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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0929 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Cascade-TniQ-dsDNA complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Type I-F CRISPR-Cas system / Csy Cascade / Tn7-like transposons / RNA-guided tranposition / transposase subunit / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang B / Xu W | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Structural basis of a Tn7-like transposase recruitment and DNA loading to CRISPR-Cas surveillance complex. 著者: Beibei Wang / Wenhao Xu / Hui Yang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0929.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0929-v30.xml emd-0929.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0929.png | 230 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0929.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0929 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0929 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0929_validation.pdf.gz | 403.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0929_full_validation.pdf.gz | 403.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0929_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0929_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0929 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0929 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of Cascade-TniQ-dsDNA
全体 | 名称: CryoEM structure of Cascade-TniQ-dsDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: CryoEM structure of Cascade-TniQ-dsDNA
超分子 | 名称: CryoEM structure of Cascade-TniQ-dsDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
-分子 #1: CRISPR-associated protein Cas7
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 40.030156 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSMKLPTNLA YERSIDPSDV CFFVVWPDDR KTPLTYNSRT LLGQMEAASL AYDVSGQPIK SATAEALAQG NPHQVDFCHV PYGASHIEC SFSVSFSSEL RQPYKCNSSK VKQTLVQLVE LYETKIGWTE LATRYLMNIC NGKWLWKNTR KAYCWNIVLT P WPWNGEKV ...文字列: GSMKLPTNLA YERSIDPSDV CFFVVWPDDR KTPLTYNSRT LLGQMEAASL AYDVSGQPIK SATAEALAQG NPHQVDFCHV PYGASHIEC SFSVSFSSEL RQPYKCNSSK VKQTLVQLVE LYETKIGWTE LATRYLMNIC NGKWLWKNTR KAYCWNIVLT P WPWNGEKV GFEDIRTNYT SRQDFKNNKN WSAIVEMIKT AFSSTDGLAI FEVRATLHLP TNAMVRPSQV FTEKESGSKS KS KTQNSRV FQSTTIDGER SPILGAFKTG AAIATIDDWY PEATEPLRVG RFGVHREDVT CYRHPSTGKD FFSILQQAEH YIE VLSANK TPAQETINDM HFLMANLIKG GMFQHKGD |
-分子 #2: CRISPR-associated protein Cas8
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 72.29493 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG ...文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG CSQKTCKAMA KQLADITLTT INVTLAPNYL TQISLPDSDT SYISLSPVAS LSMQSHFHQR LQDENRHSAI TR FSRTTNM GVTAMTCGGA FRMLKSGAKF SSPPHHRLNS KRSWLTSEHV QSLKQYQRLN KSLIPENSRI ALRRKYKIEL QNM VRSWFA MQDHTLDSNI LIQHLNHDLS YLGATKRFAY DPAMTKLFTE LLKRELSNSI NNGEQHTNGS FLVLPNIRVC GATA LSSPV TVGIPSLTAF FGFVHAFERN INRTTSSFRV ESFAICVHQL HVEKRGLTAE FVEKGDGTIS APATRDDWQC DVVFS LILN TNFAQHIDQD TLVTSLPKRL ARGSAKIAID DFKHINSFST LETAIESLPI EAGRWLSLYA QSNNNLSDLL AAMTED HQL MASCVGYHLL EEPKDKPNSL RGYKHAIAEC IIGLINSITF SSETDPNTIF WSLKNYQNYL VVQPRSINDE TTDKSSL |
-分子 #3: CRISPR-associated protein Cas6
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 23.098365 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: VKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR ...文字列: VKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR MLSEQPREGN SIFSSYGLSN SENSFQPVPL I |
-分子 #4: Transposition protein TniQ
分子 | 名称: Transposition protein TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 45.597867 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD ...文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD YRVSGLKGIC CKCKEPITLT SRENGHEAAC TVSNWLAGHE SKPLPNLPKS YRWGLVHWWM GIKDSEFDHF SF VQFFSNW PRSFHSIIED EVEFNLEHAV VSTSELRLKD LLGRLFFGSI RLPERNLQHN IILGELLCYL ENRLWQDKGL IAN LKMNAL EATVMLNCSL DQIASMVEQR ILKPNRKSKP NSPLDVTDYL FHFGDIFCLW LAEFQSDEFN RSFYVSRW |
-分子 #5: CRISPR RNA (60-MER)
分子 | 名称: CRISPR RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
分子量 | 理論値: 19.305428 KDa |
配列 | 文字列: CUGAUAACUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUGAACUGCC GAGUAGGUAG |
-分子 #6: Target DNA strand (51-MER)
分子 | 名称: Target DNA strand (51-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 15.856158 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DC) ...文字列: (DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG) |
-分子 #7: Non-target DNA strand (51-MER)
分子 | 名称: Non-target DNA strand (51-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 15.535982 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DA) ...文字列: (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DT)(DT)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 206913 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |