kostyuchenko / Thiam-Seng Ng / Xin-Xiang Lim / Shuijun Zhang / Xin-Ni Lim / Jiaqi Wang / Jian Shi / Marc C Morais / Davide Corti / Shee-Mei Lok /
要旨: Structures of flavivirus (dengue virus and Zika virus) particles are known to near-atomic resolution and show detailed structure and arrangement of their surface proteins (E and prM in immature virus ...Structures of flavivirus (dengue virus and Zika virus) particles are known to near-atomic resolution and show detailed structure and arrangement of their surface proteins (E and prM in immature virus or M in mature virus). By contrast, the arrangement of the capsid proteins:RNA complex, which forms the core of the particle, is poorly understood, likely due to inherent dynamics. Here, we stabilize immature Zika virus via an antibody that binds across the E and prM proteins, resulting in a subnanometer resolution structure of capsid proteins within the virus particle. Fitting of the capsid protein into densities shows the presence of a helix previously thought to be removed via proteolysis. This structure illuminates capsid protein quaternary organization, including its orientation relative to the lipid membrane and the genomic RNA, and its interactions with the transmembrane regions of the surface proteins. Results show the capsid protein plays a central role in the flavivirus assembly process.
履歴
登録2020年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月26日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2020年2月26日-
現状2020年2月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0934.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.42 Å/pix.
x 320 pix.
= 1094.4 Å		3.42 Å/pix.
x 320 pix.
= 1094.4 Å		3.42 Å/pix.
x 320 pix.
= 1094.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-4.5106874 - 13.627528
平均 (標準偏差)0.00000000579 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1094.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1094.4001094.4001094.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-4.51113.6280.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013

全体名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
    • 複合体: Zika virus
    • 複合体: anti-prM antibody DV62.5

-
超分子 #1: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013

超分子名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: The virus was isolated from Zika patient. The immature Zika virus was grown in Aedes Albopictus clone C6/36 cell. The anti-prM antibody DV62.5 was generated from EBV-immortalized PBMC that ...詳細: The virus was isolated from Zika patient. The immature Zika virus was grown in Aedes Albopictus clone C6/36 cell. The anti-prM antibody DV62.5 was generated from EBV-immortalized PBMC that was obtained from dengue patient.
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

-
超分子 #2: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #5
由来(天然)生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: H/PF/2013

-
超分子 #3: anti-prM antibody DV62.5

超分子名称: anti-prM antibody DV62.5 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Human herpesvirus 4 (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Immature Zika virus-Fab DV62.5 complex sample was prepared by mixing purified immature Zika virus with Fab DV62.5 at an E protein-Fab DV62.5 ratio of 1:1.1 and then the mixture was incubated at 37deg C for 30 min. The sample then was mixed with solution of 10 nm gold particles.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 47000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity / 使用したサブトモグラム数: 1152
抽出トモグラム数: 63 / 使用した粒子像数: 1934 / ソフトウェア - 名称: emClarity
CTF補正ソフトウェア - 名称: emClarity
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. 2.1)
詳細: a missing-wedge constrained cross correlation grid search

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る