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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0499 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Helicobacter pylori urea channel in open state. | |||||||||
マップデータ | em-volume_P1.map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Helicobacter pylori / urea channel / open state / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | AmiS/UreI transporter / AmiS/UreI transporter superfamily / AmiS/UreI family transporter / identical protein binding / plasma membrane / Acid-activated urea channel 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) / Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) (ピロリ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Cui YX / Zhou K | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019 タイトル: pH-dependent gating mechanism of the urea channel revealed by cryo-EM. 著者: Yanxiang Cui / Kang Zhou / David Strugatsky / Yi Wen / George Sachs / Z Hong Zhou / Keith Munson / 要旨: The urea channel of (UreI) is an ideal drug target for preventing gastric cancer but incomplete understanding of its gating mechanism has hampered development of inhibitors for the eradication of . ...The urea channel of (UreI) is an ideal drug target for preventing gastric cancer but incomplete understanding of its gating mechanism has hampered development of inhibitors for the eradication of . Here, we present the cryo-EM structures of UreI in closed and open conformations, both at a resolution of 2.7 Å. Our hexameric structures of this small membrane protein (~21 kDa/protomer) resolve its periplasmic loops and carboxyl terminus that close and open the channel, and define a gating mechanism that is pH dependent and requires cooperativity between protomers in the hexamer. Gating is further associated with well-resolved changes in the channel-lining residues that modify the shape and length of the urea pore. Site-specific mutations in the periplasmic domain and urea pore identified key residues important for channel function. Drugs blocking the urea pore based on our structures should lead to a new strategy for eradication. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0499.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0499-v30.xml emd-0499.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0499_fsc.xml | 5.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0499.png | 3 MB | ||
マスクデータ | emd_0499_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0499.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_0499_half_map_1.map.gz emd_0499_half_map_2.map.gz | 11.1 MB 11.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0499 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0499 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0499_validation.pdf.gz | 813.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0499_full_validation.pdf.gz | 812.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0499_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0499_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0499 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0499 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | em-volume_P1.map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0499_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: em-half-volume P1
ファイル | emd_0499_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | em-half-volume_P1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: em-half-volume P2
ファイル | emd_0499_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | em-half-volume_P2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : urea channel of Helicobacter pylori
全体 | 名称: urea channel of Helicobacter pylori |
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要素 |
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-超分子 #1: urea channel of Helicobacter pylori
超分子 | 名称: urea channel of Helicobacter pylori / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 |
分子量 | 理論値: 20 KDa |
-分子 #1: Acid-activated urea channel
分子 | 名称: Acid-activated urea channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) (ピロリ菌) 株: J99 / ATCC 700824 |
分子量 | 理論値: 22.533258 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLGLVLLYVG IVLISNGICG LTKVDPKSTA VMNFFVGGLS IVCNVVVITY SALHPTAPVE GHHHHHHAED IVQVSHHLTS FYGPATGLL FGFTYLYAAI NHTFGLDWRP YSWYSLFVAI NTVPAAILSH YSDMLDDHKV LGITEGDWWA IIWLAWGVLW L TAFIENIL ...文字列: MLGLVLLYVG IVLISNGICG LTKVDPKSTA VMNFFVGGLS IVCNVVVITY SALHPTAPVE GHHHHHHAED IVQVSHHLTS FYGPATGLL FGFTYLYAAI NHTFGLDWRP YSWYSLFVAI NTVPAAILSH YSDMLDDHKV LGITEGDWWA IIWLAWGVLW L TAFIENIL KIPLGKFTPW LAIIEGILTA WIPAWLLFIQ HWV UniProtKB: Acid-activated urea channel |
-分子 #2: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 18 / 式: XP4 |
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分子量 | 理論値: 591.777 Da |
Chemical component information | ChemComp-XP4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 98.0 K / 最高: 100.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-59 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2901 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 46730 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |